Liste des posters 2025
Cliquez sur l’icône pour visualiser le résumé du poster. Les pdf des posters seront accessibles à partir du lundi 8 décembre.
► Les posters seront exposés pendant toute la durée du congrès du lundi 15 décembre 8h30 au mardi 16 décembre 16h30. Aucun poster ne sera renvoyé, les posters non récupérés seront détruits.

► L’ensemble du comité d’organisation et du comité de programme a décidé de continuer à valoriser les posters en proposant une séance spécifique de visite des posters le lundi 15 décembre de 14h15 à 15h00. Il est demandé aux présentateurs souhaitant concourir au prix poster de se tenir devant leur poster pour présenter au jury leur travail en une minute et répondre aux éventuelles questions.
Les membres du jury procèderont à la sélection des Prix Posters qui seront remis lors de la Session de Remise des Prix le mardi 16 décembre de 14h15 à 15h00. Les lauréats se verront attribuer un montant de 750 euros.
► Afin de faciliter la lecture des posters, les dimensions suivantes sont conseillées : 80 cm de large sur 100 à 120 cm de haut.
 Le matériel de fixation sera fourni sur place.

Objectif - Introduction
Conformément aux recommandations de plusieurs directrices nationales, le dépistage des organismes multirésistants (BMR) est essentiel pour limiter la propagation des infections dans les établissements de santé. Leur détection précoce permet d'améliorer la gestion du contrôle des infections pour une meilleure prise en charge des patients tout en réduisant les coûts associés aux soins de santé.

L'objectif de l'étude était d'évaluer les performances des milieux CHROMID^® CARBA SMART et CHROMID^® ESBL à 12h d'incubation/imagerie en combinaison avec WASPLab^®.
 

Materiels
Au total, 407 échantillons positifs (348 écouvillons rectaux, 50 plis inguinaux, 8 écouvillons de gorge et 1 autre) pour CHROMID^®ESBL (ESBL) et 419 échantillons positifs (419 écouvillons rectaux) pour CHROMID^®CARBA SMART(CARBA/OXA) ont été traités dans le WASPLab^® avec un temps d'imagerie à 12h et 18h.
Le taux de fertilité basé sur la coloration des isolats à 18h et la sensibilité ont été comparés entre 12h et 18h pour chaque milieu de culture.
 

Resultats
Pour CHROMID^®CARBA SMART, les résultats ont été séparés pour chaque côté de la biplate (CARBA et OXA).
Pour CARBA, un total de 101 isolats caractéristiques a été observé à 18h. A 12h, 82 isolats ont montré de la croissance représentant un taux de fertilité basé sur la coloration de 81,2 %.
Pour OXA, 37 isolats avec une coloration caractéristique ont été visualisés à 18h et 27 ont poussé à 12h pour une fertilité basée sur la coloration de 73 %.
Pour CHROMID^®ESBL,  277 isolats ont montré une coloration caractéristique à 18h et pour 241 d'entre eux de la croissance a été observée à 12h représentant un taux de fertilité basé sur la coloration de 87 %.
La sensibilité comparée entre 12h et 18h était respectivement de 63,4 %, 37,8% et 68,6 % pour CHROMID^®CARBA, CHROMID^®OXA et CHROMID^® ESBL. 

Conclusion
Cette étude a démontré de très bons résultats de fertilité pour la détection précoce des BMR sur les milieux CHROMID^®ESBL et CHROMID^®CARBA SMART.

L’association des milieux CHROMID^® avec le système automatisé WASPLab^® constitue une approche performante permettant d’accélérer le dépistage des bactéries multirésistantes, tout en standardisant et optimisant le flux de travail microbiologique.

 

Mots cles
WASPLab^® 
Détection précoce
BMR
Milieux chromogènes

Objectif - Introduction
Comme décrit dans les recommandations de l'OMS, les agents pathogènes fongiques constituent une menace majeure pour la santé publique. Malgré les différentes technologies sérologiques ou moléculaires, la culture reste obligatoire pour réaliser des tests complémentaires.
L'objectif de l'étude était d'évaluer la robustesse et les performances microbiologiques de la nouvelle fonctionnalité WASPLAB^® pour l'incubation et l'imagerie avec couvercles fermés.


 

Materiels
Un premier test a été réalisé sur 164 boites inoculées avec du sérum physiologique, incubées (couvercle vers le haut) dans le  WASPLAB^® et imagées avec couvercle fermé toutes les 2h les premières 24h, puis toutes les 6h jusqu'à 72h.
La deuxième évaluation a porté sur la déshydratation du milieu de culture, la condensation sur le couvercle et la contamination croisée. Un total de 192 boites (Sabouraud Dextrose Agar - SDA, Trypcase Soja -TSA et CHROMID^® CAN2 - bioMérieux, France) a été testé avec A. brasiliensis ATCC 16404 (21 boites), C. albicans ATCC10231 (100 boites), et 71 boites stériles. Les boites ont été incubées 3 à 5 jours.
Le troisième test a été réalisé avec 11 espèces de Candida (27 souches) sur gélose CAN2 et Sabouraud-Gentamicin-Chloramphénicol (SGC) afin d'évaluer l'impact du couvercle sur la lecture visuelle des images. La comparaison a été réalisée entre l'incubation/imagerie actuelle et la nouvelle fonctionnalité avec 9 temps d'imagerie de T0h à T72h.


 

Resultats
Un total de 3444 images a été réalisé en 72h en l'absence de toute anomalie mécanique.
Après 3 à 5 jours d'incubation, toutes les boites inoculées avec C. albicans et A. brasiliensis ont montré de la croissance et aucune contamination croisée n'a été observée sur les géloses stériles.
De la condensation sur le couvercle a été observée de façon aléatoire (0 à 34,3 % selon le milieu de culture). Aucune déshydratation de gélose n'a été constaté jusqu'à 5 jours d'incubation.
Une concordance de 100 % (N=54 images) a été observée entre les 2 méthodes d'incubation/imagerie en termes de fertilité et de sensibilité de coloration (CAN2)


 

Conclusion
Les nouvelles fonctionnalités WASPLAB^® ont montré une grande robustesse pour l'incubation et l'imagerie, limitant le risque de contamination et apportant une réelle valeur ajoutée pour les laboratoires de microbiologie pour renforcer la réponse globale aux infections fongiques.
 

Mots cles
WASPLAB
Fungi

Objectif - Introduction
Chez les entérobactéries, la production d’une bêta-lactamase à spectre étendu (BLSE) aboutit le plus souvent à une multi-résistance aux antibiotiques et une surmortalité en cas d’infection. En France, les BLSE sont dominées par les enzymes de type CTX-M, et notamment les variants CTX-M-15 et 27. La détection rapide de ces E-BLSE est ainsi essentielle afin de limiter leur dissémination et d'optimiser le traitement empirique en cas d’infection.
 

Materiels
Le test RESIST CTX-M (Coris Bioconcept) a été évalué sur un panel de 100 souches caractérisées d’entérobactéries (E. cloacae, E. coli, K. pneumoniae) productrices de BLSE : CTX‑M-15 (n=48), CTX-M-1 (n=16), CTX-M-27 (n=14), CTX-M-14 (n=8), autres variants CTX-M (n=8) ; contrôles négatifs (n=6). Les isolats ont été testés après inoculation d’un e-swab d’origine rectale (Labelians, 1 mL d’inoculum à 10⁴ UFC/mL, vérification de l’inoculum initial à 10⁴ par ensemencement sur gélose ESBL) puis test direct à partir de 1,5mL de solution enrichie après traitement par le protocole CORIS (cf. Figure).
 

Resultats
Concernant les 94 isolats producteurs de BLSE CTX-M ciblées par le test, 74 ont été détectées tandis que les 6 isolats « contrôles négatifs » ont obtenus un test négatif (Se : 78,7% ; Sp : 100% ; cf. Table). Les sensibilités de détection pour les principaux variants de CTX-M étaient : CTX-M-14 et 27  (100%) ; CTX-M-9 (83,3%) ; CTX-M-15 (75%) ; CTX-M-1 (68,8%). De manière intéressante, les enzymes du groupe CTX-M-9 (9-14-27) était mieux détectées que celles du groupe CTX-M-1 (1-3-15) (Se : 96,4% vs. 71,2%, respectivement). Cette différence de sensibilité entre ces 2 groupes était essentiellement due à un défaut de détection des BLSE CTX-M-15 chez K. pneumoniae/E. cloacae (Se :52,6%) vs. E. coli (86,2%).
 

Conclusion
Cette première étude, évaluant les performances du test RESIST CTX-M directement sur écouvillonnage rectal, a abouti à des résultats contrastés mais analogues aux données connues pour d’autres tests détectant les CTX-M. Les performances du test sont satisfaisantes pour l’espèce E. coli en regard de l’épidémiologie française, mais sont globalement moins bonnes sur cette matrice en comparaison des hémocultures ou des urines, notamment pour les espèces K. pneumoniae et E. cloacae.
 

Mots cles
Test immuno-chromatographique, entérobactérie, BLSE, CTX-M, écouvillonnage rectal.
 

Protocole RESIST de détection des entérobactéries BLSE à partir de rectal swab (Coris Bioconcept).

Performances du test RESIST CTX-M sur 100 isolats d'entérobactéries productrices de BLSE.

Objectif - Introduction
Antimicrobial resistance drives the urgent need for rapid diagnostic tools to guide appropriate antibiotic use and prevent misuse. Current diagnostic methods are often limited by an essential enrichment step, which lets bacteria be isolated and identified but delays results. Here is presented a new device employing surface plasmon resonance imaging (SPRi) developed to integrate bacterial enrichment and identification in a single process.

Materiels
SPRi is an optical technique that allows real-time monitoring of interactions between a probe immobilized onto a prism and an analyte. This device enables real time monitoring of bacterial growth in suspension within a culture medium through the “culture-capture-measure” principle. Thanks to their broad-spectrum interactions with bacterial membranes, antimicrobial peptides (AMPs) are particularly suitable probes for the detection of a wide range of bacterial species. Using a panel of AMPs, bacterial identification can be achieved through kinetic growth–affinity profiling (Figure 1).

Resultats
A first assessment of the device performance was performed by monitoring the growth of several bacterial strains in tryptic soy broth. Detection times for S. aureus, S. typhimurium, and E. coli ranged from 6 to 10 h with an initial inoculum of 10 CFU/mL. Detection was followed by kinetic growth monitoring, resulting in characteristic affinity profiles. (Pardoux et al., 2019) Implementation of the device under real-life conditions, diluted blood samples in BACTEC™ medium, proved more challenging. Blood components interfered with detection complicating bacterial identification. Adaptation of the SPRi platform for biological samples will be necessary, but AMPs use was first optimized. The employment of de novo peptides designed for this project is particularly promising. It was shown that peptides with identical amino acid composition but different primary sequences produced distinct growth monitoring profiles. The peptide site of immobilization, either the N- or C-terminus, also influenced its detection performance. These observations provide important guidance for selecting optimal peptide sequences and immobilization strategies.

Conclusion
To conclude, the developed device enables real-time bacterial detection and showed potential for rapid one-step bacteremia diagnosis.

Mots cles
antibioresistance, diagnosis, antimicrobial peptide, surface plasmon resonance imaging

Figure 1 – Schematic representation of the device developed: the SPRi principle is simplified to illustrate the “culture-capture-measure” method and the use of AMPs to enable bacterial identification.

Objectif - Introduction
Cette étude prospective en deux parties visait à déterminer les conditions optimales d’utilisation du milieu de transport Portagerm® pour l’isolement de Helicobacter pylori à partir de biopsies gastriques en fonction de la température de stockage, du type de broyage et du délai avant mise en culture.

Materiels
D’octobre 2024 à mai 2025, les biopsies gastriques prélevées en endoscopie ont été divisées afin de comparer différentes conditions expérimentales à notre technique de référence (conservation en milieu BCC glycérolé à -80°C pendant 7 à 14 jours avec broyage manuel avant ensemencement). Trois conditions utilisant le milieu Portagerm® ont été évaluées :
(i) Conservation à –80 °C pendant 7-14 jours avec broyage manuel,
(ii) Conservation à –80 °C pendant 7-14 jours avec broyage automatisé,
(iii) Conservation à –20 °C pendant 7-14 jours avec broyage automatisé. 
De mai à août 2025, une seconde phase en conditions réelles a évalué l’impact du délai avant mise en culture. Les modalités (ii) et (iii) ont été appliquées en routine successivement avec un délai réduit à 2–7 jours.

Resultats
La première partie de notre étude montre qu’il n’existe pas de différence significative entre le milieu Portagerm® conservé à -80°C (i) et le milieu de référence sur le rendement de la culture de H. pylori. L’utilisation d’un broyage automatisé (ii) améliore le rendement de culture, mais sans différence significative retrouvée (p=1). En revanche, la conservation à -20°C (iii) entraine une chute significative de la sensibilité (56% vs 87% pour la référence) (p<0.001) (Table 1). 
L’étude de « vie réelle » avec un délai avant ensemencement réduit à 2-7 jours retrouve un rendement de 51% (18/35) pour la conservation à -20°C et de 95.2% (20/21) à -80°C. A la température de -20°C, on observe un lien entre le délai d’ensemencement et la chute du taux de positivité : 88% (7/8) dans les 48h, 50% (4/8) à J3-5 et 37% (7/19) à J6 et au-delà.

Conclusion
La conservation des biopsies gastriques en Portagerm^® à –20 °C diminue significativement la sensibilité de culture de H. pylori, avec une baisse du taux de positivité corrélée au délai d’ensemencement. Les conditions optimales de l’utilisation de Portagerm® impliquent une conservation à -80°C en cas de délai avant mise en culture >48h et suggèrent l’utilité d’un broyeur automatique.

Mots cles
Helicobacter pylori 
Portagerm
Culture

Objectif - Introduction
La détection d’une bactériémie sur les analyseurs BACT/ALERT® est basée sur la mesure de la production de CO₂ dissout dans le milieu de culture. Les fiches techniques BACT/ALERT® FA et FN Plus mentionnent de possibles mais rares faux positifs de cette détection (résultats des repiquages négatifs) notamment lorsque le nombre de leucocytes est très élevé dans l’échantillon. Nous avons constaté chez un patient, atteint d’un accès palustre grave, une fausse détection d’une bactériémie. Nous avons décidé de mener une étude rétrospective pour voir si la présence du parasite pouvait entraîner une production de CO₂ telle qu’elle entraînerait une fausse détection par l’analyseur.
 

Materiels
Etude rétrospective sur 5,5 ans avec extraction du 01/01/2020 au 30/06/2025 des recherches de paludisme positives. Pour chaque patient extraction du nombre de GB, de la présence ou non d’hémoculture(s) associée(s) et du résultat de(s) l’hémoculture(s).
 

Resultats
139 demandes de paludisme positives : parasitémies entre <0,01% et 34,3%. Exclusion des suivis. 87 patients (63%) ont bénéficié en plus d’une ou plusieurs hémocultures (406 flacons en tout). Sur ces 406 flacons, 5 correspondaient à de vraies bactériémies (1,2%), 7 se sont faussement positivés (1,7%) et 394 (97,1%) sont restés négatifs après 5 jours d’incubation. Les 7 flacons faussement positifs, correspondant à 3 patients, se sont positivés dans un délai compris entre 2h30 et 72h avec examen direct et repiquages négatifs. Les 3 patients présentaient un accès palustre à P. falciparum avec une parasitémie moyenne de 24,4% [14-34,3%], le nombre moyen de leucocytes était de 9,3 G/L [8-12,4 G/L]. Les 84 patients correspondant aux 394 flacons négatifs avaient une parasitémie moyenne de 2,7% [0,01-28,5%] et une leucocytose moyenne de 5,7 G/L [2,2-14,3 G/L].
 

Conclusion
Dans cette étude, la présence d’une leucocytose très élevée ne permet pas d’expliquer la fausse positivité des hémocultures. Plasmodium sp pourrait donc être impliqué en particulier lorsque les parasitémies sont très élevées ; ce phénomène doit être connu même s’il reste à la marge (1,7% des hémocultures) et n’est pas reproductible puisque des patients avec des parasitémies très élevées ne sont pas concernés. Il serait souhaitable de réaliser une étude sur plusieurs centres avant de proposer un ajout dans les fiches techniques fournisseurs des flacons d’hémocultures.

Mots cles
Plasmodium sp, hémocultures
 

Objectif - Introduction
En novembre 2024, le groupe LABAC/SFM a proposé de nouveaux délais pré-analytiques en bactériologie afin d’aligner les pratiques sur le service médical rendu et l’organisation des plateaux techniques. L’objectif était d’évaluer la faisabilité de mesure et l’exploitation de ces indicateurs sur deux plateaux de microbiologie (BD et PTAT) de la région PACA (3 territoires ALD, APM et BDR), desservant zones urbaines, littorales, arrière-pays et incluant établissements de santé et EHPAD.


 

Materiels
L’étude a été conduite du 1er avril au 31 juillet 2025. Les indicateurs, définis selon leur pertinence, le volume d’activité et les critères du LABAC, ont porté sur ECBU, LCR et dialysat pour BD, et sur ECBU, LBA, LCR, hémocultures positives et antibiogrammes pour PTAT. Dans ce cadre, un indicateur complémentaire a été introduit : l’heure de rendu des ATB, avec un objectif avant 11h00 (optimal) et avant 12h00 (acceptable) si >10 hémocultures positives.










 

Resultats
Les 92 548 ECBU respectent les critères (>95 % avant 24 h) pour BD, contre ~90 % sur APM et ALD, du fait de l’éloignement.
Les 467 LBA sont conformes à 93 % au total et à 80 % en réanimation. L’indicateur doit être interprété en tenant compte de la PCR respiratoire qui complète culture/cytologie et nuance les 20 % de non-conformité.
91 % des 144 LCR sont traités en moins de 4 h ; comme pour les LBA, l’indicateur doit intégrer la PCR multiplex.
Sur 42 dialysats, 24 % non conformes, liés à des défauts organisationnels, soulignent l’importance d’un traitement d’urgence à J0, au même titre que les LCR, dans des laboratoires de proximité.
73 % des 826 hémocultures positives sont prises en charge dans un délai acceptable ; parmi les 27 % restants, la moitié est liée à un acheminement long ou un enregistrement tardif, l’autre à des biais (temps de positivité prolongé lié à l’inoculum, à l’espèce ou à l’antibiothérapie préalable) qui fragilisent l’indicateur et incitent à l’affiner (Cf. Image). Les heures de rendu des ATB respectent les objectifs, sauf rares pannes d’automates/informatiques.

 

Conclusion
Les plateaux centralisés nécessitent des indicateurs fiables, mesurés via un SIL performant et intégrant les biais identifiés. Cet état des lieux ouvre la voie à des actions d’amélioration et d’ajustement des zones d’acceptabilité selon le service médical rendu et les ressources.
 

Mots cles
Délai, Pré-analytique, Indicateurs, LCR, Hémocultures, LBA, Dialysat, ECBU
 

Délai de prise en charge des hémocutlures

Objectif - Introduction
Les infections ostéo-articulaires (IOA) et les ostéites du pied diabétique (OPD) sont des infections graves. Disposer rapidement de l’identification, voire des résistances du ou des pathogènes, constitue un enjeu diagnostique majeur pour adapter l’antibiothérapie probabiliste. Suivant les recommandations du Remic 2022, au laboratoire du centre hospitalier de Valenciennes (CHV), les flacons d’hémoculture sont associés aux milieux solides pour améliorer la détection bactérienne. Particularité du CHV, les flacons positifs sont laissés incuber jusqu’à J5 avant traitement pour une éventuelle pousse de germes exigeants. Notre étude évalue l’apport diagnostique des flacons et analyse leurs délais de positivité pour IOA et OPD, afin d’optimiser les protocoles de réadaptation de l’antibiothérapie avant J14.

Materiels
Deux études rétrospectives ont été menées au CHV : l’une sur 383 prélèvements d’IOA (2021-2022), l’autre sur 265 prélèvements d’OPD (2022-2023). Les biopsies osseuses, liquides et tissus mous ont été ensemencés sur milieux solides incubés jusqu’à 5 jours, et dans des flacons Bactec™ aérobies/anaérobies incubés jusqu’à 14 jours.

Resultats
Le taux de positivité des cultures était de 250/383 soit 65 % pour les IOA et 232/265 soit 87,5 % pour les OPD. Les flacons ont contribué, pour les IOA, dans 23/131 (18 %) des cas monomicrobiens et 76/102 (75 %) des cas polymicrobiens, et, pour les OPD, dans 18/53 (34 %) et 199/275 (72 %) respectivement. Les flacons étaient positifs dans 98 à 99,5 % des cas avant J3 pour les OPD et avant J6 pour les IOA. Au-delà, la positivité apportait peu d’informations supplémentaires.

Conclusion
Les flacons d’enrichissement BD Bactec™ améliorent significativement le diagnostic des IOA et des OPD, en particulier en contexte polymicrobien. Bien que l’incubation recommandée soit de 14 jours, nos résultats suggèrent qu’une adaptation précoce de l’antibiothérapie entre J5 et J8 est possible. Cette stratégie est déjà mise en place pour les IOA à J8 après discussion clinico-biologique et visualisation optimisée des flacons auprès des services cliniques. Elle reste à adapter pour les OPD, soit en conservant J8, soit en raccourcissant jusqu’à J5.

Mots cles
Infections ostéo-articulaires, Ostéite, Pied diabétique, Diabète, Microbiologie, Délai de positivité.

Objectif - Introduction
L’antigénurie est un test simple et rapide permettant l’aide au diagnostic des pneumopathies aigues. Cependant, en pratique courante, la prescription est parfois excessive et réalisée dans des situations non justifiées. L’objectif de cette étude est d’évaluer la pertinence des prescriptions des antigénuries Legionella et Pneumocoque dans la prise en charge d’une pneumopathie aigue dans un établissement de soins. 

Materiels
Il s’agit d’une étude monocentrique et rétrospective. Le recueil de données a été réalisé sur la période hivernale entre le 29/11/2023 et le 27/02/2024. L’extraction des données s’est faite à l’aide du laboratoire et les résultats ont été analysés via un tableau Excel.

Resultats
194 dossiers ont été analysés. Un diagnostic de pneumopathie a été posé dans 60% des cas, de bronchite dans 7% des cas et un diagnostic autre a été posé dans 33% des cas. Une antibiothérapie a été initiée dans 82% des cas dont 64% conformes aux recommandations de la SPILF. 190 antigénuries Legionella ont été réalisées et aucune n’est revenue positive. L’indication de prescription était adaptée dans 15% des cas. 189 antigénuries pneumocoque ont été réalisées dont 25% avaient une indication adaptée. 3 antigénuries sont revenues positives et aucune adaptation secondaire de l’antibiothérapie n’a été faite. Les prescriptions ont émané principalement des services d’urgence (44.8%), de pneumologie (14.4%), des soins intensifs (14%) et de médecine interne (10.3%). Dans 4% des cas, une autre documentation a été réalisée (hémoculture, PCR virale, ECBC).

Conclusion
Cet audit montre que les antigénuries sont prescrites trop fréquemment avec des indications non adaptées et n’aboutissant pas à une modification de traitement. L’estimation des couts était de 30333€ en 2023 dans notre établissement. Une campagne de sensibilisation avec un rappel des indications de prescription a été réalisée auprès des prescripteurs et un deuxième tour d’audit de réévaluation sera réalisé.

Mots cles
Audit, antigénurie, legionnella, pneumocoque

Objectif - Introduction
L’objectif de l’étude était d’identifier par séquençage complet des génomes des souches de bactéries rares ou difficiles à identifier dont les identifications étaient non équivalentes entre 2 systèmes MALDI-TOF : VITEK® MS PRIME (VMSP, BioMérieux, V3.2.0) et Biotyper® sirius (BS, Bruker, MBT Compass 5.2.220).

Materiels
Au total 488 souches bactériennes appartenant à 103 genres bactériens isolées à l’hôpital Européen Georges Pompidou et à l’hôpital Saint-Louis ont été identifiées rétrospectivement et en parallèle sur VMSP et BS. Les identifications comparées sur les 2 systèmes étaient 1) identiques à l’espèce, 2) similaires à l’échelle du complexe/groupe (non équivalence type I) ou 3) similaires à l’échelle du genre, hors complexe/groupe (non équivalence type II). Les génomes des souches présentant des différences d’identification ont été séquencés (librairie DNA Prep, NovaSeq6000, Illumina). Puis l’identification a été réalisée par mesure de l’identité nucléotidique moyenne (ANI) des génomes, méthode de référence en taxonomie, par comparaison à la base de données taxonomiques GTDB v220 (des minimums de 69% d’ADN conservé et de 95% d’ANI ont été utilisés).

Resultats
Parmi les souches analysées, 117 avaient des identifications non équivalentes entre les 2 systèmes MALDI-TOF (71 de type I, 46 de type II). L’identification par mesure de l’ANI a été obtenue pour 108/117 isolats, dont 18 n’ont pu être identifiés à l’espèce.
Avec le VMSP, 8/108 identifications étaient identiques à celles de l’ANI, 42 étaient similaires à l’échelle du complexe/groupe et 58 à l’échelle du genre.
Avec le BS, 60/108 identifications étaient identiques à celles de l’ANI, 24 étaient similaires à l’échelle du complexe/groupe et 24 à l’échelle du genre.

Conclusion
Pour les applications dans le domaine médicale, VMSP et BS ont donné des résultats satisfaisants d’identification des bactéries rares ou difficiles à identifier puisqu’aucune discordance majeure n’a été retrouvée avec l’ANI. Les différences n’auraient eu aucun impact sur la prise en charge des patients.
Du fait de la conception de la base de données, BS a un taux significativement supérieur d’identification à l’espèce équivalente à l’ANI. A noter que 17% des isolats n’ont pu être identifiés à l’espèce avec l’ANI, méthode elle-même tributaire du contenu de la base de données utilisée.

Mots cles
MALDI-TOF, séquençage génomique, ANI, bactéries rares

Objectif - Introduction
La leptospirose est une zoonose bactérienne ubiquitaire, la présentation clinique est extrêmement hétérogène. Le diagnostic biologique est essentiel et repose, en fonction de l’histoire de la maladie, sur la PCR (sang, urines ou LCR) et la sérologie (IgM, microagglutination (MAT). Au laboratoire Eurofins-Biomnis, la recherche des IgM est effectuée par méthode ELISA avec le kit SERION® ELISA Leptospira IgM et interprétée avec un seuil de positivité optimisé (50 U/mL vs 20 U/mL). Notre travail avait pour objectif, d’une part, de comparer les performances de ce kit réactif au kit ELISA GSD NovaLisa® Leptospira IgM et d’autre part d’évaluer l’impact sur les performances de l’utilisation de ce seuil optimisé.

Materiels
141 sérums sélectionnés et caractérisés ont été analysés selon les recommandations des fournisseurs avec les 2 kits réactifs. La sensibilité (Se) a été évaluée à l’aide de 46 sérums leptospirose confirmée (PCR sang/urine ou MAT). La spécificité (Sp) a été évaluée grâce à 2 groupes : une cohorte de 46 donneurs de sang présumés sains et 45 sérums de patients présentant un diagnostic différentiel (DD) de la leptospirose (Fièvre Q, Hantavirus, Dengue)

Resultats
Les résultats sont synthétisés dans le tableau 1. Sur la base des seuils proposés par les fournisseurs, les deux kits GSD et SERION® présentent une sensibilité globale équivalente et acceptable (89.13 et 91.30% respectivement), logiquement plus élevée pour les patients dont la date de début des symptômes est > 7 jours (100%). A contrario on note une différence significative pour la spécificité et la VPP des deux kits, Sp=64.44% et VPP=54.67% pour GSD et Sp=90.53% et VPP=82.35%. L’optimisation du seuil du kit SERION® à 50 U/mL permet une augmentation significative de la spécificité et de la VPP (100%) du test sans impact sur la VPN et la sensibilité

Conclusion
Le kit GSD présente une Sp et une VPP médiocres pour une utilisation en routine. De nombreuses réactions croisées avec des sérums de patients ayant un diagnostic différentiel ont été mises en évidence, ayant pour conséquence une erreur diagnostic pour le patient. Le kit SERION® présente des Sp/VPP significativement supérieures au kit GSD, confirmant l’utilisation du kit SERION® par le laboratoire. En outre, ce travail confirme l’optimisation du seuil de positivité à 50 U/mL appliqué au laboratoire Biomnis (données du CNR, VPP (seuil 50 U/mL) = 96.47%)

Mots cles
leptospirose sérologie

Sérums utilisés pour l'évaluation des performances de la méthode

Tableau récapitulatif des sensibilités et spécificité, VPP et VPN des kit de sérologie IgM anti-Leptospira NovaLisa® GSD et SERION® à propos de 141 sérums sélectionnés et caractérisés

Objectif - Introduction
Les infections ostéo-articulaires posent un défi diagnostique en microbiologie en raison de la faible charge bactérienne et de la présence de biofilm. Le broyage des échantillons est essentiel pour améliorer la sensibilité des cultures. En l’absence de recommandations officielles, le Centre Hospitalier de Valenciennes a comparé trois systèmes de broyage : UltraTURRAX (UT), SpinAX (SX) avec tubes ProbeAX, et TISSUtainer (TT) associé au broyeur RETSCH MM400, dans le but d’optimiser les performances diagnostiques.

Materiels
Deux études successives (entre février et avril 2025) ont permis de tester les systèmes (UT vs. SX puis UT vs. TT) sur des échantillons équivalents. Les biopsies osseuses ou tissulaires, prélevées en bloc opératoire, étaient broyées avec l’un des systèmes puis ensemencées sur géloses (sang, PVX) et flacons d’hémoculture (BD Bactec™). L’évaluation portait sur l’identification des espèces présentes, la quantité de colonies (UFC) en culture à 16 h et 120 h et le délai de positivité des milieux liquides. Des critères majeurs (isolement exclusif d’un pathogène) et mineurs (écart ≥ 4 h de croissance ou ≥ 10 UFC) ont été définis.

Resultats
Au total, 78 prélèvements ont été traités, 44 ont pu être comparés, 14 UT vs. SX et 30 UT vs. TT.
Plusieurs tendances ont été constatées au décours de cette évaluation : une équivalence entre les systèmes UT et SX, avec une réserve sur l’efficacité du SX pour les grosses biopsies (en particulier osseuses), une tendance à de meilleures performances microbiologique du TT face à l’UT, au prix d’un investissement matériel plus conséquent (broyeur RETSCH).  Cette évaluation présente cependant des limites : un biais de sélection des biopsies, l’effectif restreint (en particulier lors de l’essai du SpinAX) ne permettant pas d’analyse statistique, et l’absence de prise en compte des facteurs logistiques tels que les délais d’acheminement depuis le bloc et les transferts de supports réalisés au laboratoire.

Conclusion
Le système TT a été retenu pour son efficacité, sa capacité à broyer jusqu’à huit échantillons simultanément et son volume de 10mL permettant une standardisation des protocoles d’ensemencement.

Mots cles
Infections ostéo-articulaires, IOA, broyage, TISSUtainer, UltraTURRAX, SpinAX

Objectif - Introduction
La détection des antigènes de Campylobacter spp et de Helicobacter pylori dans des échantillons de selles représente une approche diagnostique non invasive de ces infections. La plupart des kits immunochromatographiques commercialisés sont basés sur la lecture visuelle d’une bande colorée indiquant la présence du pathogène recherché. Notre étude a évalué un nouveau format de détection des antigènes de Campylobacter spp (test Curian Campylobacter) et de H. pylori (test Curian HpSA) basé sur une détection automatisée par immunofluorescence.

Materiels
Pour Campylobacter, 48 échantillons de selles ont été testés de manière rétrospective. Le statut initial (positif n = 27 ou négatif n = 21) a été établi par PCR BDMax, culture et par un autre test concurrent (laboratoire Quidel). Les réactions croisées avec d’autres espèces ou genres ont été évaluées avec 9 souches de collection représentative de : C. fetus, C. lari, C. armoricus, C. ornithocola, C. upsaliensis, Aliarcobacter butzleri, Helicobacter cinaedi et Helicobacter pullorum. Pour H. pylori, 49 échantillons de selles et 9 reliquats d’EEQ préalablement testés avec le kit RIDAQuick H. pylori de rbiopharm ont été testés (positif n = 33 ou négatif n = 25). Les réactions croisées ont été évaluées avec C. jejuni, C. coli, H. cinaedi et H. pullorum. Les échantillons de selles ont été testés selon les recommandations du fournisseur, avec utilisation notamment de l’analyseur par fluorescence Curian pour la lecture des résultats.
 

Resultats
Pour Campylobacter, l’ensemble des selles attendues positives ont été correctement détectées, et aucun faux positif n’a été retrouvé (100% de concordance). Le kit Curian Campylobacter est capable, en plus de C. jejuni et C. coli, de détecter les espèces fetus, lari, armoricus, ornithocola et upsaliensis. Pour H. pylori toutes les selles attendues positives ont été détectées. Un faux positif a été retrouvé parmi les selles attendues négatives pour un patient sans aucun renseignement clinique en faveur d’une infection à H. pylori. Aucune réaction croisée n’a été retrouvée avec les 4 souches de collection testées.
 
 

Conclusion
Les kit Curian Campy et HpSA présentent de bonnes performances analytiques. Ils sont faciles d’utilisation et l’interprétation des résultats est automatisée ne laissant aucun doute à l’utilisateur dans son rendu de résultat.

Mots cles
Selles, antigènes, immunofluorescence, Campylobacter, Helicobacter

Objectif - Introduction
Clostridioides difficile est la première cause de diarrhées associées aux soins. Pour le diagnostic de l’infection à C.difficile, l’ESCMID préconise un algorithme en deux étapes avec un test de dépistage sensible (détection de la glutamate-déshydrogénase ou amplification d’acides nucléiques). Le but de cette étude est de comparer les performances du test PCR standard M10 C.difficile (M10, SD Biosensor) à celles du test Xpert C.difficile (Xpert, Cepheid), pour la détection de C.difficile toxinogène dans les selles.

Materiels
Pour chaque prélèvement de selles, un test immuno-enzymatique C. diff Quik Chek Complete (Techlab) ainsi que les tests M10 et Xpert C.difficile ont été réalisés. En parallèle, une culture toxigénique (technique de référence) a été effectuée sur milieu sélectif (ChromID, Biomérieux). Les performances du M10 ont été comparées entre selles natives et selles prélevées sur FecalSwab.

Resultats
541 selles fraiches diarrhéiques ont été incluses : 78 (14,41%) se sont avérées positives en culture/culture enrichie. Dix-huit (3,32%) souches non toxinogènes et 60 (11,09%) souches toxinogènes ont été isolées. La recherche de toxines libres était positive pour 32 (53,3%) selles. Les tests M10 et Xpert présentent tous deux une sensibilité (respectivement 100% et 98,33%) et une spécificité (respectivement 98,76% et 98,55%) élevées. Les valeurs de cycle seuil (Ct) obtenues pour tcdB avec le test M10 et le test Xpert sont fortement corrélées, avec un coefficient de corrélation de Pearson de 0,909 (IC 95%, 0,854 - 0,944, p<0.0001). Pour les échantillons positifs en PCR, les valeurs médianes de Ct sont significativement plus basses lorsque les toxines libres sont détectées (25.50 contre 32.39 pour le M10 et 23.70 contre 31.15 pour le Xpert, p<0.0001). L’analyse des courbes ROC indique une aire sous la courbe de 0.875 pour le M10 et 0.862 pour le Xpert. Le milieu de transport a peu d’effet sur les valeurs de Ct obtenues, si ce n’est une légère augmentation.

Conclusion
Les tests M10 et Xpert C.difficile présentent une forte sensibilité et spécificité pour la détection de Clostridioides difficile toxinogène dans les selles.

Mots cles
Clostridioides difficile, infection bactérienne, PCR, toxine, comparaison de méthodes

Objectif - Introduction
Décrite en 2021, la prédiction de la résistance à la méticilline chez Staphylococcus aureus (i.e. SARM) par apprentissage supervisé à partir de données MALDI-TOF est rapportée comme performante par de nombreuses études mais la portabilité des modèles appris n’a jamais été étudiée.

Materiels
Deux jeux de données cliniques ont été collectés aux Etats-Unis (CC) et en France (HCL) et ont été complétés par le jeu DRIAMS (Weis, 2022) et un jeu issu de souches de collection (bMx) contenant respectivement 5 350, 14 568, 3700 et 1768 spectres de S. aureus. Chaque spectre a été annoté résistant ou sensible à la méticilline sur la base des antibiogrammes phénotypiques (VITEK 2 ou diffusion).
Les spectres ont été calibrés et convertis en « logique binaire ». Quatre modèles d’apprentissage ont été entrainés : Régression logistique (RL), Support Vector Machine (SVM) linéaire et non-linéaire et Light Gradient-Boosting Machine (LightGBM).

Resultats
Les modèles LightGBM montrent les meilleures performances au niveau local :
L’exactitude observée avoisine 100% pour les jeux d’entrainement, alors qu’elle est respectivement de 76,1±1,1%, 88,2±0,5%, 90,7±0,9% et 83,4±5,1% pour les jeux de validation de CC, HCL, DRIAMS et bMx, suggérant un probable mais limité phénomène de sur-apprentissage
Pour plus de robustesse, les modèles RL, SVM et LightGBM ont été entrainés avec un jeu de données puis évalués indépendamment avec les 3 autres jeux de données montrant des performances médiocres (Tableau 1). Ces résultats indiquent qu’il est difficile de garantir les performances d’un modèle hors de l’institution où il a été appris.

Conclusion
L’absence de portabilité des modèles de prédiction du statut SARM par intelligence artificielle à partir de données MALDI-TOF interroge : est-elle liée à la qualité des acquisitions ? aux réglages des machines ? ou bien reflète-elle la circulation de différents clones ayant localement acquis la résistance à la Méticilline ?

Mots cles
Apprentissage supervisé, MALDI-TOF, Résistance bactérienne, Staphylococcus aureus, Méticilline, Portabilité

Tableau 1: AUROC des modèles LightGBM en situation de portabilité.

Objectif - Introduction
Since 2022, EUCAST has offered a reference method for determining MICs for the anaerobic bacteria group. FAA (Fastidious Anaerobe Agar) medium is recommended for the agar dilution (AD) EUCAST method, while BBA (Brucella Blood Agar) medium is recommended by CLSI. The aim of this study is to verify the accuracy of MICs between both reference methods for the following antibiotics recommended by EUCAST and validated in ETEST: Metronidazole (MZ), Benzylpenicillin (PG), Clindamycin (CM) and Meropenem (MP). In addition, the study will evaluate the impact of performance on ETEST validated in AD CLSI.

Materiels
A panel of anaerobes (88 to 95 strains) comprising more than 20 species with different resistance mechanisms to four antibiotics was tested using ETEST with BBA and both AD reference methods: EUCAST with FAA, CLSI with BBA. The recommendations of CLSI M11 Ed9, EUCAST 2023 and ETEST package inserts were applied. Results were analyzed using ISO standard (20776-2) for essential agreement (EA) and bias. The criteria are EA ≥90% and bias ≤30%.

Resultats
The QC strains were within the CLSI, EUCAST and ETEST published ranges. EA rate, at ±1 dilution, of AD CLSI versus AD EUCAST were 81.1%, 93.9%, 93.8%, 94.3% respectively for MZ, PG, CM, MP, without global trend. EA rate between ETEST and AD CLSI were 90.2%, 93.9%, 95.9% and 97.7% respectively for MZ, PG, CM and MP without trend except for CM and MP with a trend >30%. EA rate between ETEST and AD EUCAST were 73.7% and 93.9% for MZ and PG, without trend, 85.6% and 94.3% for CM and MP, with a trend > 30%.

Conclusion
In our study, EA between both reference methods for determining MICs of anaerobic bacteria are >90% for PG, CM and MP but not for MZ when applying the ISO 20776-2 criteria. The results obtained for the four ETEST strips on BBA compared to those obtained with the CLSI method are compliant to the expected ones (EA>90%). But, when compared to the EUCAST method, ETEST gives EA>90% only for PG and MP. Thus, ETEST® using BBA only complies with CLSI recommendations and cannot follow EUCAST recommendations for all antibiotics.

Mots cles
Anaerobes, ETEST®, reference methods

Objectif - Introduction
La tularémie est une zoonose causée par Francisella tularensis. De gravité variable, sa déclaration est obligatoire. Le diagnostic repose essentiellement sur la sérologie. Depuis début 2023, le laboratoire Eurofins-Biomnis réalise la sérologie tularémie en chimiluminescence (CLIA) avec le kit TULAREMIA VIRCLIA® IgG+IgM MONOTEST. La méthode entièrement automatisée permet un rendu rapide des résultats mais ne permet pas de différencier une infection récente d’une infection ancienne (recherche d’anticorps totaux), de plus la valeur prédictive positive du kit en conditions réelles d’utilisation est insuffisante (64.4%). L’objectif de ce travail était de comparer les performances du kit VirClia® à un kit ELISA (SERION ELISA classic Francisella tularensis IgG/IgM) également disponible sur le marché.

Materiels
Pour cette étude rétrospective, les performances (sensibilité (Se), spécificité (Sp), valeur prédictive positive (VPP) et négative (VPN)) ont été déterminées à partir de 147 sérums de patients reçus au laboratoire sur la période juillet 2024 – juillet 2025. La Se a été évaluée à l’aide de n=49 sérums de patients ayant une tularémie confirmée par le CNR. La spécificité a été évaluée à partir de 3 groupes de patients (n=98) (Fig1). Les essais ont été réalisés selon les recommandations des fournisseurs (échantillons stockés à -20°C). Les calculs et figures ont été réalisés à l’aide du logiciel Microsoft Excel.

Resultats
Les performances sont synthétisées dans le tableau 1. Une courbe ROC a été réalisée pour le kit ELISA IgM dans le but de réévaluer le seuil de positivité du kit (initialement à 15 UI/mL) pour optimiser les performances du kit. Avec un seuil à 25 U/mL, on note une augmentation significative de la VPP du kit IgM (80,39%) sans perte en sensibilité (95,35%).

Conclusion
Dans les conditions d’utilisation du fournisseur (seuil de positivité IgM = 15 U/mL), les performances des deux kits sont équivalentes (forte Se au détriment d’une faible spécificité / VPP). Néanmoins l’optimisation du seuil pour le kit ELISA SERION à 25 U/mL permet d’augmenter de façon significative la VPP, sans perte en sensibilité. De plus, la méthode ELISA permet un dosage séparé des IgM et des IgM facilitant l’interprétation de la sérologie par rapport au VirClia®. En conclusion le laboratoire changera de méthode pour la sérologie tularémie au profit du kit ELISA SERION.

Mots cles
sérologie tularémie
 

Objectif - Introduction
Rapide mais d’une fiabilité discutée, la valeur de la coloration de Gram sur frottis de Lavage Broncho-Alvéolaire (Gram, LBA) dans les pneumopathies bactériennes reste débattue. Nous avons évalué en routine la concordance Gram-culture sur LBA ainsi que l’impact de l’expérience du lecteur, une donnée peu rapportée dans la littérature.

Materiels
Il s’agit d’une étude rétrospective monocentrique menée sur l’ensemble des LBA reçus en bactériologie en 2024 à l’hôpital Européen Georges-Pompidou. Les Grams ont été lus par des techniciens (expérience <5 ans pour 90%) et comparés à la culture quantitative interprétée selon les seuils du référentiel de microbiologie médicale. Les critères de concordance retenus sont en annexe. Les valeurs prédictives positive (VPP) et négative (VPN) et le coefficient kappa de Cohen ont été calculés après exclusion des flores seules (Gram et culture). Une seconde lecture des Grams en aveugle a été réalisée par des biologistes (expérience ≥5 ans) sur 102 échantillons ; test statistique de McNemar.

Resultats
Les 673 LBA inclus provenaient en majorité de patients de réanimation ; âge moyen, 61 ans et sex-ratio H/F, 2,1. La concordance globale Gram-culture était de 59 %. Elle atteignait 73 % en l’absence de bactérie au Gram, 67 % si flore polymorphe et 42 % si présence de bactérie(s). Lorsqu’un morphotype unique était observé au Gram (n=141), la concordance augmentait avec la semi-quantification (81 % si nombreux). La VPN était de 0,84 et la VPP de 0,56. Le coefficient kappa était de 0,65 (bon accord). Aucune différence significative de lecture n’a été observée entre techniciens et biologistes (p=1,0).

Conclusion
Un Gram rendu “absence” concorde fréquemment avec la culture, tandis qu’un rendu “positif” montre une concordance limitée, sauf en cas de morphotype unique prédominant où la performance s’améliore. La VPN plus élevée que la VPP rejoint l’expérience rapportée par certains auteurs et réanimateurs de notre centre, qui accordent davantage de crédit au Gram négatif. Aucun bénéfice de relecture par un biologiste d’expérience n’a été observé suggérant une limite de l’examen plutôt que de l’opérateur.

Mots cles
lavage broncho-alvéolaire ; LBA ; coloration de Gram ; culture bactériologique ; pneumopathie nosocomiale ; VPP ; VPN ; concordance

Critères de concordance Gram-culture

Objectif - Introduction
C. difficile est un pathogène responsable de diarrhées associées aux antibiotiques, et de colites pseudo-membraneuses, par production de deux toxines (A et B). Les recommandations européennes préconisent pour le diagnostic, un premier test avec la détection de la glutamate déshydrogénase (GDH), avec une excellente valeur prédictive négative. Les résultats positifs restent à confirmer, sans qu’il n’y ait à ce jour de consensus sur le choix du deuxième test pour la recherche des toxines (TOX). Le test immunofluorescent (FIA) Sofia® 2 C. difficile (QuidelOrtho) est utilisé pour la détection de la GDH et des toxines de C. difficile en établissant un score, le S/CO qui reporte la présence ou non d’un analyte. L’objectif de cette étude a été d’établir un algorithme décisionnel diagnostique basé sur les valeurs du S/CO rendu par le test FIA Sofia® 2 C. difficile.

Materiels
Durant 7 mois, le test Sofia® 2 C. difficile a été utilisé pour la détection de la GDH et des toxines sur toutes les recherche de C. difficile sur selles par le laboratoire et les scores de S/CO ont été relevés. Une recherche de toxine par PCR sur le système BDMAXTM (Becton Dickinson) avec le kit BDMAXTM Cdiff, a été effectué sur toute selle présentant une positivité en GDH. Les caractéristiques clinico-biologiques des patients ont été étudiées.

Resultats
Sur la période étudiée, 712 recherches de C. difficile sur selles ont été adressées au laboratoire. Sur 110 prélèvements avec une GDH positive, 28 prélèvements avaient un profil GDH+/TOX+/PCR-, dont 100% avec un score S/CO de toxine A et/ou B <10 et 86% avec un score S/CO de GDH <50. 29 prélèvements avaient un profil GDH+/TOX+/PCR+, dont 86% avec un score S/CO de GDH >50 et 54% un S/CO en toxine A et/ou B >10. 24 prélèvements avaient un profil GDH+/TOX-/PCR+, dont 75% avec un score S/CO de GDH > 50. 29 prélèvements avaient un profil GDH+/TOX-/PCR-, dont 86% avec un score S/CO en GDH <50. Dans 47% des prélèvements avec une GDH positive, les résultats retrouvés entre les toxines en FIA et la PCR étaient discordants dont 6 patients traités par fidaxomicine de façon inappropriée.

Conclusion
Un algorithme décisionnel a été établi selon des seuils de S/CO en FIA pour la GDH à 50 et pour les toxines à 10. La biologie moléculaire trouve sa place dans les discordances GDH/toxine et les incohérences clinico-biologiques.

Mots cles
Clostridioides difficile
Immunofluorescent Sofia® 2
 

Objectif - Introduction
L’objectif est d’évaluer un réactif, TISSUtainer couplé à une détection en milieu enrichi en flacon d’hémoculture dans le diagnostic des infections ostéo-articulaires (IOA) dans un centre hospitalo-universitaire parisien, membre du réseau des Centres de référence des infections ostéoarticulaires complexes (CRIOAC).

Materiels
De décembre 2024 à janvier 2025, 37 biopsies osseuses provenant de 9 patients suspects d’IOA ont été prélevées au bloc opératoire et testées en parallèle avec la technique classique du laboratoire (protocole C :  broyage à bille en pot stérile Nalgene, Sigma Aldrich couplé à des bouillons Rosenow) vs le dispositif Diagante (protocole D : flacon à bille prêt à l’emploi TISSUtainer couplé à des flacons d’hémoculture BACT/ALERT PF plus et BACT/ALERT SN, Biomérieux. Le broyage a été effectué sur le dispositif Retsch MM301 et le broyat a été ensemencé en gélose enrichie incubée 5 jours. Le bouillon Rosenow a été repiqué systématiquement de J5 à J12 en fonction du dépistage de la positivité par réaction colorimétrique. Les bouillons Rosenow et flacons hémocultures ont été incubés 14 jours. La classification des patients (infection VS non infecté) était établie indépendamment des résultats du protocole D, dans le cadre de staff du CRIOAC.

Resultats
Au total, 9 patients ont été inclus dont 6 ont été classés comme ayant une IOA avérée (4 à S.aureus, 1 à S. epidermidis, 1 à C. avidum). Chez les patients ayant une IOA confirmée, 19/26 (73%) prélèvements avec C vs 10/16 (63%) avec D étaient positifs en culture primaire. En parallèle, 21/26 (80%) avec C vs 22/25 (88%) avec D étaient positifs après enrichissement en milieu liquide. La sensibilité et la spécificité était de 81% et 85% pour C vs 88% et 92% pour D. Un gain de temps était observé avec l’utilisation des flacons d’hémoculture par rapport aux bouillons Rosenow, avec une moyenne de délai de positivité de 27.75h vs 128h pour C. Pour un cas d’infection chronique tardive sur prothèse totale de hanche à C. avidum, le protocole D était moins sensible (3/4 prélèvement positif avec C vs 1/4 positif avec D). Le nombre de contamination était de 2/37 (5%) avec le protocole D vs 5/38 (13%) avec le C.

Conclusion
Cette étude montre que le nouveau protocole de prise en charge des biopsies osseuses limite les contaminations et améliore le délai de rendu des cultures pour une prise en charge rapide des IOA.

Mots cles
TISSUtainer hémoculture

Objectif - Introduction
L’extraction des microorganismes présents dans les tissus est une étape préanalytique majeure pour optimiser la documentation d’une infection, notamment pour les bactéries productrices de biofilm. Le but de notre étude est d’évaluer les performances d’un dispositif d’extraction couplant les pots TISSUtainer au broyeur Retsch (TR) sur des placentas et des tissus ostéoarticulaires (OA).

Materiels
Le système de broyage TR est comparé au système pot DHX/broyeur Ultraturrax (DU). Les deux pots incluent des billes en acier. Le pot TR contient un milieu de transport. Chaque nature de prélèvement est pris en charge dans un pot TR et DU. 1 mL de BHI est ajouté dans le pot DU avant broyage. 100 µL de chaque broyat sont ensemencés en gélose et bouillon selon les protocoles usuels. Pour chaque espèce identifiée, une approche quantitative est réalisée : nombre de bactéries si la culture sur gélose est inférieure à 1 quadrant, sinon nombre de quadrants positifs.

Resultats
L’évaluation a été réalisée sur 34 placentas. Le taux de positivité (TP) est respectivement de 24,5% (8/34) et 20,5% (7/34) pour les systèmes TR et DU. L’approche quantitative est identique pour 4 placentas et en faveur du TR (gain d’un quadrant) pour 3 placentas (42,8%). Un placenta présente une culture positive à E.coli et K.pneumoniae uniquement avec le système TR.
L’étude a porté également sur 32 tissus OA. Le TP est de 87,5% (28/32) pour les 2 systèmes et les mêmes espèces bactériennes ont été objectivées à l’exception de K.pneumoniae retrouvée dès les 4 premiers jours de culture seulement par le broyage TR. L’approche quantitative est identique pour 23 tissus OA, mais excédante de 1 à 2 quadrants pour 5 (17,8%) tissus infectés à S.aureus, K.pneumoniae et H.parainfluenzae en broyage TR.

Conclusion
Le système de broyage TR est performant pour l’extraction des bactéries sur placenta et tissus OA, avec parfois une approche quantitative et qualitative supérieure au système actuel. L’étude de praticabilité objective : 1. un pot à broyeur avec double emballage compatible avec le bloc opératoire 2. un milieu de transport intégré au pot limitant le risque de contamination ou d’erreur d’inversion 3. un broyeur avec un impact sonore minimisé.

Mots cles
Système de broyage - Placenta - Tissus Ostéoarticulaire  

Objectif - Introduction
The risk of periprosthetic infection is evaluated up to 2%. No marker is available for a definite detection of these infections. Leukocyte Esterase (LE) is a biomarker showing advantages in infection diagnosis. The aim of the study is to evaluate LE performances in the operating room for patients with surgery revision and negative preoperative assessment.
 

Materiels
We conducted a single-center prospective study between 01-2024 and 04-2025. All patients presenting for a revision surgery with negative tests for an infection, were consecutively included. During surgery, joint fluid samples were performed for microbiology and LE assay. The LE assay is a colorimetric test, considered positive if strips show more than one cross. Infection criteria of infection were defined according to 2018 MSIS classification.
 

Resultats
Of the 78 patients included, mean age was 77.1 ± 6.5 yo, 41 (52%) were female. Prosthetic joints involved hip, knee and shoulder in 33 (42%), 40 (51%) and 5 (6%) patients respectively. Fifty two (67%) patients had at least one previous revision surgery. Among all patients, 21 (27%) presented loosening surgical indication, 18 (23%) material instability, 11 (14%) prosthesis dislocation and 28 (36%) patients were referred for a suspicion of infection. According to MSIS criteria, 17 (22%) infections were confirmed. Microbiology peroperative samples of infected patients showed 6 Staphylococcus aureus (SA) including one methicillin-resistant SA, 4 Cutibacterium acnes, 12 coagulase negative staphylococci. Among all samples performed, only 54 were (69%) interpretable because 24 (31%) presented hemarthrosis. The test was positive in 21 (39%) cases. Performances showed 82% sensitivity, 81% specificity, 91% negative predictive value (NPV) and 67% positive predictive value. NPV high performance of LE assay enabled the surgeon to confirm rapidly non infected revisions leading to antibiotic savings and adapted management of patients.

Conclusion
LE is a rapid test with high NPV easy to perform during revision surgery. It is useful to trend towards a therapeutic strategy for patients with prosthetic revisions and negative preoperative assessment.
 

Mots cles
leukocyte esterase, prosthetic joint, infections, revision surgey

Objectif - Introduction
La culture conventionnelle est centrale dans le diagnostic microbiologique des infections ostéoarticulaires (IOA) et doit inclure un broyage des prélèvements solides avant ensemencement. L’objectif était ici de comparer les performances analytiques de 2 nouveaux flacons, ProbeAx Evolution (PAx ; Axonlab) et TISSUtainer (TIt ; Diagante), au flacon Ultra-Turrax® UTX-001 (UTx ; Labelians).

Materiels
Chez 15 patients à forte suspicion d’IOA, 2 biopsies osseuses parmi les 3-7 réalisées pour le soin courant (SOC) ont été réalisées en triple et introduites par les chirurgiens dans les 3 flacons. Après transport (± conservation préanalytique à +4°C), les flacons UTx, PAx et TIt ont été respectivement broyés 1min sur Ultra-Turrax® (IKA), 1min sur SpinAX® (AxonLab) ou 2,5min sur MM400 (Retsch®). Les broyats ont été analysés selon les recommandations du REMIC. Des comparaisons qualitatives et quantitatives ont été réalisées vs les résultats du SOC.

Resultats
Les résultats des 3 à 7 flacons UTx (SOC) des 15 patients ont montré :
- une absence d’infection pour 3 patients : les 2 prélèvements en PAx et TIt étaient aussi négatifs ;
- 7 infections monomicrobiennes : détectées dans 6 cas / 7 (86%) dans ≥ 1 des 2 prélèvements de l’étude (parmi les 3-7 du SOC), ceci par tous les flacons comparés (UTx, PAx, TIt) ;
- 5 infections polymicrobiennes, pour un total de 16 espèces bactériennes : 14 (87,5%) ont été détectées en UTx, 11 (69%) en PAx et 12 (75%) en TIt.
Des espèces additionnelles ont été retrouvées : 3 en PAx et 2 en TIt ont été jugées comme contaminants ; 5 en PAx et 3 en TIt ont été considérées comme pathogènes (Tableau 1).
Au final, les nouveaux flacons donnaient des résultats strictement concordants ou avec plus d’espèces détectées que les UTx du SOC dans 76,7% pour les PAx comme les TIt.
Le nombre de colonies obtenues en culture n’était pas significativement différent malgré un volume de broyage différent (UTx : 1 mL ; PAx : 5 mL ; TIt : 10 mL).

Conclusion
Cette étude prospective, bien que limitée en nombre de patients, montre des performances analytiques équivalentes entre les 2 flacons PAx et Tit, semblant supérieures au SOC (UTx). Des critères de praticabilité doivent aussi être considérés : sachet et support du flacon, résistance aux chocs (pneumatique), bruit (UTx > TIt > PAx), encombrement (TIt > UTx et PAx) ou volume de broyat disponible (TIt > PAx > UTx).

Mots cles
Broyage – infections ostéoarticulaires

Tableau 1. Comparaison des résultats obtenus par 3 types de flacons pour le broyage des prélèvements orthopédiques chez 15 patients suspects d’infection ostéoarticulaire.

Objectif - Introduction
Serious bloodstream infections pose a major challenge to healthcare systems worldwide. Prompt pathogen identification from positive blood cultures is critical for guiding targeted antimicrobial therapy. This study evaluates the performance of the VITEK® MITUBE device as compared to the Sepsityper® kit for bacterial identification directly from positive blood cultures (PBC) by MALDI-TOF mass spectrometry (MS) analysis.

Materiels
A total of 201 monomicrobial Gram-negative PBC were collected and analyzed at Policlinico Gemelli Hospital. After positivity and microscopic examination, samples were processed with VITEK® MITUBE and Sepsityper® devices, and analyzed by MALDI-TOF on VITEK® MS PRIME (bioMérieux) and MBT Smart MALDI-TOF (Bruker Daltonics), respectively (rapid protocol). An additional wash step was applied in case of no ID or low score (extended protocol). Species identification rates, confidence scores, and concordance were assessed for major Gram-negative species. Colony identification on both systems served as reference, or sequencing in case of discordance.

Resultats
All the PBC included in the study were processed in an average time of 2 hours and 27 minutes. The most frequently identified species were E. coli (n = 91), K. pneumoniae (n = 39), P. aeruginosa (n = 14) and P. mirabilis (n = 11). Correct identification at the species level was reported for 97.0% (195/201) and 97.5% (196/201) using the rapid protocol for VITEK MS PRIME and Bruker system, respectively. Concordance was 100% after implementation with the extended protocol using both methods. Concordant species-level identifications between VITEK MS Prime and Bruker system were observed, achieving 95.5% (192/201) with the rapid protocol and 100% (201/201) with the extended protocol.

Conclusion
VITEK® MITUBE device demonstrated high confidence and accuracy for direct MALDI-TOF MS identification of major GN PBC, with rapid turnaround time following culture positivity and easy of use. Its performance was comparable to Sepsityper kit, supporting its potential role in improving microbiological fast diagnostics and antimicrobial stewardship.

Mots cles
Bloodstream infections, positive blood cultures, MALDI-TOF mass spectrometry, rapid bacterial identification, antimicrobial stewardship

Objectif - Introduction
Le sepsis est un enjeu de santé publique et le délai avant introduction d’une antibiothérapie efficace est inversement corrélée à la mortalité. Selon les recommandations HAS « sepsis », des outils d’identifications (ID) et d’antibiogrammes rapides (AST) doivent être implémentés pour les hémocultures. Deux stratégies d’ID rapides sont possibles : moléculaire et spectrométrie de masse (SM) MALDI TOF directe mais cette dernière nécessite de nombreuses étapes techniques. VITEK® MITUBE (MT) (bioMérieux) est un nouveau dispositif qui facilite et réduits ces étapes. Ce travail évalue, en conditions réelles, les performances, l’efficience technique (ET) et la valeur médicale (VM) du MT.

Materiels
192 hémocultures détectées positives par le BACT/Alert VIRTUO et présentant des bacilles à Gram négatif (BGN) à l’examen direct ont été comparées sur une période de 2 mois entre MT et la routine (SOC) utilisant une culture précoce à 8h en WASP/WASPLab. Les ID ont été réalisées par SM MALDI TOF utilisant VITEK® MS PRIME (KB3.3). L’ET est évaluée par mesure du temps technique nécessaire pour réaliser MT et la valeur médicale par la mesure du temps d’obtention des résultats (TAT) par rapport au SOC.

Resultats
Sur 192 échantillons, 57 (30%) ont été exclus : 5 (3%) car polymicrobiens, 20 (10%) pour échec MT (inoculum <0.5 McF) et 32 (17%) pour espèce non validée pour MT. 124/135 (91,8%) ont été correctement identifiées au niveau de l’espèce/complexe. Optionnelle, l’étape de lavage a permis 2 ID supplémentaires soit 126/135 (93,3%). Par espèce/complexe, 100% pour K. oxycota (5/5), K. aerogenes (2/2) et P. mirabilis (1/1) suivi de 98,9% E. coli (90/91), 88,9% P. aeruginosa (8/9), 84,2% K. pneumoniae (16/19), 57% E. cloacae complex (4/7) et P. vulgaris (0/1) ont été identifiés avec MT. Le temps d’obtention de l’ID par MT était de 26min50s vs. 2min 43s pour ID MALDI TOF sur colonies avec une ET de 7min46/MT. Le TAT d’ID a été réduit de 32h (p <0,0001) avec MT.

Conclusion
Dédié aux ID rapides des BGN, VITEK® MITUBE montre d’excellentes performances pour une ET acceptable et une valeur médicale très importante. VITEK® MITUBE fournit en moins d’1h post examen direct l’ID indispensable aux outils d’AST rapides et représente un outil intéressant aux heures ouvrables, économisant les outils moléculaires pour les périodes de continuité des soins.

Mots cles
Identification, MALDI-TOF, Hémocultures, Sepsis, VITEK® MITUBE, HAS

Objectif - Introduction
Aerococcus urinae, un pathogène émergent, a été identifié au 6^ème rang des infections urinaires chez la population âgée. Sa détection précoce reste importante pour la santé des patients car elle pourrait provoquer des infections invasives telles que la septicémie, l'endocardite infectieuse associée à un taux de mortalité élevé.
L'objectif de l'étude était d'évaluer la capacité de CHROMID^®CPS Elite (BioMérieux) à détecter des espèces d'Aerococcus en comparaison avec la gélose Columbia ANC incubée 12h, 18h et 24h dans le WASPLAB^®.

Materiels
Au total, 13 espèces d'Aerococcus provenant d'échantillons urinaires : A.urinae (n=7), A.sanguinicola (n=4) et A.viridans (n=2) ont été inoculées par le WASP®  avec un inoculum de 1μl et 10μl à 2 concentrations bactériennes (10⁴ et 10⁷ UFC/mL) sur la gélose biplate CHROMID^® CPS^® Elite agar/Columbia ANC agar + 5 % de mouton (CPSE/ANC).
Les boites ont été incubées dans le WASPLAB^® pendant 12h, 18h et 24h sous atmosphère aérobie. La croissance a été evaluée à partir des images WASPLAB^® et l'évaluation de la performance a été réalisée pour tous les temps d'incubation et les 2 milieux de culture.



 

Resultats
Pour un total de 52 résultats, la fertilité globale de CPSE évolue respectivement de 61,5 % à 12h à 80,8 % et 86,5 % à 18h et 24h.
En comparaison, pour ANC, la fertilité globale était respectivement de 53,8 % à 12h, 71,2 % à 18h et 80,8 % à 24h.
Après 24h d'incubation, par espèce, le taux de fertilité était meilleur pour A.urinae pour ANC (96,4 %) par rapport à CPSE (75 %). Pour A.viridans, les deux milieux ont montré la même fertilité avec un taux à 100 %.Concernant A.sanguinicola, le milieu CPSE a montré une fertilité plus élevée (100 %) par rapport au ANC (43,8 %).

Conclusion
L'incubation automatisée de CHROMID^®CPSE montre une fertilité plus élevée que celle du milieu ANC pour la détection des espèces d'Aerococcus et permet la croissance de 61,5 % des différentes espèces à 12h d'incubation. Grâce aux performances des algorithmes, la détection des microcolonies est fortement améliorée et intégrée dans PhenoMATRIX™ pour une meilleure détection de ces pathogènes spécifiques.

Mots cles
Aerococcus sp
CPS Elite
Detection précoce
 

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Enterobacter bugandensis, Spectrométrie MALDI-TOF Bruker, Identification en routine hospitalière

Objectif - Introduction
Les adénopathies représentent un motif fréquent d’exploration clinique. Si leurs causes peuvent être multiples, les étiologies infectieuses en constituent une part importante. L’examen microbiologique des prélèvements ganglionnaires est un outil-clé du diagnostic. Pourtant, ces prélèvements sont souvent accompagnés de prescriptions très hétérogènes, et rarement exhaustives au regard des principales étiologies bactériennes impliquées. Pour répondre à cette variabilité et améliorer le rendement diagnostique, un protocole spécifique standardisé a été mis en place au CHU de Rennes en 2022. Ce travail évalue la pertinence de cette stratégie.

Materiels
Tous les prélèvements ganglionnaires reçus depuis 2022 au laboratoire de Bactériologie du CHU de Rennes ont été analysés par une approche combinée culture/biologie moléculaire ciblant les agents pyogènes, les mycobactéries, Bartonella spp, et Francisella tularensis. Les PCR Tropheryma whipplei, Coxiella burnetii et 16S n’étaient réalisées qu’en cas de forte suspicion clinique. Une analyse rétrospective a été réalisée sur les prélèvements reçus entre 2022 et 2024, comparant prescription initiale et diagnostic finalement établi.

Resultats
Sur 292 prélèvements, 49 (17%) ont révélé une étiologie bactérienne : 21 mycobactéries (17 M. tuberculosis complex et 4 M. avium), 21 Bartonella spp., 6 F. tularensis, et 1 T. whipplei. Parmi ces cas positifs, 38 (78%) correspondaient à des prescriptions adaptées. En revanche, 11 diagnostics (22%) ont été posés grâce à l’intervention du biologiste : 6 bartonelloses, 3 tularémies et 2 tuberculoses. Ces cas n’auraient pas été identifiés en suivant strictement la prescription initiale.

Conclusion
L’approche syndromique standardisée appliquée aux adénopathies améliore significativement le rendement diagnostique, en compensant la variabilité et les lacunes potentielles des prescriptions initiales. Dans près d’un quart des cas positifs, cette stratégie a permis d’identifier une étiologie bactérienne qui n’avait pas été initialement suspectée. L’élargissement systématique du panel à d’autres agents infectieux (fièvre Q, maladie de Whipple, PCR 16S) pourrait encore renforcer la performance de ce protocole dans une logique de dépistage syndromique et reproductible.

Mots cles
Adénopathie, Tuberculose, Bartonellose, Tularémie, approche syndromique

Objectif - Introduction
Les infections ostéo-articulaires (IOA) représentent un défi diagnostique, en particulier après antibiothérapie préalable ou en présence de pathogènes difficiles à cultiver. Les progrès récents en biologie moléculaire, notamment la PCR multiplex, permettent une identification rapide, améliorent la sensibilité de détection des pathogènes et favorisent une adaptation plus ciblée de l’antibiothérapie. Néanmoins, l’évaluation de son impact clinique reste limitée et nécessite des études prospectives approfondies.

Materiels
Étude rétrospective monocentrique menée d’octobre 2022 à décembre 2024. L’objectif principal était d’évaluer l’impact de la PCR multiplex sur l’adaptation de l’antibiothérapie, et le secondaire sa performance diagnostique comparée aux méthodes conventionnelles. Les analyses statistiques ont été réalisées en univarié, avec un seuil de significativité fixé à p<0,05.

Resultats
Parmi les 40 recours à la PCR multiplex (panel ostéo-articulaire), 25 patients ont été inclus (Fig. 1). Le taux de positivité était de 32% (8/25), avec l’identification de 21 bactéries contre 15 par culture classique. La PCR s’est révélée particulièrement contributive pour la détection d’agents difficilement cultivables (notamment des anaérobies), ainsi qu’en cas d’infections polymicrobiennes ou d’antibiothérapie préalable (Tab. 1). Un gain diagnostique a été observé dans 20% des cas (5/25), avec au moins un pathogène supplémentaire, dont 15% (2/13) concernaient des cultures entièrement négatives (Tab. 2). Elle a conduit à une adaptation de l’antibiothérapie dans 44% des cas (11/25), dont 28% correspondaient à une désescalade (7/25). Son rendement semblait optimal lorsque le test était réalisé dans les trois jours suivant le prélèvement.

Conclusion
La PCR multiplex constitue un outil diagnostique complémentaire dans la prise en charge des IOA, notamment en cas de cultures négatives ou d’infections complexes. Elle améliore la détection des pathogènes, en particulier des anaérobies, et permet une adaptation ciblée de l’antibiothérapie. Malgré certaines limites, ces résultats soutiennent son intégration dans les stratégies diagnostiques et justifient la conduite d’études prospectives multicentriques.

Mots cles
Infections ostéo-articulaires, diagnostic rapide, PCR multiplex

Fig. 1. Diagramme de flux des patients pris en charge pour suspicion d’infection ostéo-articulaire ayant bénéficié d’une PCR multiplex.

Tab. 1. Caractéristiques des patients explorés par PCR syndromique (panel ostéo-articulaire).

Tab. 2. Concordance entre les résultats du panel PCR multiplex et ceux des cultures conventionnelles.

Objectif - Introduction
La survenue de bactériémie durant le séjour hospitalier aggrave le pronostic des patients. La détection rapide des agents pathogènes responsables est cruciale pour une administration précoce d'antibiothérapie efficace. Le test BioFire®FilmArray® (BCID2) est une PCR multiplexe qui permet l’identification de 33 agents pathogènes et dix gènes de résistance (Tableau I) en une heure.
Le but de cette étude était d’évaluer les performances diagnostiques du test moléculaire BCID2 par rapport aux méthodes conventionnelles et d'étudier son apport clinique chez les patients brûlés septiques admis en réanimation.

Materiels
Nous avons mené une étude prospective évaluative, sur 2 ans (janvier 2022-décembre 2023), incluant les patients ayant présenté au moins un épisode septique au cours duquel des hémocultures ont été analysées simultanément par deux méthodes le test moléculaire BioFire® FilmArray® BCID2 et les méthodes conventionnelles (culture et antibiogramme).

Resultats
Au total, 106 épisodes septiques ont été notés chez les 81 patients (sexe-ratio H/F = 2,6 ; âge moyen 34 ± 18,7 ans). La concordance d’identification entre BCID2 et culture était de 74%. Ce taux passait de 87?%pour les cultures monomicrobiennes à 45,4% pour les polymicrobiennes. La sensibilité du test pour les cibles du panel était de 90% et la spécificité était de 98%.La concordance pour les gènes de résistance était de 64 % : la détection de béta-lactamase à spectre étendu(12/15), de carbapénèmases (26/43), de Staphylococcus résistant à la méticilline (6/15), d’Enterococcus résistant à la vancomycine (3/3).Le profil moléculaire des carbapénèmases détectées montrait principalement les gènes blaNDM(entérobactéries ;n=8, P.aeruginosa ;n=7, A.baumannii ;n=3), blaOxa48-like (entérobactérie ;n=1) et blaVIM( P. aeruginosa ;n=8).Le délai moyen de rendu du résultat avec le test moléculaire BCID2 était significativement plus court que les méthodes conventionnelles (1 h 10 min contre 71h 26 min (p<0,001)). L’antibiothérapie a été modifiée chez 48 % des patients (n=39) : escalade dans 95 % (n=37) et désescalade dans 5 % (n=2). Une évolution favorable a été observée chez 74,4 % (n=29).

Conclusion
L’étude a montré une bonne performance diagnostique du test BioFire®FilmArray® (BCID2) avec une sensibilité et spécificité élevées, ainsi qu’un gain de temps dans la prise en charge.

Mots cles
hémoculture, FilmArray, résistance aux antibiotiques, brûlés

Tableau I : Cibles détectées par le panel FilmArrayBioFire® BCID2

Objectif - Introduction
Objectiver l’apport diagnostique du test moléculaire syndromique BIOFIRE Joint Infection (BF JI) sur les liquides articulaires (LAR) par rapport à la culture conventionnelle pour la prise en charge des patients après environ 2 ans d’implémentation

Materiels
Introduit en 2023, BF JI a été intégré de manière systématique au « kit infections ostéo articulaires » pédiatrique et à la demande pour les adultes ayant une suspicion d’IOA aiguë sur articulation native. Réalisé 24/24, il est systématiquement couplé à la culture conventionnelle réalisé selon le REMIC v7. En fonction du contexte clinique, une PCR 16S peut être réalisée. 104 liquides articulaires ont été analysés dont 67 provenant de pédiatrie. A noter que 21 prélèvements avaient été adressés par des laboratoires extérieurs.

Resultats
Entre Décembre 2023 et juillet 2025, 22 BF JI/104 (21%), dont 18 provenant de prélèvements de pédiatrie, ont été positifs. 8 BF JI + ont été confirmés par culture et 2/2 en PCR 16S (Tableau 1). Parmi les82 BF JI négatifs, 4 LAR ont présenté une culture positive et 3/45 une PCR 16S contributive pour les bactéries absentes du panel BF JI.

Conclusion
Après 2 ans d’implémentation, le BF JI montre son intérêt dans la prise en charge des arthrites septiques aiguës de pédiatrie permettant une optimisation de l’antibiothérapie et une sortie d’hospitalisation du patient sans permettre une exhaustivité (N. meningitidis etc. absent du panel). Chez l’adulte, le BF JI reste peu prescrit et nécessite des échanges clinico-biologiques complémentaires pour un positionnement efficient.

Mots cles
Infections osteo articulaires, PCR syndromique, BIOFIRE, Liquide articulaire

Objectif - Introduction
Face à l’augmentation des prescriptions du FilmArray Pneumonia Panel (FAPP) en réanimation, nous avons évalué les performances et l’apport de ce test dans la prise en charge des patients de réanimation. L’objectif était de redéfinir une stratégie d’utilisation du FAPP.

Materiels
Etude rétrospective (janvier 2024 à juillet 2025) en réanimation incluant tous les FAPP sur prélèvements respiratoires distaux protégés. Comparaison des résultats du FAPP aux méthodes standard (MS : culture, PCR grippes/Covid/VRS) et analyse des indications (motif d’admission, délai < ou > à 48h d’hospitalisation, autres prélèvements microbiologiques disponibles).

Resultats
Inclusion de 55 patients, 76% (n=42) entrés ou admis directement en réanimation et 71% (n=39) pour  atteinte respiratoire aigüe. Soixante-deux FAPP ont été réalisés avec 27 positifs (44%) et 35 négatifs (56%). La majorité (63%, n=39) étaient prescrits entre J0 et J2. 
Les performances globales du FAPP par rapport aux MS sont bonnes (Se=95%, Sp=79%, VPP=67%, VPN=97%) avec une concordance dans 52 cas (83%) : 18 FAPP positifs et MS identiques, 34 FAPP négatifs avec cultures non significatives (stérile, polymicrobienne, levure, S. mitis). Les 10 discordances (16%) sont représentées par 9 FAPP positifs et MS négatives (grippe A, M. pneumoniae, K. aerogenes, S. agalactiae) et 1 FAPP négatif avec culture positive (H. influenzae).
Concernant l’apport du FAPP entre J0 et J2, sur les 39 tests réalisés, 35 (90%) permettaient d’affirmer ou d’exclure rapidement une infection et 4 FAPP positifs étaient le témoin d’une colonisation oro-pharyngée. Après 48h d’hospitalisation, sur les 23 tests réalisés, 19 FAPP n’apportaient pas de nouveau diagnostic (agent infectieux déjà identifié ou MS déjà négative). Seulement 4 FAPP (17%) étaient contributifs (2 virus absents des MS et 2 bactéries non retrouvées en culture). 
Enfin, la répétition des FAPP durant l’hospitalisation pour 7 patients n’a pas été pertinente.

Conclusion
Le FAPP présente de bonnes performances et permet de poser ou d’exclure rapidement un diagnostic d’infection chez les patients admis en réanimation depuis moins de 48h (90%). La réalisation du test au delà de 48h ou la répétition de ce test était peu pertinente dans notre étude.

Mots cles
PCR, respiratoire, réanimation

Objectif - Introduction
En cas de gastro-entérite infectieuse, il peut être nécessaire de réaliser un diagnostic microbiologique par la réalisation d’une coproculture. Depuis quelques années, des PCR multiplex, plus rapides, sont commercialisées pour remplacer cette technique bactériologique. Elles sont associées en cas de PCR +, à une mise en culture spécifique lancée pour détecter la bactérie et réaliser un antibiogramme. Au CH de Valenciennes, le choix s’est porté sur la PCR GI Bacteria (Seegene®) associant 7 cibles : Aeromonas spp, Campylobacter spp, Salmonella spp, Shigella spp, Yersinia enterocolitica, Vibrio spp, et, la toxine de Clostridium difficile (ici non analysée). La mise en place a commencé le 09.09.2024. Après plus de 10 mois de pratique, notre objectif était d’affiner l’interprétation des PCR + au regard de son Ct et du résultat de la culture, afin d’aider le clinicien sur ce 1er résultat de moins de 24 h.

Materiels
Entre le 10.09.2024 et le 28.07.2025, sur le SIL du laboratoire ont été extraits la date, le n° de travail, la PCR+, son Ct, la ou les bactérie(s) obtenues en culture.

Resultats
Sur un bilan d’activité de 10,5 mois, 445 prélèvements été retrouvés avec 1 ou plusieurs PCR+, 413 avec 1 signal +, 30 avec 2+ et 2 avec 3+. Les 479 PCR + se répartissaient en 272 Campylobacter spp, 141 Aeromonas spp, 41 Salmonella spp, 14 Y. enterocolitica, 10 Shigella spp et 1 Vibrio spp. Elles étaient associées à des cultures + : 158 Campylobacter spp (58,1% des PCR+), 47 Aeromonas spp (33,6%), 31 Salmonella spp (75,6%), 5 Y. enterocolitica (35,7%) et 2 Shigella spp (20%). 219 (49.2%) étaient positifs en culture et strictement concordants avec le(s) résultat(s) de la PCR multiplex. Au regard des Ct et des cultures, quelques 1ers constats se dégagent. Les 13 PCR + à Campylobacter spp avec un Ct ≥ 40 sont toutes associées à une culture négative. Mais 33 des 155 PCR + à Campylobacter spp avec un Ct < 30 (21.3%) sont associées à une culture négative. Pour Aeromonas spp, aucune valeur seuil de Ct associée à une culture négative n’a été constatée. Enfin les 20 PCR+ à Salmonella spp avec un Ct < 34 sont toutes associées à une culture positive.

Conclusion
Cette analyse va être finalisée. Les conclusions constituant des aides à l’interprétation des résultats de PCR à 24h seront présentées dans le poster.

Mots cles
gastro-entérite bactérienne PCR multiplex Ct culture interprétation

Objectif - Introduction
Les infections du système nerveux central (méningites, encéphalites) sont des urgences diagnostiques et thérapeutiques. Leur diagnostic est complexe, les méthodes classiques pouvant être lentes ou peu sensibles. Le panel multiplex BioFire® FilmArray Meningitis/Encephalitis (ME) détecte rapidement 14 agents pathogènes dans un seul échantillon de liquide céphalo-rachidien (LCR). Avant sa mise en routine, nous avons comparé ses performances à celles de la PCR Argene® (bioMérieux), sur le LCR et d’autres matrices (plasma, prélèvements cutanéo-muqueux), dans des contextes cliniques spécifiques (hépatite fulminante, obstétrique), notamment pour HSV1 et HSV2. Chaque résultat positif BioFire® est confirmé par PCR Argene® si possible. Ce travail présente un retour d’expérience sur 18 mois d’utilisation.
 

Materiels
Tous les patients testés par BioFire FilmArray® (janv. 2024 - juil. 2025), en suspicion de méningite, hépatite fulminante ou contexte obstétrical, ont été inclus. Les 1654 tests BioFire® ME ont été comparés à la PCR Argene® pour HSV-1, HSV-2, VZV, CMV, HHV-6, entérovirus et paréchovirus. Une comparaison ciblée a été réalisée pour HSV-1 et HSV-2 sur 304 prélèvements cutanéo-muqueux et 137 plasmatiques.
 

Resultats
Sur 1654 tests LCR, 1455 (87,9 %) étaient négatifs, 198 (11,9 %) positifs. BioFire® a détecté 3 CMV (0,18 %), 122 entérovirus (7,37 %), 12 HSV1 (0,73 %), 4 HSV2 (0,24 %), 8 paréchovirus (0,48 %), 35 HHV6 (2,12 %) et 24 VZV (1,45 %). PCR Argene® a détecté respectivement 3, 30, 5, 0, 2, 6 et 8 cas, avec plusieurs tests non réalisés. Sur 137 plasmatiques, BioFire® et Argene® ont détecté 3 HSV1 (2,2 %) et aucun HSV2. Sur 304 prélèvements cutanéo-muqueux, BioFire® a détecté 17 HSV1 (5,6 %) contre 7 (2,3 %) avec Argene®, et 2 HSV2 (0,7 %) contre 1 (0,3 %).
 

Conclusion
Ce retour d’expérience souligne l’intérêt du panel BioFire® ME pour un diagnostic rapide et fiable sur le LCR et d’autres matrices comme le plasma et les prélèvements cutanéo-muqueux, dans des contextes spécifiques (hépatite fulminante, obstétrique). Il est nécessaire de poursuivre les analyses, notamment en comparant les valeurs Ct entre BioFire® et PCR Argene®, pour affiner l’interprétation et optimiser la prise en charge clinique.
 

Mots cles
BioFire® FilmArray ME Méningite Encéphalite, PCR multiplex, Liquide céphalo-rachidien (LCR), HSV-1 et HSV-2, Diagnostic rapide
 

Objectif - Introduction
Introduction
Dans un contexte d’augmentation constante de la résistance aux antibiotiques, il est crucial de disposer d’outils rapides et fiables pour la détection des gènes de résistance directement à partir des flacons d’hémocultures positifs (FHC+) chez les patients septiques.

Objectif
Évaluer en routine les performances analytiques du nouveau test PCR Molecular Mouse® (Launch Diagnostics) sur des FHC+ de patients hospitalisés.

Materiels
Les panels MM_GRAM_NEG_RES® (détection des gènes blaSHV, blaSHV-ESBL, blaCTX-M, blaKPC, blaNDM, blaVIM, blaIMP, blaOXA-48-like, blaCMY-2, blaOXA-23 et mcr-1/2 chez les BGN) et MM_GRAM_POS STAPH® (identification de Staphylococcus spp. et détection des gènes mecA, mecC et de la jonction mec-orfX chez S. aureus) ont été testés en prospectif après coloration de Gram sur les FHC+ prélevés chez les patients hospitalisés au CHU de Rennes entre mars et juillet 2025 (n=110). En parallèle, une identification par spectrométrie de masse MALDI-TOF (Bruker® MALDI Biotyper sirius) et un antibiogramme par diffusion en milieu gélosé (méthode de référence, MR) a été réalisé selon le CA-SFMv2024, complété par un test immunochromatographique et/ou une PCR si besoin.

Resultats
Pour les flacons positifs à BGN (n=62), la concordance globale était de 95 % avec la MR. Toutes les souches productrices de BLSE (n=9) et de carbapénémase (n=1) ont été correctement identifiées : 4 E. coli CTX-M (dont 1 SHV), 2 K. pneumoniae CTX-M, 2 E. cloacae complex CTX-M (dont 1 NDM) et 1 P. mirabilis CTX-M. Pour K. pneumoniae, le gène chromosomique blaSHV n’a été détecté que dans 73 % (8/11) des cas.
Pour les flacons positifs à staphylocoques (n=48), la concordance globale avec la MR était de 92 % tout en sachant qu’un problème de contrôle a été observé. Sur les 22 souches de S. aureus, 2 n’ont pas été identifiées (2 SASM) alors que les 4 SARM ont été correctement détectés. Parmi les 26 souches de SCN (15 S. epidermidis, 4 S. haemolyticus, 4 S. hominis, 2 S. lugdunensis, 1 S. capitis), 19 étaient résistantes à la méticilline dont 18/19 détectées par PCR (1 SERM faux négatif) tandis qu’un gène mecA a été faussement détecté chez la souche de S. capitis. 

Conclusion
Les performances de cette nouvelle approche rapide (résultats <1 h) sont bonnes et son intégration en routine pourrait aider à l’optimisation précoce de la prise en charge des patients septiques.

Mots cles
Hémoculture – PCR – sepsis 

Objectif - Introduction
Les bactériémies représentent un enjeu de santé publique majeur et restent associées à une mortalité élevée. L’identification précoce du pathogène ainsi que des mécanismes de résistance d’intérêt permettent d’améliorer la prise en charge des patients.
Au Laboratoire de bactériologie de l’Hôpital Bicêtre, tous les flacons positifs du matin font l’objet d’une pré-culture de 3h sur gélose au sang cuit. Une identification par spectrométrie de masse sur micro-colonies ainsi que la détection de quelques mécanismes de résistance grâce à des tests rapides, est réalisée sur les micro-colonies. Cette prise en charge est impossible pour les flacons qui se positivent le week-end ou le reste de la journée en semaine. Depuis janvier 2024, la mise en place du panel BIOFIRE^® Blood culture identification  (BCID2) (BioMérieux) a permis d’améliorer le rendu des résultats aux cliniciens pour ces flacons.

Materiels
Entre le 1er janvier 2024 et le 31 mai 2025, les flacons qui se positivaient après 8h30 en semaine, les samedis, dimanches et jours fériés étaient candidats à un panel BIOFIRE^® BCID2. Les flacons avec des bacilles à Gram négatif (BGN) ou des cocci à Gram positif en chainettes (CPC) à la coloration de Gram étaient prioritaires. Au total, 264 tests BCID2 ont été réalisés. En parallèle, les flacons ont tous été réisolés sur gélose au sang et gélose au sang cuit incubées dans les 3 atmosphères classiques. Les résultats des deux techniques ont été comparés.

Resultats
Sur 264 flacons testés, 231 étaient mono-microbiens et 33 étaient polymicrobiens en culture. La coloration de Gram montrait 71% de BGN et 19% de CPC. Pour 77% des flacons, l’identification BIOFIRE^® BCID2 était concordante au niveau de l’espèce avec la culture. Dans 15% des cas, aucune identification n’a été rendue par le BIOFIRE^® BCID2. La sensibilité et la spécificité du BIOFIRE^® BCID2 pour l’identification étaient respectivement de 90 et 100% pour les flacons mono-microbiens et de 90 et 75% pour les polymicrobiens. Pour les gènes de résistance détectés par BIOFIRE^® BCID2, aucun faux positif ou faux négatif n’a été observé (100% de concordance).
 

Conclusion
La mise en place du test BIOFIRE^® BCID2 a permis une optimisation de la prise en charge des flacons d’hémoculture positifs notamment le week-end. 

Mots cles
Hémoculture, PCR multiplexe, identification, résistance, bactériémie

Objectif - Introduction
Le diagnostic bactériologique des pneumopathies acquises sous ventilation mécanique (PAVM) repose sur la culture des prélèvements respiratoires. Le délai d’obtention des identifications et des antibiogrammes (24-72h) peut retarder l’instauration d’un traitement optimal. L’objectif de cette étude est d’évaluer l’intérêt clinique du FilmArray Pneumonia plus (FA), en comparaison à la culture, pour optimiser la prise en charge des PAVM

Materiels
Une étude rétrospective monocentrique a été menée de janvier 2023 à décembre 2024 sur toutes les prescriptions de FA. Les résultats de la culture ont été obtenus à partir du SIL MOLIS, les données cliniques et thérapeutiques des patients à partir des dossiers patients ORBIS. La concordance entre les deux méthodes ainsi que l’impact du FA sur l’adaptation thérapeutique ont été évalués.

Resultats
194 prélèvements (187 patients) ont été analysés. 73% des patients étaient des hommes, âge moyen 59 ans, hospitalisés en Réanimation (93%). Les prélèvements (64% < 5j d’hospitalisation) étaient : 18% expectorations, 23% fibroaspiration, 26% aspiration trachéale, 33% LBA. Les FA étaient positifs dans 114/192 (60%) des cas. La concordance globale culture/FA était faible (55%). 8 cas étaient culture pos/FA nég : 3/8 bactéries absentes du panel, 5/8 quantification proche du seuil de détection. 35 cas étaient culture nég/FA pos (79% bactéries communautaires, sensibles à antibiothérapie probabiliste instaurée depuis 24-48h). Pour les « culture positive/FA positif » (n=69), 32 étaient discordants : bactéries supplémentaires en FA (n=17) ou en culture (n=5), ou totalement discordants (n=10). Le FA a conduit à une adaptation thérapeutique précoce dans 50,8% des cas : désescalade 38%, escalade 7%, adaptation 37%, arrêt antibiothérapie 15%, pas d’instauration 3%.
 

Conclusion
Cette étude montre l’intérêt du FA dans l’adaptation thérapeutique précoce, tout en soulignant l’importance de discuter de la place du FA par rapport à la culture au vu de la faible concordance entre les deux techniques. Cette place dépend aussi de l’épidémiologie locale qui influence les performances de cette technique.

Mots cles
Pneumopathie
FilmArray Pneumonia plus
Réanimation
Adaptation thérapeutique
 

Objectif - Introduction
La pneumonie est une infection fréquente, entraînant une forte consommation d’antibiotiques. Les panels multiplex, comme le FilmArray Pneumonia Panel (FAPP), détectent rapidement certains pathogènes respiratoires et gènes de résistance (ARGs), mais leur sensibilité peut générer des faux positifs (FP). Notre étude évalue si les valeurs de Ct des pathogènes et ARGs peuvent améliorer l'interprétation des résultats et optimiser la prescription d'antibiotiques.

Materiels
Cette étude rétrospective menée à l’hôpital Bichat entre 2020 et 2024 a inclus les résultats des FAPP positifs à au moins un bacille à Gram négatif et un ARG et les a comparés à ceux de la culture. Les faux positifs (FP) étaient définis par l’absence du phénotype de résistance attendu en culture (prélèvement présent ou antérieur) et de traitement antibiotique actif sur ce phénotype. Les valeurs de Ct des pathogènes et ARGs ont été collectées, les ΔCt (Ct pathogène - Ct ARG) calculés et des courbes ROC réalisées.

Resultats
Au total, 172 ARGs ont été détectés dans 146 prélèvements respiratoires (70 LBA, 57 mini-LBA, 11 aspirations trachéales et 8 expectorations) chez 146 patients (92 % en réanimation). Parmi eux, 64 % (110/172) étaient des blaCTX-M et 36 % des gènes codant des carbapénémases (29 NDM, 24 VIM, 4 OXA-48, 4 IMP, 1 KPC). Globalement, 21,5 % (37/172) des ARGs détectés ont été classés comme FP (11 blaCTX-M et 26 carbapénémases). Les médianes des Ct des ARGs étaient de 17 pour les vrais positifs (VP) vs 25,9 pour les FP (p = 0,01) et les ΔCt de 1,7 pour les VP vs 11,5 pour les FP (p < 0,01). Pour blaCTX-M, un seuil de Ct à 23 et de ΔCt à 10 permettait de prédire un VP avec une valeur prédictive positive (VPP) de 100 % et 98 %, et une valeur prédictive négative (VPN) de 43 % et 75 %, respectivement. Pour les gènes codant les carbapénémases, un seuil de Ct à 23 et de ΔCt à 6 prédisait un VP avec une VPP de 95 % et 88 %, et une VPN de 89 % et 93 %, respectivement. L’utilisation des Ct a permis de réduire le nombre de patients sous antibiothérapie inappropriée liée à un ARG faussement positif (83 % avant vs 50 % après).
 

Conclusion
Les valeurs de Ct sont des éléments utiles pour interpréter les ARGs détectés par le FAPP. Leur intégration, en complément des antécédents patients, du contexte clinique et des données épidémiologiques, pourrait améliorer la gestion de l'antibiothérapie.
 

Mots cles
Pneumonie, FilmArray, gènes de résistance, Ct

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Nocardia cyriacigeorgica, Séquençage long-read, ADN génomique, Oxford Nanopore Technologies, Résistome

Objectif - Introduction
Le dépistage du streptocoque du groupe B (SGB) par PCR intrapartum montre une sensibilité bien supérieure au dépistage antepartum par culture, principalement du fait d’une forte variation de portage du SGB. Il permet d’identifier de manière plus ciblée les patientes candidates à l’antibioprophylaxie intrapartum.
Le but de notre étude est de comparer les performances de diagnostic d’un test rapide de PCR en temps réel chez la femme en début de travail, avec celles d’un test de référence pour le dépistage du streptocoque du groupe B.

Materiels
Il s’agit d’une étude rétrospective évaluative d’une PCR de détection rapide du Streptocoque B par l’automate Easynat (société Appolon Biotek), par rapport au test PCR Xpress GBS du GeneXpert (Cepheid®), considéré comme méthode de référence.
102 prélèvements vaginaux de patientes âgées de 21 à 43 ans, initialement testés sur GenXpert, ont été testés sur Easynat.
Les prélèvements ont été effectués à l’aide d’un double écouvillon spécifique.
Le premier écouvillon était utilisé directement dans l’automate GeneXpert. Le second, prélevé concomitamment, était déchargé dans un milieu e-swab pour la réalisation du test sur Easynat pour un résultat en 55 minutes.
77 prélèvements positifs ont été sélectionnés avec des valeurs de CT comprises entre 21.3 et 40.9 (moyenne à 32.2). 25 prélèvements négatifs ont également été choisis.
L’étude s’est déroulée sur des prélèvements réalisés entre le 14/12/2024 et le 22/02/2025 et conservés selon les instructions de collecte.

Resultats
100% de spécificité sur les 25 échantillons négatifs.
Sur 77 prélèvements positifs sur GeneXpert, 73 sont retrouvés positifs sur Easynat et 4 négatifs.
Les 4 prélèvements discordants ont tous des valeurs de CT ≥ 37.8, reflétant une charge bactérienne très faible.
Ces 4 échantillons discordants ont été contrôlés négatifs à nouveau sur Easynat, puis repassés sur GeneXpert :
-1 seul est resté positif sur GenXpert, avec un CT à 40.9
-2 sont ressortis négatifs en GeneXpert
-1 était invalide au 2ème passage

Conclusion
L’automate Easynat, simple d’utilisation a un rendu de résultat rapide et un coût nettement inférieur au GenXpert. Les performances du test sont très satisfaisantes avec une spécificité de 100% et une sensibilité de 94,8%. Les 4 prélèvements discordants présentent une charge bactérienne très faible (Ct ≥ 37.8) et des résultats non répétables sur GeneXpert pour la moitié d'entre eux.

Mots cles
Streptococcus B

Objectif - Introduction
Le séquençage à haut débit est une alternative prometteuse pour l’identification rapide et exhaustive des micro-organismes. Nous avons évalué le potentiel de la métagénomique non ciblée comme outil diagnostique des maladies vectorielles à tiques (MVT) en réalisant une preuve de concept sur des échantillons artificiels de sang dans lesquels ont été dilués une souche de Borrelia burgdorferi sensu stricto (Bbss).

Materiels
Une culture de Bbss (souche N40) a été diluée dans du sang total anticoagulé de donneur sain (10³ à 10² bactéries/µL). L’ADN a été extrait (Qiagen) soit directement, soit après déplétion de l’ADN humain (kit NEBNext MicrobiomeEnrichment ou MolYsis Basic) pour maximiser l’ADN microbien d’intérêt. Le séquençage a été réalisé sur automate GridION (Oxford Nanopore Technologies) en 72h.

Resultats
La longueur moyenne des séquences est de 458 paires de bases (pb). La condition MolYsis semble générer des séquences plus courtes (384 pb, p = 0,055). La qualité des séquences est comparable entre les conditions avec une bonne reproductibilité.
L’intensité de déplétion de l’ADN humain semble supérieure avec le kit MolYsis par rapport à NEBNext (438 290 vs 1 466 819 séquences humaines restantes en moyenne), sans différence significative en raison d’une forte variabilité inter-réplicas.
Un signal Borrelia a été détecté pour toutes les conditions avec un ratio séquences d’intérêt/ totales variable selon les réplicas et une tendance à un ratio plus élevé avec MolYsis (p = 0,056).
L’assignation taxonomique au rang de la souche a été possible pour toutes les conditions. Lors de l’assemblage des séquences sur le génome cible, les couvertures et profondeurs de séquençage variaient entre les réplicas. Une meilleure couverture a été observée pour la condition d’extraction sans pré-traitement mais avec des profondeurs de séquençage faibles (<10x), empêchant la génération de séquences consensus fiables et l’obtention d’un profil MLST complet.
 

Conclusion
La métagénomique non ciblée est prometteuse pour le diagnostic des MVT mais nécessite des optimisations notamment sur le ratio ADN d’intérêt/ ADN humain. Si la capacité de détection est encourageante, le typage des souches reste limité par la faible profondeur de séquençage. Le développement de l'approche sur d’autres matrices (plasma) pourrait renforcer son potentiel en microbiologie médicale.
 

Mots cles
Maladie vectorielle à tiques
Borrelia
Métagénomique
Nanopore

Objectif - Introduction
Depuis 1988, le Collège de Bactériologie, Virologie, Hygiène (COLBVH) coordonne l’Observatoire des méningites, alimenté de manière prospective et volontaire par les biologistes hospitaliers via une plateforme dédiée. L'objectif de ce poster est de faire un point concernant la performance diagnostique des différents paramétres recueillis.

Materiels
La pertinence des résultats des éléments cytochimiques du LCR (leucorachie, Gram, glycorachie/glycémie, protéinorachie, lactatorachie) comparée à celle de la biologie moléculaire réalisée pour orienter le diagnostic dès J0 a été analysée. 

Resultats
En 2024, 1110 cas de méningites ont été recensés: 287 bactériennes (81 espèces), 819 virales et 4 d’origine fongique ou parasitaire. La majorité des prélèvements provenait des services d’urgences, réanimation et pédiatrie. Parmi les cas bactériens, 43 LCR étaient négatifs au Gram. Dans 36 cas de méningite bactérienne, ni le Gram ni les antigènes solubles ne permettaient l’orientation diagnostique, et seuls 13 de ces cas furent confirmés par culture. Ainsi, 23 cas (2,1 % du total des méningites, 8 % des méningites bactériennes) ont été diagnostiqués uniquement grâce à la PCR multiplex. 
157 méningites ont été diagnostiquées sans biologie moléculaire et dans 106 cas (36,9 % des méningites bactériennes) seule la culture a permis l’orientation diagnostique à J1. 
Sur 2018-2024, les données cytochimiques les éléments suivants ont attiré notre attention. Concernant les méningites bactériennes (1 447 cas), la leucorachie était < 10/mm³ dans 5,9 % des cas, le rapport glycorachie/glycémie > 60 % dans 8,8 % des cas, la protéinorachie ≤ 0,45 g/L dans 6,5 % des cas et les lactates ≤ 2,4 mmol/L dans 4,4 % des cas. Pour les méningites virales (2 061 cas), ces paramètres prêtaient parfois à confusion : leucorachie < 10/mm³ dans 23 % des cas, dans 91 cas le rapport glycorachie/glycémie était < 60 %, leucorachie > 10/mm³ , PNN > 60%, protéinorachie ≤ 0,45 g/L dans 26 % des cas, lactates ≤ 2,4 mmol/L dans 70 % des cas.

Conclusion
En conclusion, les paramètres cytochimiques classiques et le Gram ne suffisent pas toujours à orienter le diagnostic initial. L’apport de la biologie moléculaire, notamment la PCR multiplex, est déterminant dans certains cas, illustrant son rôle central dans le diagnostic rapide et précis des méningites.

Mots cles
méningite, epidemiologie, diagnostic, PCR

Objectif - Introduction
Le diagnostic des infections ostéoarticulaires à C. acnes repose principalement sur la culture, technique avec long délai de rendu de résultat et d’interprétation parfois difficile (contamination par flore cutanée). Ce diagnostic pourrait être accéléré par la mise en place d’un PCR spécifique C. acnes.

Materiels
La PCR multiplex évaluée utilise les amorces et sondes décrites par J. Prinz et al. (JMD, 2022). Pour distinguer l’infection de la contamination, un seuil de cycles (Ct) a été déterminé pour chaque espèce : 31.03 pour C. acnes, 34.28 pour C. avidum et 35.49 pour C. granulosum. La sensibilité analytique a été évaluée par comparaison à la culture et la spécificité analytique sur 15 souches autres que Cutibacterium. Des broyats congelés provenant de 30 patients opérés en Ortho-traumatologie ont été analysés par PCR, après un prétraitement par lyse.

Resultats
L’étude de la sensibilité analytique montre que C. acnes n’est pas détectable en culture en dessous d’une concentration de 104 UFC/mL, ce qui correspondant à un Ct moyen de 30.94. Aucune souche autre que Cutibacterium n’est détectée par cette PCR avec le seuil choisi. Au total, 148 prélèvements ont été testés. En prenant la culture comme méthode de référence, la sensibilité de la PCR est de 26.2%, la spécificité de 87.9%, la valeur prédictive positive de 62.9% et négative de 60%. Le lien nombre de Ct/abondance de C. acnes en culture a été également étudiée. Pour des cultures très peu abondantes, peu abondantes, moyennement abondantes et abondantes, les pourcentages de PCR positives sont respectivement de 15.8%, 11.8%, 71.5% et 100%. Cela montre que pour les patients « faiblement positif », la PCR n’apporte pas plus que la culture.

Conclusion
La culture est plus fréquemment positive que la PCR sur les échantillons patients avec le seuil Ct choisi. Cela pose la question de la spécificité de la culture (contamination ?) et de la sensibilité de la PCR. L’étude des dossiers patients est en cours afin de déterminer si le diagnostic était plutôt en faveur d’une contamination ou d’une infection, et discuter de l’intérêt comparé de la culture et de la PCR.

Mots cles
C. acnes, PCR, infections ostéo-articulaires

Objectif - Introduction
La caractérisation moléculaire des gènes de résistance est cruciale pour connaître l’épidémiologie locale, guider la prise en charge thérapeutique et contrôler la dissémination des bactéries multirésistantes.
Notre objectif était d’identifier les gènes de résistance aux antibiotiques chez les bacilles à Gram négatif (BGN)  résistants aux carbapénèmesisolés au Centre de Traumatologie et des Grands Brûlés (CTGB).

Materiels
Il s’agit d’une étude prospective menée sur quatre mois (mai–août 2025), incluant tous les isolats cliniques de Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii et d’entérobactéries résistants aux carbapénèmes. La résistance aux carbapénèmes exclusivement due à une altération de la porine OprD chez P.aeruginosaa était exclue. L’identification bactérienne et l’antibiogramme ont été réalisés selon les méthodes conventionnelles. La recherche des gènes de résistance a été effectuée par hybridation inverse sur puces ADN (MDR Direct Flow Chip®) sur des colonies bactériennes. Les germes ainsi que les gènes de résistance recherchés sont résumés dans l’annexe1.

Resultats
Au total, 94 BGN résistants aux carbapénèmes ont été analysés chez 77 patients. Les métallo-β-lactamases blaNDM étaient les plus fréquentes (56,4%), suivies des blaOXA23-like(41,5%). Chez P. aeruginosa, les gènes dominants étaient blaGES (62,5%) et blaNDM (25%). Chez A. baumannii, les gènes prédominants étaient blaOXA23-like(86,7%), blaOXA24-like (42,2%) et blaNDM (37,8%) et le gène blaOXA51-likea été détecté chez toutes les souches, sauf trois. Les entérobactéries portaient majoritairement le gène blaNDM (83%), suivi de blaOXA48-like(24,4%) et de blaKPC (9,8%). Elles étaient également associées à des gènes de BLSE : blaCTX-M(73,2%) et blaSHV(12,2%), ainsi qu’à des céphalosporinases plasmidiques de type AmpC, notamment :blaCMY(26,8%), blaDHA 4,9%. Trois isolats de K. pneumoniae étaient résistants à la colistine, sans détection du gène mcr.Les germes ainsi que les gènes de résistance trouvés sont résumés dans l’annexe2.

Conclusion
Notre étude met en évidence une prévalence élevée de carbapénèmases, en particulier du gène blaNDM chez les BGN résistants aux carbapénèmes. Ces résultats soulignent la nécessité d’une surveillance renforcée et de mesures de prévention rigoureuses.

Mots cles
Puces ADN, Gènes de résistance aux antibiotiques, Bacilles à Gram négatif

Annexe 1: Les germes et les gènes de résistance recherchés par puces ADN

Annexe 2 : Les germes et les gènes de résistance trouvés

Objectif - Introduction
Mycoplasma hominis (Mh), Ureaplasma urealyticum (Uu) et Ureaplasma parvum (Up) sont des mycoplasmes génitaux habituellement commensaux mais pouvant être responsables de pathologies génitales et extra-génitales, notamment chez les immunodéprimés. En raison de leur culture fastidieuse et de la possibilité de co-infection, les tests PCR multiplex sont un outil de choix pour le diagnostic. Cependant, il n’existe à ce jour que peu de kits commercialisés les détectant spécifiquement.
Nous nous sommes proposés d’évaluer les performances du kit de PCR multiplex UroGen ELITe MGB® (ELITechGroup) détectant simultanément Mh, Up et Uu, en comparaison avec les PCR en temps réel maison utilisées comme référence.

Materiels
Un total de 270 échantillons cliniques provenant du laboratoire de bactériologie du CHU de Bordeaux a été analysé, incluant des prélèvements positifs et négatifs urogénitaux (urines, sperme, débris placentaires, biopsies génitales hautes) et extra-génitaux, notamment respiratoires, ORL, sanguin et LCS. L’extraction de l’ADN ainsi que les amplifications par PCR ont été effectuées sur l’automate ELITe InGenius®, conformément aux recommandations du fournisseur. Les PCR en temps réel Taqman maison ont été réalisées sur les extraits d’ADN obtenus avec l’automate ELITe InGenius® et leur résultat a été utilisé comme référence. Les échantillons discordants ont été résolus par amplification de l’ARNr 16S et séquençage Sanger.

Resultats
Trois échantillons (1,1%) ont été rendus invalides, deux issus d’hémocultures (sur 8 hémocultures au total) et un échantillon de sang total sur EDTA (sur un total de 14).
Après résolution des résultats divergents, seulement deux résultats faux négatifs ont été identifiés parmi les 270 échantillons testés avec le kit UroGen ELITe MGB®, un échantillon contenant Mh et un Up. Le pourcentage d’agrément positif (sensibilité) du kit était ainsi de 98,0, 98,9 et 100,0% respectivement pour Mh, Up et Uu. Le pourcentage d’agrément négatif (spécificité) était de 100,0% pour les trois cibles.

Conclusion
Le kit a montré d’excellentes performances analytiques pour la détection de Mh, Uu et Up dans des natures d’échantillons très variées, confirmant son intérêt pour le diagnostic en routine des infections à mycoplasmes génitaux, notamment les infections génitales hautes et extra-génitales.

Mots cles
PCR multiplex
Mycoplasma hominis
Ureaplasma parvum
Ureaplasma urealyticum
 

Objectif - Introduction
Depuis les recommandations HAS, la prévention des infections néonatales à streptocoque du groupe B (SGB) repose sur le classement des nouveau-nés en fonction de 6 facteurs de risque. Parmi eux, le statut de portage vaginal à SGB et la mise en place d’une antibioprophylaxie le cas échéant sont primordiaux. La méthode de référence pour la détection du SGB est la culture à 8 mois de grossesse mais de plus en plus de centres optent pour un dépistage per-partum rapide par PCR. Au CHU Felix Guyon, les patientes sans statut SGB ne reçoivent pas systématiquement une antibioprophylaxie lors de l’accouchement. Les nouveaux nés sont alors classifiés sur un niveau de risque impliquant une surveillance clinique standardisée. L'objectif de l'étude est d'évaluer l'impact de la PCR en terme d'antibioprophylaxie (si PCR positive à SGB) mais aussi sur le suivi de l'enfant et les économies qui en découlent.

Materiels
Cette étude de cohorte a inclus des femmes arrivant pour accoucher et dont le statut SGB est inconnu. Pour répondre aux objectifs de l'étude, une comparaison de deux périodes (phase 1 = avant l'introduction de la PCR ; phase 2 = après l'introduction de la PCR) a été réalisée. Le kit PCR Xpert® GBS a été utilisé. L'impact économique de l'utilisation de la PCR a été estimé durant la phase 2 (avec et sans PCR).

Resultats
La proportion de femmes recevant une antibioprophylaxie était comparable entre les deux phases. Dans la phase 2, la proportion de femmes recevant une antibioprophylaxie indiquée pour une colonisation à SGB comme seul facteur de risque était de 11,3 % (9/80). Six femmes ont reçu une antibioprophylaxie, dont une seule administrée en totalité. L'estimation médico-économique a montré que l'utilisation restreinte de la PCR chez les femmes de statut inconnu a apporté un gain économique significatif à l'hôpital (69 981,46 € en 6 mois). La majeure partie de ce gain est due au reclassement de 80,6 % des nouveau-nés dans des catégories présentant un risque plus faible d'infection néonatale.

Conclusion
Ces résultats démontrent l'intérêt de l'utilisation de la PCR comme technique de dépistage du SGB au CHU Felix Guyon, pour rattraper les femmes de statuts inconnu afin de mieux orienter l'antibioprophylaxie per-partum, réduire la charge de travail des équipes et la durée d'hospitalisation mère-enfant.

Mots cles
Streptocoque B, Streptococcus agalactiae, dépistage, PCR, antibioprophylaxie, infection néonatale

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Intelligence artificielle; Enterobacterales; Résistance aux bêta-lactamines

Diagramme des étapes d’utilisation de la configuration COT avec Recommandations

Comparaison de la spécificité, sensibilité, VPP et VPN du détection d'ampC, BLSE et carbapénémase pour les 4 configurations d’IA

Objectif - Introduction
Comprendre la dissémination des gènes de résistance antimicrobiens (ARGs) nécessite une lecture structurée de leur contexte génomique et d'une cartographie fine des vecteurs de résistance. Nous proposons une approche conceptuelle de représentation hiérarchique des génomes, situant chaque ARG dans son environnement génomique : élément génétique mobile (MGE), plasmide ou chromosome, jusqu’à la souche hôte. Cette vision offre un cadre pour explorer la diversité des vecteurs et mécanismes de résistance en France.

Materiels
Cette approche a été appliqué à environ 1500 d’isolats d’Enterobacteriaceae, P. aeruginosa et A. baumannii, collectés par trois Centres Nationaux de référence de la Résistance (CNR) français. Ces génomes, séquencés en long et short reads, ont été assemblés et annotés dans une base de connaissances pour identifier les ARGs et leur environnement génomique. La structure hiérarchique des génomes est restituée sous forme de fichiers et rapports HTML automatisés, de visualisations type IGV et d’applications interactives Shiny, pour une lecture des emboîtements génomiques.

Resultats
Le concept de structure hiérarchique des génomes et de visualisation de génomes BMR porteurs d’ARGs est présenté Figures 1-3.
Sur l’ensemble des ARGs des génomes de bactéries multi-résistantes (BMR) des 3 CNR français, 65?% sont localisés sur le chromosome, 30?% sur des plasmides, et 4?% sur des réplicons non identifiés. Parmi les ARGs chromosomiques, 82?% ne sont associés à aucun MGE, 17?% sont sur des transposons, le reste sur des prophages ou ICE. 2?% sont imbriqués dans deux transposons. Sur les plasmides, 69?% des ARGs sont associés à des MGEs, dont 67?% à des transposons et 1,5?% à des prophages. 16?% sont imbriqués dans un MGE contenu dans un transposon, et 1?% dans un MGE contenu dans un prophage.

Conclusion
Cette représentation permet d’explorer intuitivement la diversité des environnements des ARGs, d’identifier des synténies conservées de résistances au sein des génomes, des hotspots d’insertion, et de classifier les MGEs selon leur contenu ou typage plasmidique. Elle constitue un cadre pour des analyses ciblées sur des ARGs émergents et permet une meilleure compréhension des dynamiques génomiques associées à la résistance.

Mots cles
Antibiorésistance, plasmide, élément génétique mobile, cartographie des éléments du génome, Enterobacteriaceae

Figure 1 : Exemple de structure hiérarchique des génomes : Représentation du gène de résistance blaTEM-1 dans une région riche en séquence d’insertion d’éléments transposables sur un plasmide d’Acinetobacter baumannii.

Figure 2 : blaOXA-1 sur un transposon IS26, porté par deux plasmides, de système de compatibilité et de type de mobilité différents chez Escherichia coli. (A) Représentation compacte de la structure hiérarchique des génomes. Deux isolats représentant la m

Objectif - Introduction
Les cartes AST-N372 (entérobactéries urinaires) ont été remplacées par les AST-N436 (Orientation ville) avec comme modifications majeures pour les β-lactamines : ajout du céfépime (FEP), modification des plages de concentration pour l’amoxicilline-acide clavulanique (AMC), la ceftazidime (CAZ) et la ceftriaxone (CRO) (Tableau 1), retrait de pipéracilline-tazobactam, de la témocilline et de la ticarcilline.
L’objectif était de comparer les performances des 2 cartes pour l’identification des phénotypes de résistance aux β-lactamines.

 

Materiels
29 souches représentatives de phénotypes variés, dont 4 expertisées par le CNR (Klebsiella pneumoniae hyperSHV, Klebsiella oxytoca hyperOXY, K. pneumoniae productrice de céphalosporinase plasmidique, Enterobacter cloacae associant OXA-48 et BLSE) ont été testées avec les 2 cartes, et complétées par diffusion, gélose MH-Cloxacilline, NG Test CARBA-5 et synergies. Les concordances de CMI ont été évaluées pour les molécules aux plages modifiées et confrontées à l’expertise phénotypique.
 

Resultats
Résultats présentés dans le tableau 1
Une souche n’a pas pu être comparée à l’AST-N372. La concordance était de 85,7 % pour la CAZ et de 78,5 % pour la CRO, avec une tendance à l’augmentation des CMI, et de 100 % pour l’AMC, sans amélioration de la catégorisation clinique hors cystite. Parmi les 15 BLSE, 5 présentent une CMI FEP ≤ 1 interprétée S ; à l’exception d’une K. oxytoca hyperOXY, toutes les autres ont une CMI FEP ≤ 0,12. Le retrait de la ticarcilline réduit l’expertise rapide des céphalosporinases faiblement exprimées chez Escherichia coli.
 

Conclusion
Le FEP permet de détecter les BLSE mais un résultat sensible ne les exclut pas. Pour les groupes 0 à 2, l’association FEP S et cefoxitine (FOX) S facilite le diagnostic de BLSE sauf chez E. coli où une faible expression de céphalosporinase peut épargner la FOX et n’altérer que partiellement les C3G. Une CMI entre 0,5 et 1 doit alerter sur un probable phénotype BLSE. Le FEP renforce aussi la détection des AmpC plasmidiques. La modification des plages de CAZ et CRO améliore la détection des résistances tandis que l’impact sur l’AMC doit être confirmé sur d’avantage de souches. Enfin, une CMI à l’ertapénème ≥ 0,25 chez E. coli, surtout en cas de résistance à l’AMC, doit conduire à rechercher une carbapénémase (OXA-244) selon les recommandations du CNR.

Mots cles
AST-N436, entérobactéries, ville, β-lactamines, résistance
 

Plage de concentration des béta-lactamines

Tableau 1 : Comparaison des CMI et expertise phénotypique

Objectif - Introduction
Bien que le système VITEK^®2 ait démontré sa capacité à déterminer avec précision les CMI (Concentrations Minimales Inhibitrices) des fluoroquinolones (FQ) chez Pseudomonas aeruginosa, les données comparant les résultats du VITEK^®2 aux mécanismes de résistance génotypés ne sont pas bien établies. L’objectif de cette étude est de vérifier si diverses mutations identifiées dans les gènes de la topoisomérase conduisent à une augmentation des CMI des FQ sur le VITEK^®2 et, par conséquent, à une détection correcte du phénotype par le système expert avancé (AES™).

Materiels
Un total de 102 souches de Pseudomonas aeruginosa ont été séquencées afin de rechercher des mutations dans les gènes gyrA, gyrB, parC, parE, ainsi que la présence des gènes qnr et aac(6')-Ib-cr. Ces souches ont été testées sur l’instrument VITEK^®2 avec le système expert AES™ v9.04 et la carte N441 contenant la ciprofloxacine (CIP) et la lévofloxacine (LEV). Les phénotypes identifiés par AES™ ont été comparés aux données de séquençage.

Resultats
Parmi les 37 souches ne présentant aucun gène de résistance aux FQ, 36 ont un phénotype de type sauvage selon AES^TM. La souche restante exprime probablement un mécanisme de résistance par efflux. Toutes les souches présentant des mutations dans gyrA, gyrB, parC et/ou parE sont correctement identifiées comme résistantes par AES™. En revanche, une souche portant uniquement le gène aac(6')-Ib-cr n’a pas été détectée comme résistante, probablement en raison d’une faible expression.

Conclusion
Le système VITEK^®2 permet, grâce à son module expert AES™, d’assigner correctement 98 % des souches au bon phénotype prévisible grâce aux tests de CIP et LEV.

Mots cles
VITEK2, AES, système expert, fluoroquinolones, détection

Objectif - Introduction
Les entérobactéries productrices de carbapénèmases (EPC) sont une menace pour la santé publique. Après avoir testé les performances de la combinaison AES™ 9.04 et règles BIOART™ pour la détection des classes de carbapénèmases (A – KPC/SME, B – MBL, et D – OXA-48 like), nous évaluons ici l’expertise avec AES™ 10.1, qui intègre directement leur identification, complétée par les ratios de CMI VITEK®2 Méropénème+/-Vaborbactam (MEM, MEV) et Imipénème+/-Relebactam (IPM, IPR), pour détecter les synergies.

Materiels
Deux panels d’antibiotiques ont été testés sur VITEK®2 avec AES™ 10.1, contenant des marqueurs clés (Ertapénème, MEM+/-MEV, IPR, Ceftazidime-Avibactam, Ceftolozane-Tazobactam), avec en plus IPM et Témocilline dans le panel 1, pour détecter des classes de carbapénémases (KPC, SME, MBL, OXA-48-like). Un total de 89 EPC mono carbapénèmase (38 classe A [29 KPC, 7 SME, 2 NMC-A], 29 classe B [5 IMP, 7 VIM, 17 NDM], 22 classe D [13 OXA-48, 7 OXA-181, 2 OXA-232]), 23 résistantes par imperméabilité et 67 sensibles aux carbapénèmes, caractérisées par PCR ou séquençage, ont été évaluées. Sensibilités, Spécificités, Valeurs Prédictives d’un Choix Unique (VPCU) de classe de carbapénèmase et impact thérapeutique ont été calculés pour chaque phénotype.

Resultats
Sensibilités, Spécificités, VPCU, et impacts thérapeutiques sont présentés dans les tableaux 1 & 2.

Les performances sont similaires entre les deux panels. Les sensibilités et spécificités sont généralement supérieures à 90 % pour toutes les classes. Les ratios de CMI VITEK®2 IPM/IPR et MEM/MEV améliorent la spécificité de détection des classes de carbapénèmases, (meilleure discrimination entre classes A et D). La proposition d’une classe en choix unique est prédictive dans plus de 95% de cas, sauf pour les OXA-48 like. Les décisions thérapeutiques sont efficacement adaptées dans 95% des cas.
 

Conclusion
L’intégration des classes de carbapénèmases dans l’AES™ 10.1 permet une identification présomptive anticipée des KPC, SME, MBL et OXA-48 like. Le calcul des ratios de CMI VITEK®2 IPM/IPR et MEM/MEV reste nécessaire pour optimiser la spécificité de détection de ces classes. Une telle solution VITEK®2 + AES™ 10.1 devrait faciliter en routine la gestion des tests de confirmation, du rendu des résultats d’antibiogramme et des choix thérapeutiques. 

Mots cles
CARBAPENEMASE, VITEK®2, AES™

Tableaux 1 et 2

Objectif - Introduction
Some carbapenemase-producing Enterobacterales (CPE) (VIM and 10% of OXA-48 variants) are challenging to be detected due to their low MICs to carbapenems. In 2022, CA-SFM proposed an algorithm to detect CPE based on disk diffusion results. bioMérieux has developed expertise rules complementing the VITEK2® AES v9.03 to detect CPE and differentiate carbapenemase types. The aim of this study was to evaluate the accuracy of a first-line VITEK2® “urine” card (N436) to detect CPE, the ability of the combined N436 + extended “MDR” card (XN28) to discriminate carbapenemase types and the impact on treatment decision.

Materiels
Susceptibility testing was performed in parallel by agar disk diffusion and by VITEK2® (N436 and XN28 cards) on a collection of 244 Enterobacterales including 145 CPE representative of the French epidemiology. The sample distribution is shown in Table 1. AES results of the N436 card were compared to the CA-SFM algorithm to identify potential CPE. Among isolates detected as CRE by AES, the ability and clinical utility of N436 + NX28 to discriminate carbapenemase type was evaluated using WGS as reference (Illumina). An additional analysis was performed on a larger collection of OXA-244/484 (n=36).

Resultats
The first-line N436 card perfectly identified KPC, IMI, NDM and the majority of OXA-48 like (OXA-48, OXA-181, OXA-204, OXA-232) as possible CPE but 21.4% (3/14) of VIM and 28% (5/18) of OXA-244/OXA-484 producers were missed as possible CPE. CA-SFM algorithm showed similar performance overall except for OXA-244 with higher detection rate (90% vs. 60%) (Table 2). Higher performance was reported on the second panel of OXA-244/484 (100%). Most of the challenging CRE non-CPE were detected as possible CPE using both VITEK N436 and CA-SFM algorithm (Table 2).
On the CRE detected by the N436 card, the combined VITEK2® cards accurately identified the single class for KPC, NDM and most of OXA-48-like producers. Only 64.3% of VIM producers were accurately detected as MBL producers. The impact on treatment decision is shown in Table 3.

Conclusion
First-line VITEK2® “urine” card is efficient to identify CPE with similar performance to CA-SFM algorithm. We demonstrate the good performances of the combined cards to identify carbapenemase types which would allow the selection of appropriate treatment in 89% of cases.

Mots cles
carbapenemase-producing Enterobacterales, VITEK2, AES, disc diffusion

Table 1. Tested sample distribution

Table 2. Detection of carbapenemase phenotype (numbers are shown as n(%))

Table 3. Combined N436 + extended “MDR” card (XN28) ability to determine carbapenemase type and impact on treatment.

Objectif - Introduction


Materiels
Etude rétrospective sur 77 EPC NDM + isolées en 2024 et caractérisées par le CNR. Le Rapid Cefiderocol NP test a été réalisé et comparé aux résultats de la CMI déterminée par BMD (UMIC® Cefiderocol (Bruker).
 

Resultats


Conclusion


Mots cles
NDM, cefiderocol, resistance, test rapide de détection, CMI, break point

Objectif - Introduction
Comparaison des performances de deux tests immuno-chromatographiques (ICT) de détection des Beta-Lactamases à Spectre étendu (BLSE) de type CTX-M sur colonies à partir d’une collection d’entérobactérales caractérisées par des méthodes phénotypiques.

Materiels
Sélectionnées sur la résistance aux C3G+/-C4G, une collection de 60 souches anonymisées provenant de prélèvements cliniques et comprenant 20 Escherichia coli, 20 Klebsiella pneumoniae et 20 Enterobacter cloacae complexe ont été caractérisés par 5 méthodes phénotypiques : antibiogramme (AST) VITEK 2 (V2) + système expert (SE) AES V2 ; AST V2 + SE SIRWEB ; bouchon de champagne ; test de synergie C3G+ acide clavulanique ; et disques MAST D68C. Enfin, 3 souches ont été analysées par spectrométrie de masse ESI MS/MS. Cette collection a été  testée avec les ICT détectant les CTX-M : CTX-MM (NG BIOTECH, Guipry, France) et RESIST CTX-M (RCTX-M, CORIS BIOCONCEPT, Gembloux, Belgique). En cas de test discordant au profil d'antibiorésistance utilisé pour sélectionner nos souches, l'ICT en cause était retesté une fois.

Resultats
Basés sur les 5 méthodes de détection des BLSE, un référentiel composite (REF) retrouve 51 BLSE, 3 cephalosporinases déréprimées (AmpC), 4 BLSE+AmpC et 2 souches sans BLSE et/ou AmpC. Le CTX-MM retrouve 52 CTX-M contre 22 pour le RCTX-M à 15 min et 44 à 30 min (>15 min recommandées). Après retest, 40 et 46 CTX-M ont été détectées le RCTX-M à 15 et 30 min respectivement (Tableaux 1&2). Sur les 55 souches BLSE+ selon REF, 3 n’ont pas été détectées par les ICT justifiant une caractérisation par ESI MS/MS et montrant 3 SHV. 

Conclusion
Par rapport à REF, MAST et V2/SIRWEB présentent les meilleures performances pour la détection des BLSE, notamment les CTX-M représentant la quasi-totalité des enzymes détectées. L’ICT CTX-MM a des performances très satisfaisantes omettant seulement 1 CTX-M. Le test RCTX-M, ne détectant que les CTX-M des groupes 1, 8 et 9, montre un défaut de performances après 15 minutes, partiellement rattrapées avec une lecture plus tardive.

Mots cles
BLSE, AmpC, CTX-MM NG BIOTECH, CTX-M CORIS, Tests immuno-chromatographiques, résistance, CA-SFM, Enterobactérales

Objectif - Introduction
L’objectif de cette étude est d’évaluer la performance du kit de détection des carbapénémases O.K.N.V.I RESIST-5, Coris BioConcept, via une comparaison rétrospective avec le kit NG TEST CARBA-5, Eurobio Scientific.

Materiels
La période de l’étude s’étend de mars à août 2025, sur 45 souches d’Entérobactéries productrices de carbapénémases (EPC) et sur 14 souches d’Entérobactéries non productrices de carbapénémases (souches résistantes aux carbapénèmes par un mécanisme non enzymatique). Une souche provient d’un programme d’évaluation externe de la qualité (souche ATCC KPN BAA 1705), les 44 autres, d’échantillons biologiques humains des Alpes-Maritimes, des Bouches-du-Rhône, de l’Île-de-France et de Normandie, expertisées par le CNR de Résistance aux antibiotiques (Cf. tableau 1). Les deux kits sont des tests immunochromatographiques permettant la détection des carbapénémases de type OXA, VIM, NDM, IMP, KPC à partir de cultures bactériennes (milieu sélectif).

Resultats
Pour les 45 souches d’EPC testées : les 4 laboratoires rapportent une concordance complète (100 %) entre NG TEST CARBA-5 et O.K.N.V.I RESIST-5, aussi bien pour les carbapénémases de type OXA (48, 181, 244, 484) que pour NDM (1, 5), VIM et KPC. La spécificité est de 100% : aucune souche non productrice de carbapénémase n’a été faussement identifiée comme positive par O.K.N.V.I RESIST-5. (cf Tableau 2)

Conclusion
Le kit O.K.N.V.I RESIST-5 démontre des performances équivalentes au kit de référence NG TEST CARBA-5 pour l’ensemble des souches testées (négatives et positives), sur plusieurs laboratoires et pour différents types de carbapénémases. L'étude devra être poursuivie sur les souches OXA48-like émergentes de détection difficile. 

Mots cles
Carbapénémase / test immunochromatographique

Répartition d'espèce des souches productrices de carbapénémases

Résultats de concordance entre le NG TEST CARBA-5 et O.K.N.V.I RESIST-5

Objectif - Introduction
La gonorrhée est une infection sexuellement transmissible (IST) qui demeure un problème majeur de santé publique partout dans le monde obligeant l’OMS a publié de nouvelles directives thérapeutiques. Ces recommandations insistent sur la nécessité de traiter cette IST avec le bon antibiotique, au bon dosage et au bon moment pour limiter sa propagation et l’échec thérapeutique (augmentation de l’antibiorésistance).
La détermination de la sensibilité au cefixime (IX) et à l’azithromycine (AZ), deux molécules majeures dans le traitement des gonorrhées, peut être réalisée par la méthode de gradient ETEST (produit RUO uniquement).
L’objectif de cette étude est d’évaluer les performances de ETEST IX et ETEST AZ en comparaison de la méthode de référence d’agar dilution (AD) sur un large panel d’isolats de Neisseria gonorrhoeae.

Materiels
189 souches de Neisseria gonorrhoeae ont été testées avec ETEST IX, ETEST AZ et la méthode de référence CLSI d’agar dilution (M07-12th Ed). Les résultats ont été analysés, selon l’ISO 20776-2, en termes de taux de concordance en CMI (EA) et biais, et à titre indicatif, en termes de taux de concordance en catégorie (CA), taux d’erreur majeur (ME) et très majeure (VME) selon les concentrations critiques EUCAST pour IX ≤0.125 (S) - >0.125 (R) et selon l’ECOFF EUCAST pour AZ ≤1 mg/L (souches sauvages).

Resultats
Les performances (cf tableau performance) de ETEST IX et ETEST AZ pour les N. gonorrhoeae sont conformes aux critères ISO avec des EA supérieurs à 95% et des biais inférieurs à +/-30%. Les CA des 2 bandelettes sont respectivement de 97.9% et 95.8%. Pour ETEST AZ, le taux de ME (résultat faussement non sauvage) de 3.9% est principalement dû à un écart de CMI d’une dilution seulement entre le ETEST et l’AD. Quant aux taux de 11.1 % de VME de ETEST IX et de souches faussement sauvage (VME) du ETEST AZ, ils ne correspondent qu’à une seule souche selon les recommandations de l’EUCAST.

Conclusion
Les résultats de cette étude montrent la précision de ETEST^® IX et ETEST^® AZ pour déterminer les CMI au cefixime et à l’azithromycine des Neisseria gonorrhoeae par rapport à la méthode de référence AD. Utilisés en test RUO uniquement, les bandelettes ETEST IX et ETEST AZ peuvent donc déterminer facilement la sensibilité des gonocoques vis-à-vis de ces deux antibiotiques.

Mots cles
ETEST
GONOCOQUES
SENSIBILITE
CEFIXIME
AZITHROMYCINE
 

Tableau performance

Objectif - Introduction
L’émergence et la diffusion rapide de la résistance aux antibiotiques chez Enterobacterales, Pseudomonas aeruginosa et Acinetobacter baumannii compliquent considérablement la prise en charge des infections. Afin d’évaluer l’activité de nouveaux antibiotiques et molécules en développement face à ces résistances, une bibliothèque complète de gènes de résistance clonés, appelée Multiple AST TOOLBOX NP, a été constituée.

Materiels
Cette collection inclut des gènes plasmidiques conférant une résistance aux β-lactamines (β-lactamases à spectre étroit et étendu), aux aminosides, aux quinolones, à la fosfomycine et à la colistine, couvrant les mécanismes de résistance les plus répandus et cliniquement pertinents. Les gènes ont été clonés dans des plasmides et introduits dans Escherichia coli, P. aeruginosa et A. baumannii afin de générer des souches isogéniques standardisées pour les tests de sensibilité.

Resultats
Chez E. coli, les β-lactamases à spectre étendu de classe A (ESBL, classification Ambler) ont été efficacement inhibées par l’avibactam, l’enmétazobactam, le zidébactam et le taniborbactam, tandis que le céfidérocol montrait une activité limitée contre certaines ESBL. Les enzymes de modification des aminosides (types APH, AAC, ANT) ont induit des niveaux variables de résistance, alors que les méthyltransférases 16S rRNA (par ex. ArmA, RmtB, RmtG) conféraient une résistance élevée à tous les aminosides testés. L’expression des gènes fos, qnr et mcr impactaient respectivement la sensibilité à la fosfomycine, aux fluoroquinolones et à la colistine. Lors de l’introduction de ces plasmides dans P. aeruginosa et A. baumannii, des profils similaires de résistance ont été observés, bien que les niveaux de résistance soient globalement plus élevés que dans E. coli.

Conclusion
Le système Multiple AST TOOLBOX NP permet une évaluation rapide et standardisée de l’efficacité des antibiotiques face aux bactéries multirésistantes et représente un outil précieux pour le développement précoce de nouvelles molécules. Sa flexibilité autorise l’intégration de gènes de résistance nouvellement identifiés, facilitant ainsi l’étude des mécanismes émergents.

Mots cles
diagnostic, antibiotic susceptibility testing, resistance genes, Gram negatives

Objectif - Introduction
Les nouvelles associations β-lactamines-inhibiteurs de β-lactamase présentent un intérêt majeur dans la lutte contre les Entérobactéries multi-résistantes. Dans ce contexte, nous avons évalué les performances de bandelettes E-test permettant de tester la sensibilité de l’association Aztréonam-Avibactam en comparaison avec une technique en microdilution comme méthode de référence. 

Materiels
127 souches d’Entérobactéries ont été utilisées.
La sensibilité des souches à l’association Aztréonam-Avibactam a été déterminée à l’aide de plaques de CMI en microdilution Sensititre (Thermo-Fisher) (méthode de référence) et à l’aide de bandelettes E-test (Biomérieux). Les résultats ont été interprétés selon les recommandations CA-SFM 2025 (Sensible : CMI ≤ 4 mg/L Résistant : CMI > 4 mg/L).
Les CMI des souches par la méthode de référence sont distribuées entre ≤ 0.06 mg/L et > 64mg/L (AZA).
Les paramètres suivants ont été calculés :
Concordance catégorielle (CA, Category Agreement, % de catégorisation identique à la méthode de référence),
Concordance essentielle (EA, Essential Agreement, % de concordance de CMI par rapport à la CMI de référence à une dilution près),
Erreurs majeures (ME, Major Error, souches S rendues R) et très majeures (VME, Very Major Error, souches R rendues S).En suivant les critères CLSI, les performances de la technique E-test étaient considérées comme acceptables lorsque la proportion de CA et EA était > 90% avec un taux de VME et de ME ≤ 3 %.
Le biais entre les deux techniques a été calculés selon la norme ISO 20776-2 :2021. Un biais compris entre -30 et + 30% est considéré comme acceptable.

Resultats
Les CMI déterminées par les bandelettes E-test, comparées à la méthode de référence en microdilution, ont montré une concordance catégorielle (CA) de 97,6 %, avec un taux d’erreurs très majeures (VME) de 0,79 %, d’erreurs majeures (ME) de 1,58 % et une concordance essentielle (EA) de 92,9 %. Le biais entre les deux méthodes était de +17,19 %.

Conclusion
Les bandelettes E-test présentent d’excellentes performances en terme de concordance essentielle (EA) et de concordance catégorielle (CA) par rapport à la microdilution. Bien que le biais observé reste dans les limites acceptables, la méthode E-test tend à fournir des CMI légèrement plus élevées que la méthode de référence pour l’association Aztréonam-Avibactam.

Mots cles
E-test, CMI, Aztreonam-avibactam, Entérobactéries

Objectif - Introduction
L’évaluation de la sensibilité aux antibiotiques (ATB) est essentielle pour optimiser la prise en charge des infections à mycobactéries non tuberculeuses (MNT). La microdilution est la méthode de référence pour déterminer les concentrations minimales inhibitrices (CMI) des antimycobactériens, cependant, la solution commerciale SLOMYCOI Sensititre™ (ThermoFisher) présente deux limites majeures : des gammes de concentrations inadaptées pour certains antibiotiques (e.g. amikacine) et l’absence de molécules d’intérêt clinique de première et seconde ligne telles que la bédaquiline (BDQ) et la clofazimine (CFZ). Pour pallier ces limites, nous avons conçu deux plaques Sensititre™ personnalisées (FRATMYC1 et 2) visant à intégrer des antibiotiques manquants au panel commercial et utilisables pour les MNT à croissance lente et rapide. Notre étude vise à comparer les CMI des antibiotiques de première ligne obtenues avec les plaques SLOMYCOI et FRATMYC vis à vis d’isolats cliniques du complexe Mycobacterium avium (MAC).

Materiels
Au total, 73 souches cliniques de MAC collectées entre 2018 et 2024 ont été étudiées : 31 M. avium, 23 M. chimaera et 19 M. intracellulare, incluant la souche de référence M. avium MAC101. L’identification des espèces reposait sur les méthodes de routine (GenoType NTM-DR, Bruker). Les CMI ont été déterminées avec les trois plaques selon les recommandations du fabricant, et la concordance entre les CMI a été définie par une variation maximale d’une dilution en log₂.

Resultats
La BDQ et la CFZ présentaient les CMI90 les plus basses (0,06 et 0,12 mg/L), indépendamment du profil de sensibilité à la clarithromycine (CLR) et à l’amikacine (AMK), parmi 11 isolats résistants à la CLR et 6 à l’AMK (dont 3 isolats résistants à CLR et AMK). Les taux de concordance SLOMYCO–FRATMYC atteignaient 72,2 % pour la CLR et 77,8 % pour l’amikacine, avec un accord catégoriel respectivement de 98,6 % et 90,3 %.

Conclusion
Ainsi, les plaques FRATMYC apportent des résultats équivalents à ceux de la plaque SLOMYCO tout en élargissant le spectre des molécules évaluées. La BDQ et la CFZ se distinguent par une activité in vitro à des concentrations basses, aussi, elles méritent d’être intégrées aux ATB de routine pour les MNT à croissance lente, notamment en situation d’échec thérapeutique.

Mots cles
MAC, Mycobacterium avium complex, MNT, Mycobactéries non tuberculeuses, CMI, in vitro

Objectif - Introduction
L’antibiogramme des Nocardia est indispensable à la mise en place d’une antibiothérapie efficace. Actuellement, la seule technique recommandée est la détermination des concentrations minimales inhibitrices (CMI) en microdilution (CLSI). La plaque prête à l’emploi Sensititre® RAPMYCOI® (IVD) ne contient pas certaines molécules pouvant être utilisées comme alternative thérapeutique : tédizolide (TZD) et méropénème (MERO). L’objectif était de valider les performances d’une plaque à façon FRNOCAR1® (RUO) contenant TZD et MERO par rapport à la plaque RAPMYCOI®. 

Materiels
Les CMI aux antibiotiques de 133 Nocardia étaient déterminées en microdilution avec les 2 plaques (incubation 48-72h, 35+/-2°C). Les catégories cliniques (S, I, R) était déterminées en utilisant les concentrations critiques (CC) du CLSI pour SXT, LZD, CIP, IMI, MXF, AUG2, AMI, AXO, DOX, MIN, TOB et CLA ; et les CC pK/pD du CA-SFM 2025 pour TGC. La souche de contrôle Nocardia asteroides ATCC 19247 était utilisée pour tester la reproductibilité de la plaque FRNOCAR1® (20 réplicats). L’« Essential Agreement » (EA), le « Category Agreement » (CA), les taux des erreurs mineures (min), majeures (maj) et très majeures (vmj) étaient calculées pour les antibiotiques disponibles sur les 2 plaques. 

Resultats
Pour LZD, CIP, MXF, AUG2, AXO, TOB et CLA, les paramètres atteignaient tous les critères de la « Food and Drud Administration » (FDA). Pour IMI et DOX, le CA n’atteignait pas les critères de la FDA mais l’EA était très bon et il n’y avait que des erreurs mineures. Pour SXT, IMI, AMI, DOX et MIN, la borne supérieure du vmj dépassait les critères de la FDA, malgré un point estimé à 0,0%, en raison d’un nombre insuffisant de souches résistantes dans la collection testée. Pour la TGC, malgré un EA de 100,0%, les autres paramètres n’atteignaient pas les critères de la FDA. La reproductibilité globale estimée était de 99,2%, IC95% [97,0-99.9].

Conclusion
La plaque FRNOCAR1® donnait des résultats comparables à la plaque RAPMYCOI® excepté pour la TGC. Le LBMR des Nocardioses valident donc l’utilisation de la plaque FRNOCAR1® pour l’antibiogramme des nocardioses en microdilution permettant d’obtenir des résultats fiables pour les antibiotiques habituels (TGC non rendue en routine), ainsi que les CMI pour TZD et MERO.

Mots cles
Nocardia, antibiogramme, microdilution, Sensititre

Objectif - Introduction
Les applications ETEST, pour Listeria et Corynebacterium, ne sont pas validées IVDR. Le but de cette étude est d’évaluer la concordance en CMI entre la méthode ETEST® et la méthode de référence selon les recommandations de l’EUCAST pour ces espèces.

Materiels
Un panel de 30 souches de Listeria monocytogenes a été testé en utilisant les bandelettes ETEST® ampicilline (AM), benzylpenicillin (PG), meropenem (MP) sur le milieu MHF et la méthode de référence BMD broth microdilution (EUCAST).
Un panel de 46 Corynebacterium de 7 espèces différentes [C. jeikeium(9), C. striatum(10), C. amycolatum(10), C. pseudodiphteriticum(8), C. xerosis(5), C. urealyticum(2), C. propincuum(2)] a été testé en utilisant les bandelettes ETEST benzylpenicillin (PG), erythromycin (EM), tetracyclin (TC), vancomycin (VA), linezolid (LZ), ciprofloxacin (CI), clindamycin (CM) et rifampicin (RI) sur le milieu MHF et la BMD (EUCAST). 
La méthodologie ETEST nécessite un  inoculum à 1McFarland, incubation de 16-20 h à  36 ± 2°C pour Listeria et un inoculum à 0,5McFarland, incubation 20-24h à 36 ± 2°C sous CO2 pour Corynebacterium. Les résultats ont été analysés pour déterminer la concordance en CMI (EA) à ± 1 dilution entre les CMI ETEST et celles de la BMD et le calcul de biais selon l’ISO 20776-2.


Resultats
Les CMI des souches CQ sont dans les intervalles attendus. Le taux d’EA pour les souches de Listeria monocytogenes est supérieur à 90% pour ETEST AM, PG et MP (biais respectif de +77%, +57% et +27%).
Pour les espèces de Corynebacterium, les taux d’EA sont supérieures à 90% pour ETEST PG, TC, CI, RI et VA (biais respectif de -32%, -15%, -15%, -30% et +52%) et supérieur à 85% pour ETEST® CM, EM et LZ (biais respectif de -29%, -33% et -72%).


Conclusion
Le taux d’EA entre ETEST sur gélose MHF et la BMD pour les souches de Listeria et Corynebacterium est supérieur à 85% pour toutes les molécules testées, sans changement de catégorie sauf pour la bandelette ETEST Clindamycine et les Corynébactéries (2 souches de Corynebacterium xerosis en VME à ±1 à 2 dilutions). 
La méthode ETEST® montre dans notre étude, un niveau de performance acceptable par rapport aux recommandations de l’EUCAST pour les groupes de Listeria monocytogenes et de Corynebacterium. 


Mots cles
ETEST®, EUCAST , Corynebacterium sp, Listeria monocytogenes

Objectif - Introduction


Materiels
Notre étude a été réalisée au laboratoire de bactériologie de l’hôpital Saint-Louis/Lariboisière entre novembre 2024 et août 2025. Au total, 44 hémocultures dont 35 issues de patients et 9 créées artificiellement à partir de souches séquencées sélectionnées ont été incluses. L’identification bactérienne a été réalisée par Spectrométrie de masse (Maldi-TOF).
Les résultats des catégorisations cliniques obtenues par le Vitek Reveal® ont été comparés à ceux obtenus grâce à un antibiogramme en diffusion (disques Biorad®, Adagio). En cas de discordance, des CMI Etest (Biomérieux) ont été réalisées. Les résultats en diffusion ont été interprétés selon le CASFM 2023 en vigueur au laboratoire, tandis que le Reveal® se base sur l’EUCAST 2021 (breakpoints similaires au CASFM 2023).
Au total, 39 entérobactéries, 1 Acinetobacter baumannii et 4 Pseudomonas aeruginosa ont été testés. Parmi les souches issues de patients, 14 étaient sauvages, 5 étaient productrices de BLSE et 16 présentaient un autre profil. Parmi les souches sélectionnées, 5 souches étaient productrices de carbapénèmases, 1 de BLSE et 3 avaient un autre profil.

Resultats
Au total, 895 sensibilités aux antibiotiques ont été testées, avec 97,1% de concordance par rapport à la diffusion,0,9% d’erreurs très majeures (ETM), 0,8% d’erreurs majeures (EM) et 1,2% d’erreurs mineures (Em) et 44% des erreurs très majeures concernaient la pipéracilline-tazobactam.
Le Vitek Reveal® a rendu des résultats en 5,6h en moyenne contre un rendu en 27,6h en diffusion. Pour les 35 patients testés, 8 n’avaient pas de traitement antibiotique au moment de la positivité de l’hémoculture et 2 présentaient un traitement inefficace.

Conclusion
Grâce à ses excellentes performances et un gain de temps significatif par rapport à la diffusion, le Vitek Reveal® est un automate à l’impact prometteur, permettant une adaptation précoce du traitement antibiotique le jour de la positivité des flacons d’hémoculture.

Mots cles
Antibiogramme, rapide, hémocultures, BGN

Discordances observées entre les catégorisations cliniques obtenues en Vitek Reveal® et antibiogramme en diffusion

Objectif - Introduction
Depuis le remplacement de la carte bioMérieux® Vitek2 N233 (Entérobactérales) par de nouvelles références, l’acide nalidixique (NAL) et l’ofloxacine (OFL) ne sont plus testés pour détecter les résistances aux fluoroquinolones (FQ). Les nouveaux panels comprennent la lévofloxacine (LEV) et la ciprofloxacine (carte systémique N441) ou la LEV seule (carte urinaire N442). Une étude conduite par bioMérieux a rapporté qu’en appliquant un seuil de 0,5 mg/L pour la CMI Vitek LEV, un bas niveau de résistance par mutation gyrA était bien détecté pour 7/8 souches. L’objectif de notre étude était d’évaluer cette sensibilité sur un plus grand nombre de souches de bas niveau de résistance.

Materiels
118 souches cliniques d’Entérobactérales ont été sélectionnées rétrospectivement. Le phénotype de résistance vis-à-vis des FQ a été déterminé par diffusion en milieu gélosé. En parallèle, la carte N442 a été testée. Les souches ont été classées en fonction de leur phénotype (5 catégories, cf. tableau) et de la CMI Vitek LEV. Lorsqu’elle était disponible, la CMI Vitek OFL réalisée préalablement au laboratoire avec l’ancienne carte était relevée.

Resultats
La sensibilité pour détecter un mécanisme de résistance aux FQ avec la CMI Vitek LEV (seuil 0,5 mg/L) est de 73% (65/89). Parmi les souches résistantes isolément à NAL par méthode de diffusion, cette sensibilité est de 59% (27/46).
La sensibilité pour détecter un mécanisme de résistance aux FQ avec la CMI Vitek OFL  est de 96% (80/83). Parmi les souches résistantes isolément à NAL par méthode de diffusion, cette sensibilité est de 93% (38/41).
Les spécificités des CMI Vitek LEV (seuil 0,5 mg/L) et OFL pour détecter un mécanisme de résistance aux FQ sont respectivement de 97% (28/29) et 85% (23/27).
La réduction du seuil à 0,25 mg/L pour la CMI Vitek LEV augmente la sensibilité à 72% (33/46) pour les souches résistantes isolément à NAL, abaissant la spécificité à 86% (25/29).

Conclusion
Dans cette étude, la CMI Vitek LEV permet de détecter seulement 59% des souches résistantes de bas niveau aux FQ. La réduction du seuil d’interprétation à 0,25 mg/L augmente cette sensibilité à 72%. Dans le contexte d’infections compliquées, une méthode complémentaire au Vitek 2 apparaît nécessaire pour détecter les résistances de bas niveau aux FQ chez les Entérobactérales.

Mots cles
Entérobactérales, Vitek 2, acide nalidixique, lévofloxacine, résistance de bas niveau aux fluoroquinolones

Résultats

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
hémoculture, antibiogramme direct, milieu liquide, automate VITEK
 

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
SdFFF, antibiogramme rapide, hémoculture positive, Escherichia coli, sepsis

Objectif - Introduction
Previously treated tuberculosis (TB) patients may harbor non-viable bacilli in sputum samples, which can interfere with the diagnostic performance of the GeneXpert MTB/RIF ultra results.
The objective of the study was to evaluate the diagnostic value of GeneXpert MTB/RIF positivity in previously treated pulmonary tuberculosis cases in Cotonou.

Materiels
This study included previously treated TB patients with presumed TB symptoms and was conducted from March 2021 to July 2023 in Cotonou, Benin. Sputum samples were collected from each patient and a portion was used for the GeneXpert MTB/RIF, while the remaining portion was decontaminated and cultured on Löwenstein-Jensen and Mycobacterial Growth Indicator tubes media. In cases of positive culture, identification and drug susceptibility testing were performed.

Resultats
A total of 103 patients with positive GeneXpert MTB/RIF or GeneXpert MTB/RIF ultra results were included. Among these, 69.9%, 26.2% and 3.9% were relapse, failure, and return after default, respectively. GeneXpert demonstrated high performance in detecting M. tuberculosis among previously treated patients (over 95% of confirmation with culture), when bacterial load in GeneXpert MTB/RIF was high or moderate, regardless of the time since the end of the patients TB treatment. In contrast, the confirmation with culture was 51.7% and 22.2% when the bacterial load in GeneXpert was low or very low, respectively. 

Conclusion
GeneXpert MTB/RIF is a useful tool for diagnosing previously treated TB cases, when the bacterial load is high or moderate.

Mots cles
Tuberculosis, previously treated, GeneXpert, culture

Objectif - Introduction
La tuberculose est endémique dans notre pays et la localisation neuroméningée occupe une place importante dans la TBC extrapulmonaire. Le diagnostic des méningoencéphalites tuberculeuses repose sur l’isolement du BK dans le Liquide cérébro-spinal (LCS), mais cela est long et parfois difficile. Ses dernières années, l'utilisation de la PCR pouvait écourter le temps et confirmer le diagnostic étiologique. La PCR-BK dans le LCS est très utile pour un diagnostic rapide en attendant la culture avec une sensibilité nettement supérieure à celle de l'examen direct microscopique.
L’objectif est de démontrer l’utilité de la PCR dans la rapidité du diagnostic étiologique suivie d’une thérapeutique ciblée et décrire les aspects clinico-biologiques des patients  
 

Materiels
Etude descriptive rétrospective de cas de méningoencéphalites à liquide clair admis au service d’infectiologie entre 2023-2025. Les données épidémio-cliniques et thérapeutiques ont été analysées. La ponction lombaire (PL) pratiquée à tous les malades confirmait la méningite.
 

Resultats
Vingt-deux dossiers ont été colligés. Sex ratio = 2,13 ; l’âge moyen est de 33,5 ans. La notion de contage a aidé au diagnostic de TBC dans 1/3 des cas. Les signes cliniques rencontrés : les céphalées fréquentes subaigues (86,36%), fièvre modérée (45,45%) et la raideur de la nuque (13,63%) , les signes d’encéphalite (confusion, crises convulsives : 54,6%) , l’hydrocéphalie tétraventriculaires (31,81%) et atteinte des paires crâniens (22,7%). La PL réalisée chez tous les patients objectivant une pleicytose à prédominance lymphocytaire dans 79% et une biochimie perturbée. La recherche de BK dans le LCS par les méthodes classiques chez tous les patients était négatives. Une PCR-BK dans le LCS demandée revenant positive chez 18 patients, retenant le diagnostic de tuberculose et permettant une démarche thérapeutique correcte et ciblée par les antituberculeux RHZE/RH pour une durée d’une 1 année suivant les recommandations nationales plus une corticothérapie adaptée et un suivi régulier.

Conclusion
La PCR-BK a permis un diagnostic rapide et a limité des thérapies inutiles couvrant d’autres étiologies. C’est un outil de diagnostic certain avec une spécificité à 95 %.
 

Mots cles
Méningo-encéphalite - Tuberculose - PCR-Bk

Objectif - Introduction
Mycobacterium tuberculosis (MTb) bloodstream infections (BSI) are rarely documented and indications for carrying out blood culture are poorly defined.  Identifying when to perform these tests in high income countries could improve diagnostic efficiency.

Materiels
We conducted a retrospective study using data from the Health Data Warehouse of Greater Paris University Hospitals. Adults (≥18 years) hospitalized with a microbiologically confirmed diagnosis of tuberculosis between January 1, 2017, and December 31, 2023, were identified using ICD-10 codes and text mining methods. Blood culture results for MTb were extracted from unstructured clinical notes using natural language processing and then manually validated. Relevant clinical variables were included, and then used for descriptive statistic analysis of patients.

Resultats
We identified 107 patients hospitalized with a definitive diagnosis of tuberculosis and blood culture results. Mean age was 44.25, 92.7% of patients were born abroad, male patients were 81.9%. Among them, 32 had a positive blood culture for MTb. These patients were more likely to be immunocompromised (p=0.013) and to present with miliary patterns (p=0.04) and less pulmonary cavitation (p=0.016), respectively. Dyspnoea was the only clinical feature significantly associated with a positive blood culture (p=0.024). Even though there is a trend, there were not significantly more deaths in the group with MTbBSI (p=0.136). Blood cultures were more effective in situations where the yield of diagnostic tests is usually low, particularly in cases of immunosuppression or extrapulmonary tuberculosis.

Conclusion
Mycobacterium tuberculosis BSI are rare in high-income countries. They are more likely associated with immunosuppressed patients and extrapulmonary or miliary patterns. Targeted use of blood cultures in these populations may enhance diagnostic yield and reduce unnecessary testing. Performing blood cultures appear unnecessary for suspected tuberculosis with cavitary lung lesions.
 

Mots cles
Tuberculosis, Blood culture, Diagnosis, Immunosuppression
 

Objectif - Introduction
La tuberculose (TB) reste un défi de santé publique, avec une augmentation de 15% des cas déclarés en 2024 (Santé Publique France). Les Centres de Lutte anti-TB (CLAT) ont la mission d’organiser le dépistage de l’infection TB (ITL) parmi les cas contacts des patients TB. Afin d’optimiser l’engagement des ressources des CLAT, le dépistage est piloté selon des critères qui incluent des données microbiologiques suggérant la présence d’un inoculum bacillaire élevé.

Materiels
Entre 2021 et 2024 les données microbiologiques (examen direct ED, temps de détection en culture, résultat PCR M. tuberculosis) au diagnostic des patients TB pulmonaires et les résultats des dépistages des contacts des patients TB ont été recueillis. Dans cette étude, 40 patients ont été inclus et classés selon le statut transmetteur T (au moins 1 cas ITL détecté, soit 27 patients) ou non-transmetteur NT (aucun cas d’ITL détecté, soit 13 patients). Les performances des tests (recherche BAAR, délais de détection en culture) ont été analysées au regard de la prédiction du statut T/ NT.

Resultats
Parmi les NT (N=13), aucun patient n’avait des BAAR à l’ED. Parmi les T, 14 patients avaient des BAAR et 13 patients n’avaient pas de BAAR à l’ED. Le délai de détection en culture pour les T (de 4 à 40 jours (médiane 7, IQR 11,75)) était significativement plus court que celui des NT (de 8 à 37 jours (médiane 20, IQR 6) ; p = 0,0018, test Wilcoxon-Mann-Whitney). Une analyse par courbe ROC (AUC : 0,8) des performances du délai de détection en culture afin de prédire le statut T/ NT avec différents seuils de décision allant de 4 à 40 jours a indiqué que les meilleures performances étaient réunies pour un temps de détection de 14 jours (Sb 69% et Sp 93%). En comparaison, la présence de BAAR à l’ED avait une Sb de 52% pour une Sp 100%.

Conclusion
Nos résultats indiquent que tout cas de TB pulmonaire avec culture positive peut se révéler contagieux. La présence de BAAR à l’ED possède une sensibilité insuffisante pour l’identification des cas contagieux, une meilleure prédiction peut être réalisée en prenant en compte les délais de détection en culture, avec un seuil décisionnaire de 14 jours pour notre laboratoire. Des analyses similaires sont en cours avec les tests de PCR en temps réel, afin d’accélérer la prise de décision pour la conduite des enquêtes par le CLAT.

Mots cles
tuberculose, transmission, diagnostic, contagiosité

Objectif - Introduction
La détection rapide de la résistance aux antituberculeux majeurs, rifampicine et isoniazide, est cruciale pour une prise en charge adaptée des cas de résistance. Cette étude vise à étudier le profil de résistance aux antituberculeux majeurs du complexe Mycobacterium tuberculosis et à évaluer les performances du test génotypique GenoTypeMTBDRplus par rapport au test phénotypique de référence et au test GeneXpert Ultra. 
 

Materiels
Il s’agit d’une étude rétrospective menée au laboratoire de microbiologie du CHU Abderrahmane Mami (Ariana, Tunisie) entre 2020 et 2024. Elle a inclus tous les patients suspects de tuberculose résistante à la rifampicine et/ou l’isoniazide. La résistance à la rifampicine a été détectée directement sur les prélèvements par le test GeneXpert Ultra. L’antibiogramme a été réalisé par la méthode des proportions en milieu liquide (méthode de référence). Le test GenoTypeMTBDRplus (Hain) a été réalisé conformément aux recommandations du fabricant.
 

Resultats
L’étude a inclus 248 patients (sex ratio de 4,7, âge médian de 39 ans [27-54]). Les prélèvements respiratoires représentaient 88% des échantillons. Une résistance à la rifampicine a été détectée dans 42,3 % des cas, dont 72,2 % MDR (résistance à la rifampicine et à l’isoniazide). Les mutations les plus fréquentes ont touché la région rpoBWT8 (codons 530-533) (69,8 %). Une résistance à l’isoniazide concernait 52,3 % des souches, dont 41,5 % en monorésistance, avec une prédominance des mutations dans le gène katG (85,8 % des cas). Le GenoTypeMTBDRplus a présenté une sensibilité de 94,1 % (IC 95 % : 86,9 % - 97,4 %) et une spécificité de 99,2 % (IC 95 % : 96 % - 99,8 %) pour la détection de la résistance à la rifampicine. Concernant l’isoniazide, il a montré une sensibilité de 83,5 % (IC 95 % : 76,3 % - 88,9 %) et une spécificité de 100% (IC 95 % : 95,9 % - 100 %). La concordance avec GeneXpert Ultra dans la détection de la résistance à la rifampicine était excellente (coefficient kappa= 0.94).
 

Conclusion
Le test génotypique a montré une bonne performance pour la détection de la résistance à la rifampicine. La résistance à l’isoniazide étant plus complexe, ses performances sont relativement moindres. Le séquençage des souches présentant une discordance est indispensable pour optimiser les stratégies thérapeutiques.

Mots cles
résistance, rifampicine, isoniazide, tuberculose, test génotypique
 

Objectif - Introduction
La tuberculose extra pulmonaire (TEP) demeure un problème majeur de santé publique, dont le diagnostic est exclusivement bactériologique
Face aux contraintes des techniques bactériologiques conventionnelles, des techniques de biologie moléculaire, tels que la PCR en temps réel (qPCR), ont été développées et appliquées au diagnostic bactériologique de la tuberculose, notamment dans sa forme extra pulmonaire.
Notre objectif était d’évaluer la performance de la qPCR pour le diagnostic de la TEP.

Materiels
Étude transversale menée sur 10 ans (de 2013 à 2022), portant sur les prélèvements extra pulmonaires (PEP) reçus à visée d’étude mycobactériologique au laboratoire de Microbiologie du CHU farhat hached, et pour lesquels une qPCR était réalisée.
La technique de qPCR utilisée était le GeneXpert MTB/RIF. La sensibilité et la spécificité de la qPCR étaient comparées à la culture considérée la technique de référence.

Resultats
Un total de 448 qPCR a été réalisé, provenant majoritairement des services hospitaliers internes (84 %).
La qPCR était positive dans 84 cas (18,7 %), avec des taux de positivité particulièrement élevés pour les prélèvements ganglionnaires (44,9 %), ostéo-articulaires (20 %) et neuroméningés (13,9 %).
La sensibilité globale était de 90,7 % (94,1 % pour les ponctions vs 87,3 % pour les biopsies), avec une spécificité de 100 % pour tous les types de prélèvements.
L’analyse détaillée des résultats a montré que les taux de positivité variaient selon la localisation et la nature du prélèvement: localisation ganglionnaire (ponction : n =37 ; 50 % vs biopsie : n =7 ; 29,2 %, p =0,075), ostéoarticulaire (ponction d’abcès du psoas : n =5 ; 26,3 % vs biopsie tissulaire : n =8 ; 17,8 %, p =0,5), pleural (ponction : n =5 ; 9,8 % vs biopsie : n =2 ; 9,1 %, p =1) et digestif (ponction d’ascite : n = 3 ; 7,5 % vs biopsie : n =0 ; 0 %, p =1). La nature liquidienne ou tissulaire n’a pas significativement influencé la fiabilité des résultats.

Conclusion
La qPCR par GeneXpert est un outil performant pour le diagnostic de la TEP, et sa fiabilité n’est pas affectée par la nature du PEP.

Mots cles
Tuberculose extra pulmonaire, biologie moléculaire

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Tuberculose, NGS, résistance, multiplexe, routine, DeepChek®, mutations

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
tuberculose, amplification isotherme, test rapide, dépistage, biologie moléculaire

Objectif - Introduction
La tuberculose (TB) digestive constitue une localisation extra-pulmonaire encore fréquente en Tunisie. Elle reste néanmoins peu documentée et souvent sous-diagnostiquée en raison de sa présentation clinique non spécifique et de la difficulté diagnostique liée à la paucibacillarité des prélèvements.
L’objectif de notre étude était d’actualiser les données bactériologiques de la TB digestive.

Materiels
Étude transversale menée sur 10 ans (2013-2022), portant sur les prélèvements (PVT) des biopsies digestives, des ponctions d’ascite et d’abcès hépatique reçus au laboratoire de Microbiologie du CHU farhat hached de Sousse à visée d’étude mycobactériologique.
L’examen direct (ED) et la culture étaient systématiquement effectués. La PCR était indiquée en cas de doute diagnostic ou de suspicion de TB multirésistante. La technique de PCR utilisée était la PCR en temps réel (qPCR) par le GeneXpert MTB/RIF.

Resultats
Nous avons colligé 229 PVT, avec une prédominance féminine (sexe ratio H/F = 0,6). Les principaux services prescripteurs étaient la gastro‑entérologie (36 %) et les maladies infectieuses (27 %). Les PVT reçus étaient à type de biopsies (n=18 ; 7,9 %), de ponctions d’ascite (n=196 ; 85,6%) et d’abcès hépatique (n=15, 6,5%)
La culture était positive dans 13 cas, correspondant à un taux de positivité global de 5,6 %, incluant 12 ponctions d’ascite et une ponction d’abcès hépatique. Un seul ED était positif provenant d’une ponction d’abcès hépatique.
La qPCR a été réalisée sur 52 PVT (22,7 %), principalement des ponctions d’ascite (n = 43) et quelques biopsies digestives (n = 9). Trois résultats positifs ont été observés sur les ponctions d’ascite, tandis que les biopsies digestives étaient toutes négatives (7,5 % vs 0 % ; p = 1).
En termes de résistance, aucun cas de tuberculose multirésistante n’a été détecté.

Conclusion
Le diagnostic bactériologique de la tuberculose digestive reste limité par la paucibacillarité des échantillons. L’utilisation combinée de la culture et de la PCR améliore toutefois la détection, soulignant l’importance d’approches diagnostiques complémentaires pour une prise en charge adaptée.

Mots cles
tuberculose digestive - diagnostic - bactériologie

Objectif - Introduction
L’Amikacine est l’un des traitements de référence des infections à Mycobacterium abscessus (MAB). Le mécanisme principal de la résistance de MAB à l’Amikacine est la mutation A1408G (numérotation E. coli) du gène rrs codant pour l’ARN 16s, cible de l’Amikacine, détectée en routine par le test GenoType NTM-DR® (Brucker). D’autres mutations du gène rrs ont été décrites mais leur fréquence dans les souches cliniques est peu connue. Notre objectif est d’étudier le support de la résistance à l’Amikacine chez MAB grâce à une étude génomique et de suivre l’évolution de la résistance sur une collection de souches cliniques du Centre National de Référence (CNR) des mycobactéries.
 

Materiels
Entre 2012 et 2025, toutes les souches issues de patients présentant une infection à MAB avec au moins une souche résistante à l’Amikacine (AMK-R, CMI>64mg/L) ont été inclues. Le test NTM-DR a été réalisé sur toutes les souches inclues. Un séquençage du génome complet (WGS) a été réalisé localement (MiSeq®, Illumina). L’appel de variant recherchant des SNPs et Indels a été réalisé grâce à un pipeline bio-informatique maison (GenoMAB) sur une sélection de 120 gènes liés à la résistance aux antibiotiques chez MAB.
 

Resultats
Parmi 107 souches issues de 31 patients (dont 29 atteints de mucoviscidose et 2 d’une autre bronchopathie), 72 étaient AMK-R (Tableau 1). Un traitement par aminoside a été administré chez 90% des patients. GenoMAB a identifié des mutations de rrs pour 94% des patients : aux loci 1408 pour 77% (test NTM-DR positif), ou 1409, 1491, ou 1496 pour 17% (test NTM-DR négatif), et une absence de mutation de rrs pour 6% des patients. Les 15 patients ayant des couples de souches AMK-S/R présentaient un faible nombre de SNPs d’écart entre les souches AMK-S et AMK-R (médiane [IQR] : 27 [10-55]).
 

Conclusion
Le pipeline GenoMAB a confirmé la mutation majoritaire A1408G de rrs comme support de la résistance à l’Amikacine chez MAB, en concordance avec le test NTM-DR, et identifié des mutations en dehors de ce site pour plus de 15% des patients. Le WGS a montré une grande proximité entres les souches AMK-S et AMK-R de mêmes patients, suggérant une acquisition de résistance sélectionnée par l’antibiothérapie. Cette étude souligne l’intérêt du WGS dans la détection et le suivi de la résistance chez MAB.
 

Mots cles
Mycobacterium abscessus, Mycobactéries non tuberculeuses, Résistance, Aminosides, Génomique
 

Tableau 1. MAB = Mycobacterium abscessus, AMK= Amikacine

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Témocilline, infection respiratoire

Objectif - Introduction
Évaluer l’impact post-COVID-19 sur les résistances aux fluoroquinolones et macrolides de trois entéropathogènes majeurs (Campylobacter spp., Salmonella spp. et Shigella spp.) isolés à partir de selles humaines en région PACA (2023–2025), dans un contexte d’usage accru de macrolides en ville et à l’hôpital. Ces entéropathogènes sont responsables d’infections digestives fréquentes et de complications potentiellement graves.  
 

Materiels
Campylobacter (n=96, répartition coli/jejuni) : étude prospective (nov. 2024 – janv. 2025), isolats issus de PCR multiplex (CT < 32), identifiés après culture par spectrométrie de masse. La résistance à l’azithromycine (AZI) a été estimée via les diamètres d’inhibition autour des disques d’érythromycine (CA-SFM 2024). Salmonella (n=123) et Shigella (n=25) : étude rétrospective (2023–2024), CMI extraites des bases du laboratoire. 


 

Resultats
Chez Campylobacter, la résistance à la ciprofloxacine (CIP) est élevée (70,8 %) ; la sensibilité aux macrolides reste conservée. Salmonella montre des % de résistance modérés (CIP 7,3 %, AZI 2,4 %). Pour Shigella, la résistance à l’azithromycine (AZI) atteint 16 %, surtout chez S. sonnei. Les données régionales sont cohérentes avec celles des CNR : en 2023, le CNRCH rapportait pour Campylobacter des taux de CIP-R de 64,8 % (C. jejuni) et 66 % (C. coli), et <1 % de résistance aux macrolides pour C. jejuni (~7 % pour C. coli). Le CNR signalait en 2022 pour Salmonella <10 % de CIP-R et <3 % d’AZI-R. Le CNRESS notait 22 % de souches S. sonnei XDR co-résistantes AZI/CIP/C3G (Cf Tableau joint)
 

Conclusion
La résistance aux fluoroquinolones reste préoccupante chez Campylobacter, surtout C. coli. La sensibilité aux macrolides est préservée pour C. jejuni. Le % d’AZI-R de Shigella en PACA, bien que <22 % nationalement, reste notable. Ainsi, même si la région PACA présente historiquement une consommation d’antibiotiques plus élevée que la moyenne nationale, nos résultats ne montrent pas de taux de résistance supérieurs, ce qui suggère que pour Campylobacter, la résistance aux fluoroquinolones est généralisée et peu influencée par les variations régionales. Ces données soulignent l’importance de stratégies locales de bon usage des antibiotiques dans une perspective de santé publique durable.
 

Mots cles
Campylobacter, Salmonella, Shigella, résistance, fluoroquinolones, macrolides, PACA, COVID-19
 

Objectif - Introduction
Les infections à bactéries multi  voire hautement résistantes constituent un problème majeur de santé publique. Elles sont particulièrement grave et sont souvent grevées d’un mauvais pronostic et s’accompagnent d’un taux de mortalité élevé particulièrement chez les patients présentant des comorbidités qui demeurent indissociables d’une utilisation inappropriée d’antibiotiques. L’objectif de ce travail était d’évaluer le profil bactériologique et les résistances aux antibiotiques des BMR et BHRe isolées des prélèvements reçus au centre de lutte contre le cancer Batna.

Materiels
Il s’agit d’une étude rétrospective descriptive, effectuée à l’unité de Microbiologie-CLCC Batna, portant sur les BMR/BHRE isolées sur 6 ans(Janvier 2019 à Décembre 2024),isolées des différents prélèvements (ECBU, hémoculture, pus, liquides biologiques). L’examen bactériologique était effectué selon les techniques habituelles standardisées. L’identification était réalisée par galerie API 20E/Vitek2 et l’évaluation de leur sensibilité aux antibiotiques par méthode de diffusion des disques sur milieu gélosé Mueller-Hinton,complétée par CMI sur automate Vitek2 et ou par bandelettes E-test. Et une caractérisation phénotypique des principaux mécanismes de résistance aux β-lactamines.
 

Resultats
Sur un total de 4527 prélèvements reçus,1130 bactéries multi résistantes non redondantes étaient isolées. Une prédominance masculine 55%, avec une moyenne d’âge de 41,33 ans. Les pus prédominaient 38%, hémocultures et ECBU, 21% chacun. Une prédominance du service hématologie 34%,les externes 24%, la chirurgie 13% l’oncologie 10%,l’onco-pédiatrie et réanimation 9% chacun.
l’analyse des BMR/BHRe isolées montre une prédominance des E-BLSE 46%,des SARM 15%,puis ABRI 11%. EPC 9% des isolats. PARC7%, tandis que les ERG 3% .
La répartition des BMR/BHRe selon les espèces a mis en évidence une prédominance d’Escherichia coli 29%,Klebsiella pneumoniae 23%,SARM15%. Acinetobacter baumannii11%, Pseudomonas aeruginosa7%
 

Conclusion
Notre étude met en évidence une prévalence préoccupante des BMR et l'émergence croissante des BHRe,exposant au risque d’impasse thérapeutique.
Cette situation reflète une pression de sélection élevée,liée à un usage inapproprié des antibiotiques et à des défaillances des mesures de prévention des infections d'où nécessité d’une surveillance microbiologique,d’un renforcement des mesures d’hygiène.

Mots cles
CLCC,Résistance,BMR,BHRe. 

Objectif - Introduction
La prise d'antibiotiques (ATB) est un facteur de risque d'acquisitionde bactéries résistantes aux ATB. Bien que des études aient suggéré que l'utilisation de carbapénèmes soit associée au risque d'émergence d'entérobactéries résistantes aux carbapénèmes (ERC), peu d'études se sont intéressées plus spécifiquement aux entérobactéries productrices de carbapénémases (EPC). 
Notre objectif était d'identifier les classes ATB associées à la découverte d'EPC.

Materiels
Nous avons mené une étude rétrospective mono-centrique de type cas-témoins. Les cas de portage d'EPC après prise d'ATB ont été comparés à des témoins appariés (même service, même période, même durée d'hospitalisation, ATB récent ou en cours, au moins 2 dépistages négatifs) 
Les ATB étaient regroupés par classes pharmacologiques. Nous avons également comparé la prise d'antibiotiques avec effet anti-anaérobie chez les cas et les témoins.
Les variables ont été comparées par test du Khi² ou test exact de Fisher selon la méthode appropriée. 

Resultats
Au total, 185 patients ont été inclus dans cette étude, répartis en 66 cas (35,5?%) et 119 témoins (64,5?%).
En moyenne, les patients ont été exposés à une antibiothérapie pendant 9,46 jours.
Les types de carbapénémase chez les cas étaient VIM (31 cas), NDM (15 cas) et OXA48-like (20 cas). 
Les bêta-lactamines avec activité anti-anaérobies étaient les plus utilisés chez les cas comme les témoins (respectivement 59,1% et 52,9%). Les aminosides était utilisés chez 6,1% des cas et 16,0% des témoins.
L'exposition à un ATB anti-anaérobie était retrouvée chez 77,3% des cas et 66,4% des témoins.
Aucune classe ATB n'était significativement associée au risque de découverte d'une EPC, au global ou par type de carbapénémase.

Conclusion
Nous n'avons pas identifié de classe ATB associée au risque de découverte d'une EPC en cours d'hospitalisation. 
Les programmes de bon usage des ATB ciblant les EPC doivent garder une dimension globale. Un travail spécifiquement consacré au bon usage des carbapénèmes, malgré sa pertinence possible contre les ERC serait potentiellement insuffisant contre la diffusion des EPC. De plus larges études, stratifiées par type de carbapénémase semblent pertinentes pour explorer l'effet de différentes classes ATB sur le risque d'acquisition d'une EPC.

Mots cles
Entérobactéries productrices de carbapénémase
Bon usage des antibiotiques
Carbapénèmes

Objectif - Introduction
L’antibiorésistance est un problème majeur de santé publique. L’objectif de notre étude est d’étudier l’évolution des bactéries multirésistantes (BMR) du groupe ESKAPE (E.faecium, S.aureus, K.pneumoniae, A.baumannii, P.aeruginosa, Enterobacter spp.) et de décrire leur épidémiologie.

Materiels
Les isolats d'intérêt ont été collectés au CHU de Monastir - Tunisie entre 2015 et 2025. L’identification bactérienne a été réalisée selon les méthodes conventionnelles. La sensibilité aux antibiotiques a été analysée selon les directives CASFM de l’année en cours.

Resultats
Au total, 5911 BMR ont été étudiées : 52 souches d’E.faecium résistantes à la vancomycine (ERV) et 769 souches de S.aureus résistantes à la méticilline (SARM) avec une prévalence de 24,5% et 19,8% respectivement. Concernant les bacilles Gram négatif, 2026 souches de K.pneumoniae résistantes aux céphalosporines de 3ème génération (C3G) et 835 aux carbapénèmes avec une prévalence respective de 34.9 % et 14.3 %. 1039 souches d’A.baumannii résistantes à l’imipénème (ABRI), 201 souches de P.aeruginosa résistantes à la ceftazidime (PARC) et 230 à l’imipénème (PARI) avec une prévalence respective de 87,2%, 14,9% et 6.4 %. 297 souches d’Enterobacter spp. résistantes aux C3G et 194 aux carbapénèmes avec une prévalence de 25 % et 9.3 % respectivement. La résistance a augmenté pour la majorité des bactéries étudiées au cours de la dernière décennie, avec des pics de prévalence en 2023 pour P. aeruginosa résistante à l’imipénème (15?%) et Enterobacter spp. résistants aux carbapénèmes (27?%), et en 2024 pour le SARM (15?%) et K.pneumoniae résistante aux carbapénèmes (20?%). Les services de réanimation constituaient les principaux lieux d’isolement, en particulier pour ABRI (72%), PARC/I (44.1%/51.3%) et Enterobacter spp.(30%).
Concernant les types de prélèvements, les suppurations représentaient la source dominante d’isolement, notamment pour les souches de SARM (54%), de PARC/I (29.4 %/ 17.8 %) et d’Enterobacter spp (48.4%). Les prélèvements respiratoires occupaient également une place prépondérante, surtout pour K.pneumoniae (15.3%), ABRI (56.1%) et PARC/I (39.4%/47.8%).

Conclusion
Notre étude révèle une augmentation constante de la prévalence des BMR du groupe ESKAPE. D’où la nécessité d'une gestion rigoureuse et raisonnée de l'utilisation des antibiotiques.

Mots cles
BMR, ESKAPE, résistance, épidémiologie

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Citrobacter freundii, KPC-2, carbapénémase, EPC, réservoir environnemental

Objectif - Introduction
Chez l’adulte, H. influenzae est principalement associé à des infections respiratoires chez des patients âgés ou comorbides. On observe un nombre croissant d’infections invasives extra-pulmonaires. L’objectif de ce travail est de décrire les manifestations cliniques, l’épidémiologie et la sensibilité aux antibiotiques des bactériémies à H. influenzae chez l’adulte dans notre CHU.

Materiels
Cette étude rétrospective monocentrique inclut les patients adultes hospitalisés dans notre CHU entre 2015 et 2025 ayant présenté au moins une hémoculture positive à H. influenzae. Les données cliniques et microbiologiques ont été recueillies.

Resultats
78 patients ont été inclus. 42 patients (53,9%) présentent une pneumopathie dont 10 acquises sous ventilation mécanique, 22 (28,2%) une bactériémie isolée et 14 (17,9%) une infection invasive extra-pulmonaire (5 chorioamniotites, 3 abcès tubo-ovariens, 2 polyarthrites). La mortalité à 30 jours est de 17,9% et le taux d’admission en réanimation de 27,7%. Les patients présentant une pneumopathie sont plus âgés (70,1 ans vs. 55,1), atteints de pathologie respiratoire chronique (41,4% vs. 2,8%), tabagiques (55,2% vs. 33,3%) et immunodéprimés (41,4% vs. 16,7%). Les bactériémies isolées surviennent principalement dans un contexte de cancer ORL, digestif ou d’hépatopathie chronique, et l’évolution défavorable (6 cas sur 22) semble liée à la sévérité de la pathologie sous-jacente. Les infections extra-respiratoires (hors bactériémies isolées) touchent majoritairement des patients jeunes, sans antécédents, avec une bonne évolution clinique. L’analyse univariée révèle que la pneumopathie acquise sous ventilation mécanique est le seul facteur significativement associé à la mortalité à J30. La sensibilité des souches isolées est de 78,9% pour l’Amoxicilline, 89,4% pour l’Amoxicilline-acide clavulanique, et parmi les souches testées, 100% pour la Ceftriaxone (n=15), 97% pour les quinolones (n=43) et 59% pour le Bactrim (n=22).

Conclusion
Chez les adultes présentant une bactériémie à H. influenzae, la mortalité élevée (17,9%) semble être essentiellement liée à la pathologie sous-jacente et à la durée de séjour en réanimation. La survenue d’infections extra-pulmonaires chez des adultes jeunes sans facteur de risque pose la question de l’émergence de clones porteurs de facteurs de virulence particuliers.

Mots cles
Haemophilus influenzae, épidémiologie, bactériémie, antibiogramme

Sensibilité aux antibiotiques des souches d'H. influenzae isolées

Objectif - Introduction
Acinetobacter baumannii est un pathogène nosocomial multirésistant qui provoque des infections sévères. Cette étude analyse son épidémiologie et ses profils de résistance aux antibiotiques à partir des souches isolées au CHU Fattouma Bourguiba de Monastir sur 10 ans.
L’objectif est de Déterminer le profil épidémiologique et l’antibiorésistance des souches d’A. baumannii isolées au laboratoire de microbiologie du CHU Fattouma Bourguiba Monastir sur 10 ans.

Materiels
Il s’agit d’une étude descriptive rétrospective, portant sur toutes les souches non redondantes d’A. baumannii isolées à partir de prélèvements cliniques chez les malades hospitalisés au CHU Fattouma Bourguiba Monastir, sur les 10 dernières années (janvier 2014- décembre2023). L’identification bactérienne a été effectuée par les techniques conventionnelles et l’étude de la sensibilité aux antibiotiques selon les recommandations du CASFM-EUCAST.

Resultats
Durant la période d’étude, un total de 1268 souches d’A. baumannii a été inclus. La quasi- totalité des souches provenaient du milieu hospitalier. Les services les plus pourvoyeurs étaient la réanimation chirurgicale (46,2%), la réanimation médicale (23,5%) et la chirurgie générale (5,9%). Les principaux sites d’isolement étaient les prélèvements respiratoires (54,5%), les prélèvements de pus (15,6%) et les hémocultures (9,8%). La résistance aux antibiotiques a été très élevée : ticarcilline (94,5%) et piperacilline (94,9%), piperacilline-Tazobactam (92,9%), ceftazidime (92,1%), imipenème (88,1%), gentamicine (86,4%) et rifampicine (55,2%). Toutefois, les taux de résistance à la colistine étaient très faibles (1,53%). La résistance d’A. baumannii aux antibiotiques évolue de manière continue. En effet, les taux de résistance observés au cours des dix années de l'étude montrent une augmentation constante. La résistance à l'imipénème est passée de 79,4 % en 2014 à 92,2 % en 2023. Les taux de résistance aux antibiotiques étaient particulièrement élevés aux USI pour presque tous les antibiotiques. Ainsi, le taux de résistance à l'imipénème en USI atteignait environ 90,5 %.

Conclusion
Le taux élevé de A. baumannii multirésistant, en particulier, en USI nécessite une surveillance rigoureuse, des mesures strictes d'hygiène et d'asepsie, ainsi qu'une utilisation rationnelle des antibiotiques pour limiter sa propagation.

Mots cles
A.baumannii/Résistance aux antibiotiques/Bactéries multirésistantes 

Objectif - Introduction
Certains bacilles à Gram négatif (BGN) atypiques oxydatifs opportunistes, naturellement multirésistants pour certains, bien que rarement isolés, peuvent être responsables d’infections sévères. Une augmentation de l’isolement de ces germes à partir d’hémocultures a été notée au service de pédiatrie et cardiopétrie. L’objectif de cette étude préciser leurs caractéristiques épidémiologiques et leurs profils de multirésistance.

Materiels
Il s’agit d’une étude rétrospective réalisée au laboratoire de microbiologie du CHU la Rabta, s’intéressant à Ralstonia mannitolilytica, Achromobacter xylosidans et Cronobacter sakazakii à partir des hémocultures entre février 2025 et août 2025. L’identification a été réalisée selon les normes du REMIC et la sensibilité aux antibiotiques selon les recommandations du CASFM-EUCAST.

Resultats
Parmi les 420 hémocultures positives recensées, 48 (11.4%) étaient des BGN oxydatifs. Dans ce sous-groupe, R mannitolilytica a été l’espèce la plus fréquemment isolée avec 29 cas (60.4% des germes oxydatifs, 6.9% de l’ensemble des hémocultures positives). Elle était suivie par A xylosidans (11 cas, 22.9%, 2.6% du total) et C sakazakii (8cas,16.7%, 1.9% du total)
Dans notre étude R mannitolilytica a montré une résistance de 100% à l’ertapénème, au ceftazidime et aux aminosides, de 22% à l’mipénème et de 5% au céfépime. Toutes les souches étaient sensibles au trimétoprime-sulfométhoxazole et aux fluoroquinolones. Pour A xylosidans, toutes les souches étaient sensibles à l’imipénème et à la pippéracilline-tazobactam. Toutes les souches de Cronobacter sakazakii étaient sensibles à l’imipénème et à l’amikacine.

Conclusion
Ces résultats soulignent l’importance croissante des germes oxydatifs atypiques comme agents d’infections nosocomiales en milieu pédiatrique. Leur isolement doit alerter sur la mise en place de protocoles de surveillance, d’une gestion rigoureuse des dispositifs invasifs et d’une politique raisonnée d’antibiothérapie est essentielle pour limiter leur diffusion.

Mots cles
Bacilles à Gram négatif atypiques oxydatifs, hémoculture, multirésistances.

Objectif - Introduction
Les infections à Serratia marcescens sont le plus souvent associées aux soins, tandis que les autres espèces de Serratia ne sont que rarement isolées. Au cours d'une période de 38 jours, huit isolats de Serratia non-marcescens ont été isolés d'hémocultures de cinq patients d'une unité de soins intensifs (USI). Le but de notre étude était de confirmer l'identification de ces isolats à l'aide d'analyses moléculaires et de prouver l’origine commune.
 

Materiels
L’identification bactérienne a été réalisée par le système Vitek®2 (BioMérieux, France) et l’étude de la sensibilité aux antibiotiques selon les recommandations de l’EUCAST. L'identification moléculaire a été réalisée par amplification et séquençage d’une région de 1108pb spécifique de l’ADNr 16S dans une première étape puis un séquençage du génome total (WGS) a été effectué pour la première souche isolée (TUN216) par iSeq100 system (2 x 150pb). 
 

Resultats
Tous les isolats présentaient des séquences d'ADN ribosomique identiques, ce qui suggère l'existence d'une source unique. Les analyses comparatives ont indiqué une grande parenté génétique avec Serratia sp. MYB239 et Serratia rhizosphorea KUDC3025, montrant une identité de 100 % et 99,93 % respectivement,  par l'algorithme BLAST et EzBioCloud. L'alignement du génome de TUN216 avec 19 génomes de Serratia à l'aide de l'algorithme MAUVE a révélé la correspondance la plus proche avec Serratia sp. Tan611,  isolée à partir d'eaux usées contaminées par l'industrie en Algérie. Cette similarité a été confirmée par les séquences du gène de la β-lactamase de classe C, qui se sont avérées identiques à 100 % entre les deux isolats.
Des comparaisons supplémentaires ont démontré une grande similarité génétique avec les souches MYB239, NCTC10848, SRR15082308 et S. rhizosphorea KUDC3025, comme le confirment les valeurs d'identité nucléotidique moyenne (ANI) (ANIm et ANIb > 97 %).
Tous les isolats présentaient le même profil de résistance antimicrobienne résistants au céfotaxime et à la péfloxacine.
 

Conclusion

À notre connaissance, cette étude rapporte la première identification de S. rhizosphorea en milieu clinique dans un hôpital universitaire en Tunisie, depuis sa description initiale en Corée en 2017. La transmission croisée à partir du cas index semble être l'hypothèse la plus plausible.
 

Mots cles
Serratia rhizosphorea, hémoculture, séquencage, infection humaine
 

Objectif - Introduction
Les abcès hépatiques (AH) à Klebsiella pneumoniae hypervirulente (Kphv), initialement décrits en Asie du Sud-Est, se distinguent des AH à K. pneumoniae classiques (Kpc) par leur survenue communautaire chez des sujets jeunes sans comorbidité. En France, la seule étude publiée sur ce sujet retrouve des caractéristiques cliniques comparables. L’objectif de ce travail rétrospectif était d’évaluer la prévalence, la diversité génomique et les caractéristiques cliniques des souches de Kphv isolées d’AH au CHU de Nice sur une période de dix ans.

Materiels
Les souches de K. pneumoniae isolées d’AH entre 2015 et 2024 (1/patient) ont été analysées. Le génome a été séquencé (Illumina, Nanopore), assemblé (Unicycler) et identifié (dDDH/ANI). Le coregenome-mlst (cg-mlst) a été étudié par Minimum Spanning tree. Les gènes de virulence ont été recherchés par Kleborate. Le profil Kphv a été défini par la présence des quatre gènes de virulence suivants : iuc, rmpA, iro et peg-344. Les données cliniques ont été recueillies à partir des dossiers médicaux puis analysées à l’aide de tests statistiques adaptés (EasyMedStat).

Resultats
Parmi les 54 souches de K. pneumoniae isolées d’AH, 19 (35%) souches étaient Kphv, avec une prévalence moyenne annuelle de 42% [11-67%]. Elles appartenaient à quatre ST : ST23 (n=11), ST380 (n=4), ST65 (n=2) et ST86 (n=2).  Les 35 (65%) souches de Kpc présentaient une diversité plus large (31 ST). Les souches Kphv de ST23, ST65 et ST86 portaient également le gène de virulence rmpA2. Toutes les souches Kphv avaient un profil sauvage de résistance aux β-lactamines, contrairement à 4 souches Kpc résistantes aux C3G (bla_CTXM15), dont une résistante aux carbapénèmes (bla_OXA-48). Cliniquement, les AH à Kphv étaient plus souvent monomicrobiens (p<0,001), communautaires (p<0,001), chez des patients avec moins de comorbidités (index de Charlson, p<0,001). Ils étaient plus fréquemment cryptogéniques (p<0,001), alors que les AH à Kpc étaient majoritairement d’origine biliaire (p<0,001).

Conclusion
En conclusion, les souches de Kphv responsables d’AH sont endémiques au CHU de Nice, avec une prévalence élevée mais un nombre limité de ST. Le profil bioclinique concorde avec les données de la littérature. Aucun mécanisme de résistance aux C3G n’a été observée parmi ces souches.

Mots cles
Klebsiella pneumoniae, hypervirulence, abcès hépatique

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats
 

Conclusion
Cette étude nous incite à lutter contre les PAVM à AB, à reconsidérer l’antibiothérapie probabiliste en néonatologie et à encourager les mesures de préventives.

Mots cles

Objectif - Introduction
La tigécycline présente une bonne stabilité face aux mécanismes de résistance associés aux cyclines. Cependant, l’évaluation de son activité reste difficile chez les entérobactérales (EB). Cette étude a pour objectif d’étudier la distribution des CMI de la tigécycline (TGC) chez des souches d’EB productrices et non productrices BLSE de et d’évaluer son activité par rapport à la tétracycline (TET).

Materiels
Il s’agit d’une étude rétrospective descriptive réalisée au sein du laboratoire de microbiologie de l’institut M.Kassab d’Orthopédie(Tunisie) entre 2018 et 2025. La distribution des CMI de la TGC a été réalisée par la méthode de microdilution par l’automate MicroscanWalkawayplus  chez des souches non redondantes d’entérobactéries sécrétrices ou non de BLSE. L’interprétation a été réalisée selon la même concentration critique de la CMI à 0.5 µg/ml pour les souches d’E. coli et selon la PK/PD pour les autres espèces. La corrélation entre la CMI de la TGC et la sécrétion de BLSE et la sensibilité à la (TET) a été réalisée par le test de Fisher.

Resultats
L’étude porte sur 1914 souches d’EB parmi lesquelles 98,27% ont une CMI à la TGC > 0,5mg/L. Ainsi, 92,05% des souches ont une CMI comprise entre ]0,5 – 1mg/l ]et 0,7% entre ]1-2 mg/l]. Seulement 5,48% des souches ont une CMI > 2mg/L. Les principales espèces retrouvées sont E.coli (n=806, 42,11%) et K.pneumoniae (n=591, 30,87%). La sécrétion d’une BLSE a concerné 18,44%(n= 353). Une corrélation significative entre la sécrétion de BLSE et une CMI > 0,5mg/L a été retrouvée parmi les souches d’EB(p = 0,0147). Aucune corrélation n’a été retrouvée après analyse par espèce. La résistance à la TET a concerné 58,62 % et 50,4% des souches d’EB ayant une CMI à la TGC >0,5mg/l et et >1mg/L respectivement.

Conclusion
L’étude de la sensibilité de la TGC chez les EB est problématique à cause des difficultés liées à la méthode d’étude et les concentrations critiques. La résistance à la TET reste insuffisante pour présager de l’activité de la tigécycline. Des études complémentaires sont nécessaires pour determiner avec certitude la sensibilité à la tigécycline.

Mots cles
Tigécycline, CMI, Entérobactérales, BLSE, Tetracycline.

Objectif - Introduction
La colistine, antibiotique de dernier recours, est utilisée dans le traitement des infections graves à entérobactérales multirésistantes. Toutefois, l’émergence de résistances acquises compromet sérieusement son efficacité. Cette étude vise à décrire l’épidémiologie des infections à entérobactérales productrices de carbapénèmases (EPC) résistantes à la colistine au CHU Mohammed VI de Marrakech et à explorer les alternatives thérapeutiques disponibles.

Materiels
Étude descriptive menée de janvier 2022 à juillet 2025 au laboratoire de microbiologie du CHU Mohammed VI. Ont été incluses toutes les infections à EPC présentant une résistance acquise à la colistine. L’identification bactérienne a été réalisée par spectrométrie de masse (MALDI-TOF). Les profils de sensibilité à la colistine ont été étudiés par microdilution, et la détection des carbapénèmases par test immunochromatographique NG-Test Carba 5.

Resultats
Un total de 168 infections à EPC résistantes à la colistine a été recensé soit une prévalence de 25% de l’ensemble des infections à EPC. Ces infections concernaient principalement des infections suppurées (45%) et des bactériémies (17%). Les services les plus touchés étaient la chirurgie plastique (33%) et la réanimation (14 %). Klebsiella pneumoniae représentait 92 % des isolats, suivie d’Escherichia coli (5 %). L’enzyme prédominante était NDM (71 %).
Ces infections présentaient des profils de co-résistance très préoccupants : imipénème (85 %), céftazidime-avibactam et céftolozane-tazobactam (99%), cotrimoxazole (96%), gentamicine (95%), fosfomycine (99%) et ciprofloxacine (98%). Seule l’amikacine a conservé une activité résiduelle (14 % de souches sensibles).

Conclusion
La résistance acquise à la colistine chez les EPC constitue une menace majeure, réduisant drastiquement les options thérapeutiques et favorisant la dissémination nosocomiale, en particulier via K. pneumoniae. La mise en place de mesures strictes de prévention, de surveillance épidémiologique et de stratégies thérapeutiques innovantes est indispensable pour contenir cette menace émergente.
 

Mots cles
Colistine – Entérobactérales productrices de carbapénèmases – Résistance bactérienne – Alternatives thérapeutiques

Objectif - Introduction
Acinetobacter baumannii résistant aux carbapénèmes est l’un des principaux pathogènes nosocomiaux à l’échelle mondiale. Il est associé à une morbi-mortalité élevée, notamment en réanimation, en raison de ses mécanismes multiples de résistance et du nombre limité d’alternatives thérapeutiques. Au Maroc, les données restent rares, en particulier dans la région de Marrakech.
L’objectif de notre étude est de décrire le profil épidémiologique, clinique et enzymatique des infections à Acinetobacter baumannii résistants aux carbapénèmes pris en charge au CHU Mohammed VI de Marrakech.

Materiels
Étude prospective menée du 1er au 31 juillet 2025. Ont été inclus les patients présentant une infection documentée à A. baumannii résistant aux carbapénèmes. L’identification bactérienne a été réalisée par spectrométrie de masse MALDI-TOF (BioMérieux Vitek® MS PRIME). Les tests de sensibilité ont été effectués par Vitek®2, et la détection des carbapénémases par test immunochromatographique Resist Acineto (Coris Bioconcept).

Resultats
Dix cas d’infections à A. baumannii résistants aux carbapénèmes ont été analysés. Les patients étaient majoritairement de sexe masculin, avec un âge moyen de 36,5 ans. La moitié des infections provenait de services de réanimation, et 30% concernaient des patients récemment hospitalisés et pris en charge en postopératoire. Les principaux sites infectieux étaient les bactériémies (30%) et les suppurations superficielles (30%).
Une résistance à l’amikacine a été observée dans 80% des cas, tandis que 70% des isolats étaient résistants aux fluoroquinolones. Aucune résistance à la colistine n’a été détectée. Les carbapénèmases retrouvées impliquaient principalement des oxacillinases (80%) : OXA-23 (40%), présente exclusivement chez des patients de réanimation chirurgicale, et OXA-40/58 (40%). Un cas d’infection impliquant une carbapénèmase de type NDM a été identifié chez un patient en cardiologie.

Conclusion
Les infections à A. baumannii résistants aux carbapénèmes représentent un défi majeur au CHU Mohammed VI, surtout en réanimation. La fréquence élevée des oxacillinases et la gravité des cas nécessitent une détection rapide, une prise en charge adaptée, ainsi qu’un renforcement des mesures de prévention et de surveillance.

Mots cles
Acinetobacter baumannii – Infections nosocomiales – Carbapénémases – Résistance bactérienne

Objectif - Introduction
Dans le cadre de la lutte contre l’antibiorésistance, la surveillance épidémiologique des bactéries résistantes aux antibiotiques dans les établissements de santé (ES) doit permettre d’orienter les actions de prévention. Dans cet objectif, nous décrivons l’épidémiologie nationale des Enterobacterales produisant une bêta-lactamase à spectre étendu (EBLSE) ou une carbapénémase (EPC) en 2024.

Materiels
Etude rétrospective dans les ES volontaires selon la méthodologie nationale harmonisée. Les données  sont recueillies à partir des laboratoires pour toute Enterobacterale isolée d’un prélèvement à visée diagnostique accompagnée d’un antibiogramme dans les services d’hospitalisation  : espèce, phénotype de résistance (BLSE ou carbapénémase), type de prélèvement, secteur d’hospitalisation. La densité d’incidence (DI) correspond au nombre de souche pour 1000 journées d’hospitalisation (JH).

Resultats
Dans les 1059 ES participant, 33176 souches d’Enterobacterales produisaient une BLSE soit 8,2% (DI=0,59). Il s’agissait principalement d’Escherichia coli (Ec, 44%), Klebsiella pneumoniae (Kp, 31%) et Enterobacter cloacae complex (Ecc, 17%). Pratiquement deux tiers des EBLSE étaient isolées des urines et 43 % en secteur de médecine.
Les 1997 souches d’EPC recensées représentaient 0,5% des souches d’Enterobacterales (DI=0,037). Les principales espèces étaient Kp (34%), Ec (24%), Ecc (19%) et Citrobacter freundii (10%). Le type de carbapénémase était précisé pour 68% des souches. Trois types représentaient plus de 90% : OXA48/48-like (60%), NDM (26%) et VIM (6%), avec des disparités de distribution selon l’espèce (34% de NDM pour Kp et 22% pour Ec). Près de la moitié des EPC étaient isolées dans les urines et 42% provenaient de secteurs de médecine.

Conclusion
La fréquence des EBLSE et des EPC dans les prélèvements à visée diagnostique est préoccupante dans les ES en 2024, avec des valeurs plus élevées qu’en 2022. Les urines en secteur de médecine représentent le réservoir majoritaire. Le type de carbapénémase, recueilli pour la première fois, illustre la part importante de NDM parmi les Kp. Ces données sont complémentaires et cohérentes avec les distributions décrites par le CNR des résistances. Cet état des lieux national permet de dégager des secteurs d’activité et des infections à prioriser pour la maîtrise de la transmission croisée et du bon usage des antibiotiques.

Mots cles
Enterobacterales, BLSE, EPC.  

Objectif - Introduction
La résistance aux antimicrobiens (RAM) chez les entérobactéries est une préoccupation croissante en Afrique subsaharienne, mais les données restent limitées pour l'Afrique centrale, malgré un contexte propice à sa diffusion. 

Materiels
Nous avons réalisé une revue systématique de la littérature (2008 à 2024) et une méta-analyse, dans le but d’estimer la prévalence des entérobactéries productrices de ß-lactamases à spectre étendu (EBLSE) et la fréquence de la résistance aux antimicrobiens dans neuf pays d'Afrique centrale. La stratégie de recherche systématique et l'évaluation du risque de biais ont suivi les directives PRISMA [image]. La prévalence ou les fréquences et les intervalles de confiance à 95 % ont été estimés à l'aide d'un méta-modèle à effets aléatoires avec la méthode de Der Simonian et Laird. L’hétérogénéité a été caractérisée par le paramètre τ² et quantifiée par la méthode du I².
 

Resultats
Nous avons trouvé une prévalence groupée d’EBLSE de 22 % (41 % en portage sur 11 articles et 10 % dans les échantillons cliniques sur 14 articles) [image]. Pour les 26 articles sélectionnés évaluant la fréquence de la RAM, elle est élevée pour le cotrimoxazole (63-81%), l'amoxicilline/acide clavulanique (43-63%), la ciprofloxacine (24-33%), et reste plus faible pour la nitrofurantoïne (12-18%) et l'amikacine (13-19%). Il n’y a quasiment aucune donnée pour les antibiotiques de la catégorie « Reserve » de l'OMS, y compris pour les carbapénèmes, les nouveaux inhibiteurs de β-lactamines/β-lactamases et la fosfomycine. L'hétérogénéité significative et le taux d'exclusion élevé dû au risque de biais reflètent les limitations majeures en termes de diagnostic microbiologique dans la région

Conclusion
La prévalence élevée de la RAM en Afrique centrale souligne la nécessité urgente de renforcer les capacités en microbiologie et de restreindre les antibiothérapies probabilistes, tout en assurant un accès effectif aux antibiotiques de première ligne. En l'absence d'investissements coordonnés, de régulation du marché informel du médicament, et de stratégies pérennes d'assainissement, d'hygiène, et de prévention et contrôle des infections, la maîtrise de la RAM sera compromise à l’échelle régionale.

Mots cles
ß-lactamase à Spectre Etendu, Antibiorésistance, Afrique centrale, Méta-analyse
 

Diagramme en flux de la sélection des articles selon les directives PRISMA 2020

Forest plot représentant les prévalences groupées des BLSE, dans les échantillons cliniques et en portage, toutes espèces d'entérobactéries confondues

Objectif - Introduction
Stenotrophomonasmaltophilia est un pathogène nosocomial émergent, surtout chez les patients immunodéprimés, associé à une morbidité et une mortalité notable. Ses résistances naturelles aux carbapénemes, aminosides, colistine, fosfomycine et tétracycline réduisent largement les options thérapeutiques. Cette étude visait à décrire l’épidémiologie des souches de S. maltophilia isolées en réanimation des brûlés et d’évaluer leurs profils de résistance aux antibiotiques.

 

Materiels
Nous avons mené une étude rétrospective de six ans (2019-2024) sur toutes les souches de                    S. maltophilia isolées au service de réanimation des brûlés au Centre de Traumatologie et des Grands Brûlés Ben Arous. L’identification bactérienne s’est faite par des méthodes conventionnelles. L’antibiogramme a été effectué et interprété selon les recommandations du CA-SFM/EUCAST, annuellement révisées. La sensibilité aux antibiotiques a été évaluée par la détermination de la CMI pour la ticarcilline-acide clavulanique (TCC) et la ceftazidime, et par la méthode des disques pour la lévofloxacine, la minocycline et le triméthoprime-sulfaméthoxazole.

Resultats
Au total, 83 souches de S. maltophilia ont été isolées. 11 patients ont présenté des souches de S. maltophilia dans au moins deux sites différents. Les souches ont été isolées essentiellement dans les cathéters (43,4%), les hémocultures (25,3%), les prélèvements trachéaux protégés (15,7%) et les prélèvements cutanés (12%). L’étude de sensibilité aux antibiotiques a montré que 8,1% des souches étaient résistantes au sulfaméthoxazole-triméthoprime. Toutes les souches étaient sensibles à la minocycline et à la lévofloxacine. Parmi les 11 souches testées pour TCC, une seule souche était résistante. Parmi les neuf souches testées pour ceftazidime, quatre souches étaient résistantes.

Conclusion
L’isolement de S. maltophilia chez une population fortement immunodéprimée que sont les patients brûlés, particulièrement dans des hémocultures et des prélèvements respiratoires est préoccupant. L’acquisition de résistances aux antibiotiques, limite les options thérapeutiques, déjà très restreintes, à la triméthoprime-sulfaméthoxazole, lévofloxacine et ceftazidime sur ce germe naturellement multi-résistant.

Mots cles
Antibiorésistance, épidémiologie, infections nosocomiales, Stenotrophomonas maltophilia.

Objectif - Introduction
Les infections du tractus urinaire (ITUs) du sujet âgé constituent une cause importante de mortalité. Cependant, les prescriptions d'antibiotiques pour les ITUs cliniquement suspectes sont souvent inappropriées. L’objectif de l’étude était de déterminer le profil bactériologique et les antibiotypes des ITUs du sujet âgé. 

Materiels
Il s’agit d’une étude transversale menée au service de biologie médicale du CHU d’Angré de 2021 à 2022. Les patients de plus de 65 ans provenant du service de médecine interne et gériatrie chez qui un ECBU a été réalisé, ont été inclus. L’identification bactérienne et l’antibiogramme ont été réalisés selon les méthodes bactériologiques standards et l’automate VITEKMD2 Compact®. La résistance bactérienne a été évaluée par le calcul du score MARI (indice de résistance multiple aux antibiotiques) selon Krumperman. C’est le rapport entre le nombre d'antibiotiques auxquels un organisme est résistant et le nombre total d'antibiotiques auxquels l'organisme est exposé.

Resultats
La prévalence des ITUs bactériennes était de 33,92% (77/227). La moyenne d’âge était de 70,93 ans, avec une prédominance masculine 59,74% (46/77). Les espèces majoritaires étaient Escherichia coli 57,14% (44/77), Klebsiella pneumoniae 16,88% (13/77), et Pseudomonas aeruginosa 7,79% (6/77). Les souches d’entérobactéries produisaient une beta lactamase à spectre étendu (E-BLSE) dans 47,87% (33/69) des cas. Elles étaient résistantes aux carbapénèmes dans 5,79 % (4/69). Les souches E-BLSE étaient résistantes à la gentamycine (66,67%) et à l’amikacine (12,12%). La résistance globale de souches d’entérobactéries résistantes aux fluoroquinolones (FQR) était de 76,81% (53/69) avec 69,56% pour la ciprofloxacine. Les souches FQR (73,33%) présentaient un score MARI élevé >0,2 (0,33-1). L’association E-BLSE et FQR représentait 96,96%. 

Conclusion
La fréquence élevée d’uropathogènes résistants aux antibiotiques dans les ITUs du sujet âgé complique leur prise en charge. Une attention particulière devrait être accordée à la limitation de la consommation d’antibiotiques surtout dans la communauté. 

Mots cles
Infection urinaire – Sujet âgé – Bactéries multirésistantes – Abidjan

Objectif - Introduction
La surveillance de l'antibiorésistance et des infections associées aux soins (IAS) est essentielle pour formuler des stratégies préventives. Nous avons cherché à déterminer les différences d’incidence au sein d’un grand consortium d’hôpitaux en les ajustant sur des données patients (case-mix).

Materiels
Nous avons mené une étude rétrospective et multicentrique à partir des données de l'Entrepôt de données de Santé (EDS) de l’Assistance publique Hôpitaux de Paris (APHP), couplées aux données bactériologiques des laboratoires. Tous les patients adultes ayant eu une bactériémie en 2023 dans 3 groupements hospitalo-universitaires de l’APHP ont été inclus. Les hémocultures positives considérées comme des contaminations ont été éliminées après examen des dossiers cliniques. Des indicateurs de surveillance ont été calculés selon trois scores préexistants. Les facteurs individuels associés aux IAS ont été étudiés à l'aide d'une régression logistique multivariée.

Resultats
Au total, 6 016 hémocultures concernant 4 239 sujets ont été inclues. L’âge moyen est de 61,5 ans (SD : 17,7), majoritairement des hommes (60,3 %). 940 (15,6 %) hémocultures concernaient des infections communautaires. Les bactéries les plus fréquemment trouvées étaient : E. coli (n = 750, 12,5 %), S. epidermidis (n = 712, 11,8 %) et S. aureus (n = 467, 7,8 %). Les données sur la résistance montrent une prévalence du SARM de 9,0 % (42/467) et une prévalence de K. pneumoniae résistant aux carbapénèmes de 1,9 % (8/419), significativement inférieures aux données européennes ECDC 2021. Les principaux facteurs cliniques individuels associés à la survenue d'une IAS sont l'admission en soins intensifs, le nombre de cathéters et le fait d'avoir été greffé de moelle. Les résultats préliminaires montrent que les scores sont équivalents et retrouvent des disparités entre hôpitaux, persistantes après ajustement sur les données cliniques individuelles.

Conclusion
Les données bactériologiques des laboratoires couplées aux données d’un entrepôt de données de santé permettent d'améliorer la compréhension des données, jusqu'à présent présentées sous forme d'indicateurs agrégés ne tenant pas compte des caractéristiques des sujets. Cette approche prometteuse est appliquée pour la première fois à l'APHP.

Mots cles
Prévention des infections, Infections nosocomiales, Bactériémies associées aux cathéters centraux (CLABSI), Antibiorésistance

Objectif - Introduction
L’e?mergence et la dissémination des ente?robacte?ries résistantes aux carbapénèmes (ERC) constituent actuellement une pre?occupation majeure dans le Sud-Ouest de l’oce?an Indien (SOOI), carrefour migratoire entre l’Afrique australe et le sous-continent Indien. L’objectif de ce travail était d’analyser l’épidémiologie des ERC dans le SOOI afin de mieux comprendre leur dynamique de propagation et leurs profils de résistance.

Materiels
Les isolats d’ERC dans les îles du SOOI (Comores, Réunion, Madagascar, Maurice, Seychelles) ont été collectés entre mars-2022 et décembre-2024. Chaque isolat était identifié par spectrométrie de masse (MALDI-TOF), et confirmé comme résistant à au moins un carbapénème. L’évaluation de la sensibilité aux antibiotique (CMI) a été réalisée par diffusion en milieu gélosé ou par microdilution.

Resultats
249 isolats d’ERC ont été collectés a? La Re?union (n=80), Madagascar (n=30), Maurice (n=64), Mayotte (n=56) et Seychelles (n=19), dont 193 produisaient une carbapénèmase. Les principales espe?ces retrouve?es e?taient K. pneumoniae complex (40%), Escherichia coli (36%), Citrobacter freundii (8%) et Enterobacter cloacae complex (8%). L’enzyme de type NDM e?tait prédominante (57%), suivie des OXA-181 (25%) et des associations NDM + OXA-181 (14%). Le pourcentage de sensibilite? de ces isolats a? des antibiotiques d’inte?re?t était : fosfomycine (86%), colistine (82%), tige?cycline (78%), ce?fide?rocol (47%), aztre?onam/avibactam pour les NDM (90%) et ceftazidime/avibactam pour OXA-181 (90%). La distribution des espèces et des mécanismes de résistance variait selon l’origine géographique, avec une prédominance d’E. coli NDM-5 ST167/ST648 provenant de l’Ouest et de K. pneumoniae NDM-1/OXA-181 ST15/ST16/ST147 de l’Est.

Conclusion
Les ERC circulant dans le SOOI présentent une forte prévalence de carbapénèmases (77%), dominée par NDM. La multirésistance observée limite les options thérapeutiques, mais certains antibiotiques, notamment l’association aztréonam/avibactam, ainsi que la fosfomycine et la colistine, restent de bonnes alternatives (efficacité >80%), notamment pour le traitement empirique après identification du type de carbapénèmase. Ces résultats soulignent l’urgence de renforcer la surveillance régionale moléculaire (investigation en cours) et l’optimisation de l’usage des antibiotiques.

Mots cles
Entérobactéries ; résistance ; carbapénèmes ; Sud-Ouest Océan Indien ; NDM

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Infections invasives-Pédiatrie-Enterobacteriales-Multi résistance

Objectif - Introduction
Les infections invasives à bactéries multirésistantes (BMR) sont devenues un vrai problème de santé publique partout dans le monde. Elles sont particulièrement graves en unité de néonatologie vu la fragilité du terrain.
Cette étude vise à étudier les caractéristiques épidémio-cliniques des infections néonatales invasives à BMR dans le service de néonatologie de Sfax et de dégager les facteurs de risque associés à la mortalité.

Materiels
Il s’agit d’une étude rétrospective, descriptive et analytique réalisée sur une période de 10 ans (janvier 2013 à décembre 2022). Le diagnostic d'infection à BMR a été confirmé par des signes cliniques et/ou biologiques évocateurs d'infection associés à un prélèvement central positif (hémoculture (HC) et/ou liquide cérébro-spinal (LCS)).

Resultats
Parmi les 14630 nouveaux-nés hospitalisés, 135 cas d’infection invasive à BMR ont été recensés, soit une incidence globale de 9,2 cas pour 1000 hospitalisations. Nous avons noté des pics épidémiques en 2016 et en 2022. Les prématurés représentaient 87% des cas. Les principaux signes d’appel étaient la détresse respiratoire (55,6%) et le changement du teint (25%). L’espèce bactérienne la plus incriminée était Klebsiella pneumoniae (71,1%). Environ 40% des nouveaux-nés avaient nécessité une ventilation mécanique avant la déclaration de l’infection et 94,8% avaient un cathéter ombilical. Le taux de mortalité était de 52,6. En analyse multivariée, le seul facteur associé indépendamment à une mortalité par infection invasive à BMR était la menace d’accouchement prématuré : p=0,047 ; OR = 35,252 ; IC (1,053 – 1180,175) quelle que soit l’influence d’autres facteurs (terme, poids de naissance, morbidités associées...).

Conclusion
En néonatologie, les infections invasives à BMR sont particulièrement graves, associées à une morbi-mortalité élevée. Ainsi, la surveillance continue des résistances aux antibiotiques constitue une préoccupation majeure. La mise en place d’un programme national de gestion des antibiotiques sera nécessaire pour mieux gérer ce problème.

Mots cles
infection invasive, néonatologie, bactéries multirésistantes

Objectif - Introduction
Les BGN non fermentaires, agents opportunistes fréquents des infections respiratoires pédiatriques, présentent souvent une multirésistance limitant les options thérapeutiques. Cette étude vise à décrire leur profil épidémiologique et leur antibiorésistance dans un CHU tunisien

Materiels
Étude rétrospective, portant sur toutes les BGNNF isolées à partir des prélèvements dans les 5 dernières années et les 6 derniers mois. L’identification bactérienne a été effectuée par les techniques conventionnelles et l’étude de la sensibilité aux antibiotiques selon les recommandations du CASFM-EUCAST de l’année en cours

Resultats
La prévalence des BGN-NF des isolats respiratoires pédiatriques était de 22% (n=361), dominés par Pseudomonas aeruginosa (80,3%), suivi de Stenotrophomonas maltophilia (13%), Acinetobacter sp (2,5%), Achromobacter sp (2,5%) et Chryseobacterium sp (1,7%).
Parmi les P. aeruginosa, 12% étaient BMR (4% PARC, 8% PARI). Les résistances observées concernaient les bêta-lactamines (ticarcilline 27%, pipéracilline 27,5%, pipéracilline-tazobactam 23,4%, ceftazidime 14%, imipénème 22%), les aminosides (tobramycine 6%, amikacine 4,5%) et les fluoroquinolones (ciprofloxacine 13,5%, lévofloxacine 25%). Deux souches seulement étaient résistantes à la colistine.
Parmi les Acinetobacter, 7 isolats étaient multirésistants (ABRI).
Les résistances au cotrimoxazole étaient de 28,3% pour S. maltophilia, 33,3% pour Achromobacter sp et 16,6% pour Chryseobacterium sp. Toutes les souches d’Achromobacter étaient résistantes à la pipéracilline-tazobactam et 56% au méropénème. La résistance à la lévofloxacine était de 16% pour S. maltophilia et absente chez Chryseobacterium.
Comparativement aux isolats respiratoires pédiatriques, 43 souches de S. maltophilia, Achromobacter sp et Chryseobacterium sp ont été retrouvées dans d’autres services principalement les services de réanimation

Conclusion
Les BGN non fermentaires multirésistants représentent une menace émergente en pédiatrie, imposant une vigilance accrue et une adaptation thérapeutique raisonnée

Mots cles
BGNNF, Pédiatrie, prélèvements respiratoires, multirésistants

Objectif - Introduction
L'observatoire des résistances du Collège de Bactériologie, Virologie, Hygiène des hôpitaux (Col.BVH) vise à surveiller les principales espèces responsables de bactériémies et à suivre l’évolution de la résistance des bactéries isolées d’hémocultures dans les hôpitaux non universitaires français.

Materiels
Étude multicentrique menée dans les centres hospitaliers généraux volontaires du réseau Col.BVH. Chaque mois de novembre, les données sur les espèces bactériennes, leur résistance et l’origine des épisodes de bactériémies cliniquement significatifs sont collectées et centralisées dans une base de données commune.

Resultats
Entre 2021 et 2024, 1?616 à 2?395 souches provenant d’une quarantaine de centres hospitaliers ont été analysées. La distribution des espèces est restée stable au cours de la période : Escherichia coli (29–34?%), Staphylococcus aureus (12–15?%), staphylocoques non-aureus (6–10?%), Klebsiella pneumoniae (6–7?%), entérocoques (6–7?%) et Pseudomonas aeruginosa (3–4?%).
La résistance d’E. coli au céfotaxime (CTX) est restée stable (8,4–9,3?%), sans variation notable du pourcentage de souches productrices de BLSE (7,3–8,2?%). Le pourcentage de BLSE chez K. pneumoniae variait de 16 à 23?%. La résistance d’E. coli à la ciprofloxacine est constante autour de 10?%. Les souches nosocomiales d’entérobactérales étaient plus souvent productrices de BLSE (10–14?%) que les souches communautaires (6–8?%).
Chez P. aeruginosa, la résistance maximale observée était de 10?%, avec en 2024 des taux de résistance de 9,5?% à la pipéracilline-tazobactam, 8,3?% à la ceftazidime, 10?% à l’imipénème, 1,2?% à l’amikacine et 7,1?% à la ciprofloxacine. La résistance de S. aureus à la méticilline est passée de 8?% en 2021 à 16?% en 2024.
 

Conclusion
La résistance d’E.coli et de K.pneumoniae au CTX et à la CIP semble rester stable ces 4 dernières années mais le % de BLSE demeure élevé en particulier pour K.pneumoniae. Pour P.aeruginosa, la résistance est stable sur les 4 années à son niveau le plus bas depuis le début de la surveillance (2000). Concernant les bactériémies à SARM, la méticillinorésistance est variable d’une année sur l’autre mais fréquemment supérieure à 10% alors que la cible des programmes de lutte contre l’antibiorésistance est <10%. Il sera intéressant de suivre cette évolution dans les années à venir.

Mots cles
bactériémies, résistance, épidémiologie

Objectif - Introduction
Les infections à E.coli producteurs de BLSE posent fréquemment un problème de prise en charge thérapeutique. Le suivi de la résistance aux antibiotiques de ces souches est donc un enjeu majeur, en particulier dans les infections urinaires qui regroupent la majorité de ces souches. L’objectif de cet observatoire est de suivre l’incidence des E.coli BLSE et les résistances associées en fonction des caractéristiques démographiques des patients dans le Nord et le Pas de Calais.

Materiels
Etude rétrospective s'intéressant aux souches d’E.coli BLSE dédoublonnées isolées de prélèvements à visée diagnostique réalisés dans 1 CHU et 15 CHG depuis 2005. La sensibilité aux antibiotiques était déterminée selon le CA-SFM en vigueur.

Resultats
Les données collectées concernaient de 23438 à 38730 souches d’E.coli suivant les années. La prévalence des souches BLSE au sein de l’espèce a connu une augmentation jusqu’en 2016 (6.33 %) pour se stabiliser aux alentours de 5 % depuis 2018 avec un nouveau pic à 5.66 % en 2022. L’incidence suit également la même tendance avec 2 pics en 2016 (0.70/1000 journées d’hospitalisation) et 2022 (0.68/1000 JH) au sein des services de court séjour. En 2024, la prévalence est de 5.2% et l’incidence à 0.59 /1000 JH.
La majorité des souches isolées provenait de prélèvements urinaires (78 %), les bactériémies représentent 10% des épisodes.
En 2024, au sein de la population féminine, aucune des 763 souches isolées d’urine n’a été identifiée comme résistante aux 3 principaux antibiotiques utilisés dans les cystites (fosfomycine, nitrofurantoïne, mécillinam). 2 souches (0.3 %) ont été identifiées résistantes mécillinam + furanes et 3 souches (0.4 %) résistantes mécillinam + fosfomycine.
Dans la population masculine, la résistance à la ciprofloxacine et au cotrimoxazole était de 36.6 %. Si l’on considère les molécules suivantes (ciprofloxacine, cotrimoxazole, pipéracilline/tazobactam, témocilline) la résistance à l’ensemble de ces molécules atteint 6 %.

Conclusion
La prévalence et l’incidence des E.coli BSLE se stabilisent dans la région après une augmentation jusqu’en 2016, l’incidence reste cependant élevée. Le suivi des résistances associées permet de documenter les traitements alternatifs aux carbapènémes et de confirmer la faible résistance aux molécules de 1ère intention dans la prise en charge des cystites.

Mots cles
épidémiologie, Escherichia coli, urines, prévalence, incidence, sexe

Objectif - Introduction
Les entérobactéries constituent l’une des principales causes de bactériémies en milieu hospitalier, responsables d’une morbi-mortalité importante et associées à l’émergence croissante de souches multirésistantes. La surveillance de leur distribution et de leurs profils de résistance demeure essentielle pour guider la thérapeutique et prévenir les complications infectieuses. 
Décrire l’épidémiologie et les profils de résistance des entérobactéries isolées de bactériémies au CHU La Rabta.

 

Materiels
Une étude rétrospective descriptive a été menée à partir des hémocultures positives recueillies entre janvier 2024 et juillet 2025. L’identification bactérienne a été réalisée selon les recommandations du REMIC et l’antibiogramme interprété conformément au CASFM.
 

Resultats
Parmi les 4901 hémocultures, 1165 se sont révélées positive, dont 26% à entérobactéries. Klebsiella pneumoniae était l’espèce la plus fréquente 121 (41 %), suivie de Escherichia coli 50 (17 %) et Enterobacter cloacae 37 (12 %). La majorité des cas provenait des services de médecine (31 %) et de réanimation (30 %) avec une prédominance de K. pneumoniae en réanimation (40 %).
Chez K. pneumoniae, la résistance aux céphalosporines a atteint 65 %, tandis que chez E. coli, elle était de 41 % pour les C3G et de 25 % pour les C4G. La résistance aux carbapénèmes était de 29 % pour K. pneumoniae et 6 % pour E. coli. Les résistances aux aminosides variaient de 20 à 49 % selon l’espèce et celles aux fluoroquinolones de 22 à 62 %.
L’analyse temporelle (2015–2024) a montré une progression alarmante. Pour K. pneumoniae, la résistance aux carbapénèmes est passée de 3 % en 2015 à 29 % en 2024, avec un pic à 35 % en 2023. Les résistances aux céphalosporines restaient élevées (C3G : 79 % en 2015 vs 65 % en 2024 ). Chez E. coli, les résistances a aux carbapénèmessont passées de 2,7 % à 8 % sur la même période. Enfin, la résistance à la colistine a été retrouvée chez 23 % des isolats de K.pneumoniae multirésistants, mais aucun cas n’a été identifié chez E. coli.


 

Conclusion
Cette étude met en évidence la forte prévalence de souches multirésistantes, dominées par K. pneumoniae, et la progression continue des résistances, notamment aux carbapénèmes. Ces constats appellent à renforcer la surveillance et à adapter les protocoles d’antibiothérapie empirique

Mots cles
Entérobactéries, bactériémies, résistance aux antibiotiques
 

Objectif - Introduction
La prise en charge des bactériémies constitue un défi majeur, particulièrement chez les patients immunodéprimés comme les grands brûlés.
Notre objectif est d’étudier le profil bactériologique et la sensibilité aux antibiotiques des bactéries isolées dans les hémocultures réalisées au service de réanimation des brûlés.

 

Materiels
Étude descriptive rétrospective, réalisée au laboratoire de biologie du Centre de Traumatologie et des Grands Brulés et portant sur toutes les souches isolées dans les hémocultures positives provenant du service de réanimation des brûlés entre 2020 et 2024. L'automate BD Bactec™ FX a été utilisé pour la mise en culture et l'identification bactérienne a été faite selon les méthodes conventionnelles. L’étude de la sensibilité aux antibiotiques a été réalisée et interprétée selon les normes du CA-SFM, annuellement révisées.

Resultats
Les bactériémies représentaient 29,5 % de l’ensemble des infections observées en réanimation des brûlés. Sur un total de 1800 souches bactériennes isolées, les principales espèces étaient Klebsiella pneumoniae (9,7%), Staphylococcus epidermidis (8,9%), Acinetobacter baumannii (8,9%), Pseudomonas aeruginosa (6,8 %), Providencia stuartii (6,5%) et Staphylococcus aureus (6,1%).
Concernant K. pneumoniae, les taux de résistance étaient de 80,1% à la céfotaxime, 53% à l’ertapénème, 81,7 % à la ciprofloxacine et 76,6 % à la gentamicine. La prévalence de bêta lactamase à spectre étendu a diminué de 29,3 % en 2020 à 20,7 % en 2024. Vingt-six souches étaient résistantes à la tigécycline et 5 à la colistine.
La méticillino-résistance était plus fréquente chez S.epidermidis (54,8 %) que chez S.aureus (27,9 %), avec des fluctuations pour ce dernier (16,7 % à 41,2 %) sur 2020-2024. Aucune résistance aux glycopeptides ni à la tigécycline n’a été détectée chez Staphylococcus spp. 
A. baumannii et P. aeruginosa présentaient des taux de résistance de 92,7 % et 59,7 % à la ceftazidime, 89,5 % et 69,9 % à l’imipénème, et 82,8 % et 70,4 % à l’amikacine, respectivement. Une seule souche d'A. baumannii était résistante à la colistine, tandis que toutes les souches de P. aeruginosa y étaient sensibles.

Conclusion
Notre étude a montré une multirésistance aux antibiotiques chez les patients de réanimation des brûlés, imposant une surveillance épidémiologique régulière et l'application stricte des mesures d'hygiène.

Mots cles
Bactériémies –Résistance -Réanimation –Grands brûlés

Objectif - Introduction
L’émergence et la progression des résistances aux antibiotiques ont fait du bon usage un élément clé de la prise en charge des patients. Les patients hémodialysés représentent une population immunodéprimée, au diagnostic complexe, souvent porteurs d’un abord vasculaire chronique et exposés à des germes résistants. La prescription d’une antibiothérapie prend en compte les spécificités de la dialyse, et s’appuie sur l’épidémiologie bactérienne locale.

Materiels
Etude rétrospective, descriptive, réalisée sur les centres de l’ALURAD, le CHU de Limoges, le CH de Brive, du 1e janvier 2022 au 31 décembre 2023. Toutes les hémocultures positives chez des patients hémodialysés sur cette période ont été recueillies. Les caractéristiques de la population, dont les comorbidités, les antibiothérapies probabilistes, les accès vasculaires et les informations sur la dialyse ont été répertoriés. 

Resultats
Nous avons inclus 103 événements de 61 patients au total. La population est représentée par une majorité d’hommes, âgé de 68 ans (+/- 5 ans), diabétique insulinodépendants, avec un événement vasculaire. L’écologie bactérienne était de 54% des bacilles gram négatif, dont 43 % d’entérobactéries, 6 % de Pseudomonas aeruginosa. 46% des germes étaient des cocci gram positif, dont 18 % de staphylococcus aureus et 15 % de Staphylocoque coagulase négative. 74 % étaient sensibles à la méticilline. Seul 6% de staphylococcus aureus résistant à la méticilline ont été retrouvés. 44 % de l’antibiothérapie probabiliste ciblait les bacilles gram négatif et 37 % ciblait les cocci gram positif. L’antibiotique majoritairement utilisé était la VANCOMYCINE, puis la PIPERACIILINE-TAZOBACTAM, suivi de la GENTAMYCINE et de la CEFTRIAXONE. Selon notre analyse, statistique, les entérobactéries ont tendance à arriver plus tardivement après le début d’hémodialyse par rapport aux autres germes.

Conclusion
D’après ces différents résultats, nous avons établi un protocole d’antibiothérapie probabiliste, selon la gravité du patient et la durée d’hémodialyse, afin d’assurer le bon usage antibiotique dans nos établissements.

Mots cles
Bon usage antibiotique
bactériémies
hémodialyse
écologie bactérienne
étude descriptive rétrospective multicentrique
protocole thérapeutique

Objectif - Introduction
Depuis 1988, le Collège de bactériologie, virologie, hygiène (COLBVH) coordonne un observatoire des méningites basé sur un recueil prospectif et volontaire par les biologistes hospitaliers via un module en ligne. En 2024, il est apparu intéressant de faire un focus sur les infections nosocomiales, ce versant de la base de données n'ayant jamais été exploité.

Materiels
La base de données en ligne permet de collecter les informations suivantes : l’agent infectieux, la date du prélèvement, le sexe, l’âge du patient, les résultats de cytochimie, la technique d’identification, la sensibilité à la méticilline (pour les staphylocoques), le contexte clinique, ainsi que la classification des méningites (communautaire ou nosocomiale). 

Resultats
Entre 2018 et 2024, 3465 cas de méningites ont été enregistrés, dont seulement 54 qualifiés de nosocomiaux.
En 2024, une analyse spécifique de ces cas a été réalisée. Sur les 1110 cas documentés cette année-là, 287 étaient d’origine bactérienne (25,8 %), 819 virale (73,8 %), 4 fongiques ou parasitaires, et 21 (1,9 %) nosocomiaux, ce qui représente 7,3 % des cas de méningites bactériennes. 
Les patients touchés par les méningites nosocomiales présentent un profil d’âge différent de celui des cas communautaires: 2 nouveaux-nés prématurés, 9 patients nés entre 1940-1960 et 10 entre 1961-1980. Sur ces 21 cas,
2 ont été diagnostiqués en néonatalogie, 12 après une intervention de neurochirurgie, 5 chez des porteurs de dérivation sans chirurgie récente, et 1 après une infiltration. 
Les agents pathogènes identifiés incluent : 9 Staphylococcus aureus, 3 E.coli, 2 Enterobacter sp., et d'autres espèces rares telles que Raoultella sp., Pasteurella multocida ou Pseudomonas aeruginosa. L’identification a été réalisée majoritairement par culture, un seul cas a été identifié par séquençage ARN 16S. Les techniques syndromiques de biologie moléculaire n’ont pas été utilisées car les panels ne sont pas adaptés à ce contexte. 

Conclusion
Cette surveillance révèle une prédominance de S. aureus, mais aussi des espèces plus inattendues. La présence de nouveau-nés parmi les cas liés aux soins est notable. Le maintien de ce suivi annuel est jugé essentiel pour une meilleure compréhension épidémiologique des méningites nosocomiales. 

 

Mots cles
méningite, nosocomial, épidemiologie

Objectif - Introduction
Les infections urinaires (IU) requièrent un diagnostic adéquat ainsi qu'un traitement antibiotique optimal. Le traitement empirique est fondé sur les données épidémiologiques locales, la gravité du tableau clinique et les facteurs de risque d’isolement des bactéries multirésistantes (BMR) chez le patient. L’objectif de notre étude est de déterminer les facteurs associés à l'isolement des BMR au cours des IU

Materiels
Il s'agit d'une étude rétrospective réalisée au service des Maladies Infectieuses et au laboratoire de microbiologie (2012 - 2023), portant sur les patients hospitalisés pour IU. Les classes de BMR étudiées dans notre travail sont : les entérobactéries productrices de Bétalactamse à spectre étendu (BLSE), les céphalosporinase hyperproduite (CHP) et les carbapénèmases.

Resultats
Au total, 336 patients étaient inclus dans l’étude. L’âge moyen était de 55,3 ± 18,8 ans. Une prédominance féminine était notée (n = 226, 67,3%). Cent soixante-dix-neuf patients (53,2%) ont eu au moins un antécédent d’IU. Cent treize patients (9,3%) ont été hospitalisés dans l’année précédant l’admission au service. Une prise d’antibiotique dans les 6 mois précédents était notée chez 94 patients (28%). Une BMR était identifiée dans 159 cas (47,3%). En analyse univariée, les facteurs associés à l’isolement de BMR étaient : l’âge ≥ 56 ans, la présence d’une néoplasie évolutive, la ménopause, les antécédents d’IU, l’hospitalisation durant la dernière année, l’hospitalisation en milieu de réanimation durant la dernière année et la prise d’antibiotiques durant les six derniers mois. Après régression logistique, les deux facteurs de risque indépendants d’IU à BMR étaient la ménopause (p=0,048, [1,008-5,036]) et la prise d’antibiotiques durant les six derniers mois (p=0,022, [1,139-5,505]).
 

Conclusion
Notre étude a montré que la ménopause et la prise d’antibiotiques durant les six derniers mois étaient associés à un risque d’IU à BMR. La prise d’antibiotique dans les six mois précédent l’IU était indépendamment associée à un risque de sélection de BMR, ce qui souligne l’importance de promouvoir des stratégies de restriction de mésusage des antibiotiques en milieu communautaire.

Mots cles
bactéries multirésistantes, infection urinaire, antibiorésistance

Objectif - Introduction
La Shigellose représente un problème majeur de santé publique, particulièrement dans les pays à revenu faible. En Tunisie, la shigellose sévissait selon le mode sporadique toutefois ces dernières années elle est devenue endémique avec des poussées épidémiques
Notre objectif est d’étudier les caractéristiques épidémiologiques et microbiologique des souches de Shigella isolées au laboratoire de microbiologie du CHU Habib Bourguiba de Sfax (Tunisie)

Materiels
Etude rétrospective menée sur 3 ans (2022-2024), qui a concerné les souches de Shigella isolées à Sfax. L’étude de la sensibilité aux antibiotiques a été déterminée par méthode des disques selon les normes du CA-SFM. Les CMI de l’amoxicilline-acide clavulanique (AMC), ceftriaxone (CRO), azithromycine (AZM) et ciprofloxacine (CIP) ont été déterminées par Etest. Les gènes blaCTX-M-15, qnrS, sul1/2, dfrA et mphA ont été recherchés par PCR. Le séquençage du génome entier a été réalisé sur un échantillon de 24 souches de S. sonnei

Resultats


Conclusion
L’augmentation progressive du nombre de souches de Shigella à Sfax ainsi que l’émergence de souches multirésistantes souligne l’importance d’une surveillance épidémiologique continue. Une utilisation raisonnée des antibiotiques ainsi que des stratégies de contrôle sont indispensables pour limiter la transmission des souches
 

Mots cles
Shigella/Antibiotique/PCR/Epidémiologie

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion
Les seuils proposés ont permis de catégoriser les isolats de Campylobacter spp. L’analyse génomique est en faveur d’une origine multifactorielle de la résistance aux carbapénèmes, impliquant altération de la perméabilité membranaire, efflux actif et expression différentielle de gènes. De plus, les mécanismes diffèrent entre C. coli et C. jejuni, reflétant une diversité génétique et adaptative propre à chaque espèce.

Mots cles
Campylobacter, carbapénèmes, résistance, génétique

Objectif - Introduction
La résistance bactérienne aux antibiotiques constitue un enjeu de santé publique mondial, affectant aussi les pays d’Afrique de l’Ouest. E. coli, agent pathogène impliqué dans les diarrhées, est  un acteur majeur des infections et un réservoir de gènes de résistance aux antibiotiques  comme les carbapénèmes. L’objectif était de caractériser les souches d’E. coli.

Materiels
L’étude a porté sur 98 isolats cliniques d’E. coli isolés d’échantillons de selles d’adultes et adolescents au CHU de Point G (Mali). Les analyses ont inclus la recherche des gènes de virulence caractéristiques des souches diarrhéiques, l’identification de gènes de résistance à plusieurs classes d’antibiotiques (bêta-lactamines, carbapénèmes, fluoroquinolones, aminosides, tétracyclines et les phénicolés) ainsi que la détection des intégrons (classes I, II, III). 

Resultats
Parmi les 84 souches de E. coli diarrhéiques identifiées, 85,7?% présentaient au moins un gène de virulence dont 50 % présentaient une mono-infection, dominée par les souches EPEC (21,43 %), EAEC (20,23 %) et ETEC (8,33 %). L’autre moitié était des infections mixtes, avec EAEC–EPEC (27,38 %), EPEC–ETEC (9,52 %), EAEC–ETEC (3,57 %) et EAEC–EPEC–ETEC (9,52 %). En termes de résistance, 94,9?% des isolats possédaient au moins un gène de résistance dont 50?% étaient multirésistants. Les familles d’antibiotiques touchées étaient les Bêta-lactamines (77,55 %) avec les gènes blaTEM (48,98 %) et blaCTXM (35,71 %), les fluoroquinolones avec (66,33 %) pour le gène qnrS1, les aminosides avec le gène aphA3 (45,92 %), les tétracyclines, tetA (22,45 %) et les phénicolés, catA1 (10,2 %). La présence notable de gènes de carbapénèmes, IMP (23,47 %) et NDM (16,33 %) est particulièrement préoccupante car ce sont des molécules utilisées en dernier recours. Les intégrons de classe II étaient significativement associés à la multirésistance (p = 0,011).

Conclusion
La forte prévalence des souches diarrhéiques multirésistantes d’E. coli dans cette étude illustre le risque sanitaire. La détection du gène NDM, encore rapportée au Mali, constitue un signal préoccupant nécessitant une réponse urgente. Une surveillance renforcée, ainsi que des études moléculaires approfondies, sont indispensables pour anticiper et contenir la dissémination de telles résistances.

Mots cles
E. coli diarrhéique, Multirésistance, Carbapénèmes, Intégrons, Mali.

Objectif - Introduction
The emergence and global expansion of hyper-virulent and multidrug-resistant (MDR) Klebsiella pneumoniae is an increasing healthcare threat worldwide. The epidemiology of MDR K. pneumoniae is under-characterized in many parts of the world, particularly North Africa. In this study, K. pneumoniae isolates from the University Hospital of Fattouma Bourguiba, Monastir, have been whole-genome sequenced to investigate their genetic relatedness, virulence genes, and resistome.

Materiels
Forty-three K. pneumoniae recovered from patients hospitalized in different wards of the Hospital between January and June 2021 were characterized. Antimicrobial susceptibility was performed by disk diffusion and broth microdilution. The detection of carbapenem hydrolysis was carried out using the Carba NP hydrolysis test and the NG-Test CARBA-5 confirmed the presence of one of the five main carbapenemases (KPC-, NDM-, VIM-, IMP-, and OXA-48-like enzymes). All isolates underwent whole-genome sequencing using Illumina Next500. Resistome characterization, plasmid incompatibility grouping, and MLST were conducted on the Center for Genomic Epidemiology platform. The Virulence Factor Database (VFDB) was also used to search for virulence factors.
 

Resultats
All K. pneumoniae confirmed carbapenem-resistant and harboured multiple drug-resistance genes, including genes coding for ESBLs, carbapenemases, quinolone resistance, and aminoglycoside-modifying enzymes. No genetic determinant was found against colistin in any of the isolates. All the isolates harboured more than two β-lactamase-encoding genes in their genomes. Carbapenem resistance was mainly due to NDM-1 (62.79%), NDM-5/OXA-48 (25.58%) coproducers, and OXA-48 (11.62%). Two main sequence types, of K. pneumoniae, were identified: ST147 (55.81%) and ST383 (32.55%). K. pneumoniae isolates possess several virulence factors (capsule, siderophores, lipopolysaccharide, and fimbriae), making them hyper-virulent strains. Furthermore, genetic-relatedness studies revealed a clonal spread of MDR K. pneumoniae in the University Hospital of Fattouma Bourguiba.

Conclusion
This study highlighted the emergence and broad dissemination of MDR genes in the University Hospital of Fattouma Bourguiba. Our findings highlight an urgent need for transformative approaches to combat antimicrobial resistance in hospital settings.

 

Mots cles
Klebsiella pneumoniae, multidrug resistance, hyper-virulent, WGS.

Objectif - Introduction
Neisseria meningitidis demeure un agent pathogène majeur, responsable d’infections invasives et de morbi-mortalité significative. La surveillance épidémiologique est essentielle pour ajuster la prophylaxie et la prise en charge.L’objectif est de suivre l’évolution épidémiologique des infections à N.meningitidis ainsi que la sensibilité aux antibiotiques à Sfax(Tunisie)

Materiels
Etude rétrospective incluant les cas d’infection à N.meningitidis confirmés par culture et/ou PCR en temps réel au laboratoire de microbiologie CHU Habib Bourguiba Sfax, entre Janvier 2000 et Août 2025.La sensibilité aux antibiotiques a été évaluée selon les normes du CA/SFM. Les concentrations minimales inhibitricesCMI de l’amoxicilline, du céfotaxime, de la ceftriaxone, de la rifampicine et de la ciprofloxacine ont été déterminées par E-test.Le sérogroupage a été réalisé par PCR

Resultats
Nous avons recensé 59 cas d’infection à N.meningitidis provenant de 58 patients dont 65,5% étaient des adultes avec une prédominance masculine(62,7%). La plupart des infections ont été notées pendant la saison printanière(40,7%). Une recrudescence des cas a été constatée de Janvier à Août 2025(11 cas soit 18,7%). Les souches étaient principalement isolées des liquides cérébrospinaux(49 souches) suivis des hémocultures(5 souches). Dix cas ont été détectées uniquement par PCR(16,9%).Le sérogroupe B était prédominant(67%) suivi par le sérogroupeY(12%), les sérogroupesW et C(9% chacun) et le sérogroupe A(3%).Une émergence du sérogroupeW en 2025 concomitante aux flux migratoires dans la région entre 2024 et 2025, a été notée.Toutes les souches étaient sensibles au céfotaxime/ceftriaxone(CMI≤0,002mg/L) et à la rifampicine(CMI de 0,012 à 0,19mg/L).Pour les autres antibiotiques, les taux de résistances étaient de 47,6% pour l’amoxicilline(CMI de 0,016 à 1,5mg/L) et 9,4% à la ciprofloxacine(CMI de ≤0,002 à 0,38mg/L).Une émergence de souches résistantes à la ciprofloxacine a été notée depuis 2023 chez des patients originaires de l’Afrique subsaharienne

Conclusion
Les céphalosporines de 3ème génération et la rifampicine gardent une excellente activité sur N.meningitidis. Les flux migratoires depuis des zones endémiques ont influencé la distribution des sérogroupes et favorisé l’émergence de souches résistantes à la ciprofloxacine.Une vigilance accrue est nécessaire pour faire face à cette menace sanitaire.

Mots cles
Neisseria meningitidis,Epidemiologie

Objectif - Introduction
REPIA Primo met à disposition des EHPAD de nombreux outils pour améliorer la prise en charge des infections urinaires : infographies de bon usage des antibiotiques et cartographie dynamique des résistances, du national au départemental. Dans un contexte de résistances supérieures à la moyenne nationale (Santé publique France, Mission Primo, 2023), nous avons évalué leur appropriation dans les Alpes-Maritimes.



 

Materiels
Étude rétrospective (janvier–juillet 2025) incluant les ECBU de 86 EHPAD avec recueil des données démographiques, des renseignements cliniques (RC) consignés sur une fiche standardisée (Tableau 1) et des résultats de culture. Les ECBU sur sonde à demeure ont été exclus.
Les demandes fondées uniquement sur l’aspect/odeur des urines, l’élévation isolée de la CRP ou bandelette urinaire positive ont été classées en « absence de signes cliniques »




 

Resultats
Au total, 3 044 prélèvements ont été analysés :1 682 urines mictionnelles, 1 034 sondages aller-retour, 202 prélèvements par Pénilex, 36 par autosondage et 78 sans mode renseigné. La répartition des RC selon le sexe, la clinique, la positivité et le phénotype BLSE figure dans le Tableau 2.
Parmi les 645 prescriptions sans argument clinique (21,2 %), 77 % des cultures étaient positives ; la proportion de BLSE y atteint 11,9 %, contre 9,0 % en présence de signes cliniques. À l’inverse, 237 prescriptions avec signes cliniques (7,8 %) ont donné une culture stérile. Enfin, 596 prescriptions (19,6 %) ne comportaient aucun renseignement clinique et 101 (3,3 %) relevaient d’un contrôle post-thérapeutique.
La part de prescription non pertinente est superposable à celle rapportée en Normandie : « Pertinence des ECBU chez la personne âgée institutionnalisée », mars 2025, Normantibio/CPIAS Normandie/Normand*Hygiène.



 

Conclusion
Déficit de RC, prescriptions inappropriées, forte positivité des cultures et fréquence non négligeable de BLSE chez des patients sans signes cliniques altèrent la prise en charge et pèsent sur le système de santé.
Au-delà de l’harmonisation du recueil, de la formation et de la sensibilisation en EHPAD, l’intégration d’outils numériques conformes aux orientations HCSP/SNPIA 2022–2025 (aide à la prescription intégrée aux logiciels métiers, affichage automatique de recommandations actualisées) devrait réduire les prescriptions inutiles et améliorer l’antibiothérapie.
 

Mots cles
EPHAD, BLSE, Infections urinaires, ECBU, Prescription

 

Tableau 1 : extrait de la feuille de RC

Tableau 2 : répartition multicritère des RC

Objectif - Introduction
Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae (CRE) represent a growing threat in intensive care units (ICUs). This study aimed to investigate the prevalence, resistance mechanisms, and clinical outcomes associated with CRE infections in a Tunisian ICU.

Materiels
A cross-sectional study was conducted from January to March 2025 at Habib Thameur Hospital in Tunis. Clinical specimens from ICU patients were processed following REMIC guidelines. CRE isolates were identified, and antimicrobial susceptibility testing was performed per CA-SFM 2024 recommendations. Molecular characterization of resistance genes was conducted using multiplex PCR.

Resultats
Among 95 ICU patients, 17 (17.9%) developed CRE infections, yielding 27 isolates. The majority (96.3%) were Klebsiella pneumoniae; Escherichia coli was isolated once. All isolates exhibited multidrug resistance, including resistance to third-generation cephalosporins, carbapenems, and aminoglycosides. Four isolates were pan-resistant. Carbapenemase production was confirmed in all isolates: blaNDM (81.5%) and blaOXA-48 (77.8%) were predominant, with 70.4% co-harboring both genes. Additional resistance genes included blaCTX-M, blaSHV, armA, and qnr variants. Empirical treatment was effective in only 8 cases. Overall mortality was 82.4%.

Conclusion
This study highlights a high prevalence of multidrug- and pan-resistant CRE in a Tunisian ICU, mainly due to K. pneumoniae harboring blaNDM and blaOXA-48. The high mortality underscores the urgent need for enhanced infection control, surveillance, and antibiotic stewardship programs to combat the spread of CRE in critical care settings.

Mots cles
carbapenemase, resistance, intensive-care,infection,mortality

Objectif - Introduction
La prévalence de la résistance bactérienne aux antibiotiques (RATB) en soins primaires se base sur des données non exhaustives avec une possible variation de population couverte selon les années. L’objectif de l’étude est d’estimer l’incidence de la RATB des isolats urinaires de Escherichia coli avec comparaison à la prévalence de la RATB

Materiels
L’analyse inclut les antibiogrammes (ATBg) réalisés sur les souches urinaires de Escherichia coli par les LBM ayant participé à un réseau de surveillance en soins primaires du 1/1/22 au 31/12/24. Les ATBg étaient dédoublonnés par année (même patient, même ATBg). Pour chaque LBM, un polygone de Thiessen a été généré afin de simuler le territoire drainé et en déduire la population couverte. Les données de population de l’INSEE à l’échelle des IRIS ont été affectées dans les polygones de Thiessen au prorata de leur surface respective. Les tendances nationales et régionales de prévalence et d’incidence ont été comparées. Attribution de population : logiciel QGIS ; analyse statistique : logiciel SAS

Resultats
Entre 2022 et 2024, 2 265 011 ATBg de E. coli urinaires dont 80 881 souches productrices de BLSE (EC-BLSE) ont été inclus. La prévalence des EC-BLSE augmentait sur la période (p<0,001) : 3,1% EC-BLSE en 2022 (mini régional (minR) 2,0% ; maxi régional (maxR) 4,9%) à 3,9% en 2024 (minR 2,4% ; maxR 6,2%). En incidence, le nombre de EC-BLSE pour 100 000 habitants progressait de 73,9 en 2022 (minR 41,0 ; maxR 174,4) à 99,5 en 2024 (minR 56,7 ; maxR 234,2). Les deux variables sont corrélées au niveau régional (r de Pearson : 0,69 en 2022 ; 0,78 en 2024), hormis pour l'Île-de-France avec prévalence élevée et incidence inférieure à la valeur nationale (Graphe). La prévalence de E. coli urinaire résistant aux fluoroquinolones (EC-FQR) diminuait de 12,8% en 2022 (minR 8,7% ; maxR 17,8%) à 11,0% en 2024 (minR 8,0% ; maxR 18,8%) (p<0,001). Le nombre de EC-FQR pour 100 000 habitants suivait la même tendance de 299,5 en 2022 (minR 162,4 ; maxR 633,6) à 278,7 en 2024 (minR 193,1 ; maxR 585,6) (p<0,001). Les deux variables étaient également corrélées (r : 0,70 en 2022 et 2024)

Conclusion
Prévalence et incidence régionales des EC-BLSE présentaient des tendances similaires. Cette étude est un premier pas pour explorer les déterminants régionaux de la RATB.

Mots cles
Résistance aux antibiotiques, épidémiologie, incidence, Escherichia coli, soins primaires

Comparaison prevalence et incidence

Objectif - Introduction
La résistance aux antibiotiques des entérobactéries (EB) constitue un problème majeur de santé publique et une cause importante de morbi-mortalité hospitalière.
Notre étude visait à évaluer la résistance des EB au ceftazidime-avibactam (CZA) au Centre de Traumatologie et des Grands Brûlés (CTGB).

Materiels
Étude rétrospective descriptive menée au laboratoire de biologie médicale du CTGB sur 28 mois (septembre 2022-décembre 2024), incluant toutes les souches d’EB isolées de prélèvements diagnostiques (n=3310). L’identification bactérienne a été réalisée par les méthodes conventionnelles et l’étude de la sensibilité aux antibiotiques selon le CA-SFM. La recherche de carbapénèmases a concerné 79 souches par PCR GeneXpert® Xpert® Carba-R détectant blaVIM, blaNDM, blaIMP, blaOXA48 et blaKPC. Pour les souches résistantes à l’aztréonam (AZT) et au CZA (n=336), l’association CZA-AZT a été testée sur 42 souches par ellipsométrie (superposition d’E-test CZA et AZT) et diffusion modifiée (figure 1).

Resultats
K.pneumoniae était la bactérie la plus fréquemment isolée (34%). Les EB provenaient essentiellement du service de réanimation des brûlés (36%). La résistance au CZA était de 20,2%. Les souches résistantes aux céphalosporines de 3ème génération et sensibles aux carbapénèmes (C3G-R Carba-S) représentaient 18,8% (n=622), et résistantes aux carbapénèmes (Carba-R) représentaient 24% (n=796) (tableau I). Parmi les souches C3G-R Carba-S, CZA était la bêtalactamine la plus active, avec 15,3% de résistance. Pour les souches Carba-R, la résistance au CZA et à l’AZT était de 72% et 56,8%, respectivement. L’étude de l’activité de l’association CZA-AZT a révélé une synergie pour l’ensemble des 42 souches testées par les deux méthodes (figure1). Concernant les 79 souches typées, 8 produisaient une bétalactamase à spectre étendu, 22 une céphalosporinase de haut niveau, 33 portaient blaNDM, 12 blaOXA48, et 4 blaNDM+blaOXA48. Parmi les souches typées résistantes au CZA (n=37), 33 portaient le gène blaNDM et 4 portaient à la fois blaNDM et blaOXA48.

Conclusion
Les souches d’EB Carba-R étaient sensibles au CZA dans 28% des cas. Pour les souches résistantes au CZA, la sensibilité étaient restaurée par l’AZT montrant l’intérêt de l’association CZA-AZT comme option thérapeutique face aux souches Carba-R résistantes au CZA.

Mots cles
Résistance, Avibactam-ceftazidime, Entérobactéries

figure 1: Synergie entre aztréonam et ceftazidim-avibactam par méthode d'ellipsométrie (a) et par méthodes modifiée de diffusion (b).

Tableau1 : Activité in vitro du ceftazidime-avibactam et profil de résistance aux autres B-lactamines des Entérobactéries

Objectif - Introduction
Caractériser 4 souches de Escherichia coli productrices de carbapénémase NDM qui ont été isolées à l’hôpital Cochin chez 4 patients, et qui présentaient une résistance au céfidérocol et à l’association aztréonam/avibactam.

Materiels
Les souches AJA et FAR ont été isolées de dépistage rectaux en décembre 2024 en orthopédie et en juillet 2025 en gastroentérologie, respectivement. Les souches OZI et DPR ont été isolées d’hémocultures (origine bilio-digestive) en juin 2025 en gastroentérologie et en juillet 2025 dans le service de chirurgie digestive, respectivement. Ces quatre souches présentaient un phénotype de résistance identique caractérisé par une résistance à tous les antibiotiques sauf la colistine, la fosfomycine et la tigécycline et une sensibilté conservée à l’amikacine pour la souche AJA. Les bactériémies ont été traitées par fosfomycine et tigécycline ou par colistine et tigécycline, respectivement, avec une évolution favorable. Les génomes des souches ont été séquencés par Illumina NextSeq sur la plateforme P2M (Pasteur Paris, France). Les gènes de résistance, le Séquence Type, et les SNPs dans le core génome ont été recherchés avec les logiciels ResFinder 4.7.2, MLST 2.0, et CSI Phylogeny 1.4, respectivement (https://www.genomicepidemiology.org/).

Resultats
La souche AJA appartient au ST2083 tandis que les souches FAR, OZI et DPR appartiennent au ST405. La comparaison génomique montre que FAR, OZI et DPR n’ont que 21 SNPs de différence confirmant leur clonalité. Ces trois souches produisent les bêta-lactamases NDM-5, CTX-M-15, DHA-1 tandis que AJA produit NDM-5 et CMY-42. L’analyse de la séquence de la PLP3 a mis en évidence une insertion de 4 acides aminés dans chacune des souche : YRIK dans le clone FAR, OZI et DPR et YRIN dans le clone AJA, responsables de la résistance au céfidérocol et à l’aztréonam-avibactam (1).

Conclusion
Notre étude révèle l’émergence à l’hôpital Cochin de la résistance au céfidérocol et à l’aztréonam-avibactam dans deux clones de E. coli NDM-5 qui ont développé un phénotype de résistance identique par un phénomène de convergence évolutive. Cette situation est évocatrice d’une transmission croisée (pour le clone FAR, OZI, DPR) au sein de l’hôpital. Les investigations sont en cours avec l’équipe opérationnelle d’hygiène.
 
(1) Chen L. J Antimicrob Chemother 2022. 77:3399 
 

Mots cles
céfidérocol, aztréonam-avibactam, NDM, carbapénémase, PLP3, épidémie, résistance

Objectif - Introduction
En Europe, la surveillance de la résistance bactérienne aux antibiotiques (RATB) est basée sur les isolats invasifs des patients hospitalisés. La RATB dans la communauté reste peu documentée. Nous avons cherché à identifier et décrire les programmes européens de surveillance de la RATB fournissant des données communautaires et leurs principaux résultats

Materiels
Des experts européens de la surveillance et de la prévention de l’antibiorésistance ont été invités à remplir un questionnaire via la plateforme Sphinx durant l’été 2023 afin de décrire les organisations nationales des laboratoires de biologie clinique pour les soins primaires et les programmes de surveillance (PS) de la RATB couvrant les infections communautaires (Table 1). Les proportions de résistantes rapportées par les différents programmes ont été comparées pour : Escherichia coli et céphalosporines de 3e génération (C3G) / fluoroquinolones (FQ), Klebsiella pneumoniae et C3G/FQ, Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM)

Resultats
Seize experts ont rempli le questionnaire pour leur pays respectif. Dix d’entre eux ont signalé l’existence d’un PS national de la RATB dans la communauté (62,5%), tous financés par l’agence de santé publique nationale (Carte). Des laboratoires hospitaliers participaient à ces programmes (9/10), avec des laboratoires privés (4/10) ou seulement des laboratoires privés (1/10). Des données étaient collectées concernant les patients: âge (7/10), sexe (8/10) et lieu de résidence (5/10) ; type de prélèvement (9/10) ; espèce bactérienne, sensibilité aux antibiotiques et mécanismes de résistance. Deux programmes incluaient toutes les espèces isolées des prélèvements cliniques alors que les autres ciblaient quelques espèces. Les rapports de la RATB étaient publiés annuellement (10/10), avec des rapports additionnels trimestriels ou mensuels (3) et un site web dédié (3). En 2024, les proportions de souches de E. coli résistantes variaient pour les C3G de 4,3% (France) à 15,8% (Angleterre) et pour les FQ de 9,7% (Pays-Bas) à 19,2% (Angleterre) (Table 2)

Conclusion
Parmi les pays européens pour lesquels un expert a participé à l’étude, 62,5% disposaient d’un PS de la RATB incluant des données communautaires. L’hétérogénéité des données et les objectifs variables suggèrent la nécessité d’une méthodologie commune afin de produire des données comparables

Mots cles
épidémiologie résistance Europe

Questionnaire

Comparaison des programmes de surveillance

Carte des programmes de surveillance

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles

Objectif - Introduction
Le manque de données sur les mécanismes de résistance aux C3G en dehors du milieu hospitalier en France a motivé cette étude, qui visait à caractériser les souches circulantes et à mieux comprendre la diffusion de l'antibiorésistance.
Objectif : Préciser le fond génétique, le phénotype et les mécanismes de résistance aux C3G chez E. coli et K. pneumoniae en ville et établissements médico-sociaux (EMS). L'étude visait aussi à décrypter les dynamiques de dissémination de la résistance via une analyse en réseau.

Materiels
304 souches résistantes aux C3G (E. coli, K. pneumoniae) et 144 souches sensibles ont été collectées (2022-2023). Un antibiogramme complet et un séquençage du génome ont été réalisés. Les données ont été traitées par des analyses bio-informatiques, statistiques et via une modélisation en réseau pour lier fonds génétiques et gènes de résistance.

Resultats
Les patientes de sexe féminin étaient les plus représentées avec une distribution équivalente des deux sexes par tranches d’âge. Cependant, la proportion d’hommes augmentait dans les souches résistantes aux C3G, notamment les E. coli ST131. L'âge était associé à une hausse des isolats, sans augmenter le risque de souches résistantes aux C3G. Au-delà des prévalences, aucune différence significative n'a été observée entre la ville et les EMS quant aux phénotypes de résistance et sur le plan moléculaire (135 gènes de résistance dans 70 ST de Klebsiella et 79 chez E. coli), suggérant une source commune ou une porosité des écosystèmes. Les clones E. coli ST131 et K. pneumoniae ST307 prédominaient notamment chez les plus de 64 ans. K. pneumoniae présentait un niveau de multirésistance plus élevé que E. coli sur le plan phénotypique et moléculaire. L'analyse en réseau révélait le rôle central du clone E. coli ST131 comme un "hub" pour la diffusion et la diversification des gènes de résistance plasmidiques alors que le succès de la diffusion semblait plutôt reposer sur le transfert plasmidique chez K. pneumoniae.

Conclusion
L'étude met en évidence une circulation non sélective des souches en ville et en EMS. L'analyse en réseau suggère une dynamique de diffusion différente chez E. coli et K. pneumoniae malgré la présence d’une lignée prédominante dans les deux espèces. 

Mots cles
Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, BLSE, C3G, Génomique, Épidémiologie.

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles

Annexe 1 : Bactéries et gènes de résistance détectés par le kit MDR Direct Flow Chip®

Objectif - Introduction
L’expansion mondiale de bactéries résistantes aux carbapénèmes constitue une problématique de santé publique et compromet nos possibilités thérapeutiques. L’objectif de cette étude est d’évaluer l’activité in vitro des nouvelles combinaisons β-lactamine/inhibiteur de β-lactamase (BL/IBL) (céfépime-enmétazobactam (CE), céfépime-taniborbactam (CT) et céfépime-zidébactam (CZ)) sur des souches d'entérobactéries et Pseudomonas aeruginosa résistantes aux carbapénèmes.

Materiels
Les concentrations minimales inhibitrices (CMI) du CE, CT et CZ ont été déterminées selon la méthode de microdilution en bouillon (panels Sensititre, Thermo Scientific) sur les souches récoltées au Centre National de Référence Belge entre août 2024 et juin 2025. Pour les entérobactéries, seuls les breakpoints cliniques du CE sont disponibles et ont été appliqués au CT et CZ (EUCAST 2025). Pour P. aeruginosa, les breakpoints du céfépime ont été utilisés. La récupération de sensibilité aux BL/IBL parmi les souches résistantes au céfépime sera étudiée de même que l’effet synergique de l’IBL (défini par une diminution de la CMI d’au moins 3 dilutions).

Resultats
194 souches d’entérobactéries (dont 147 productrices de carbapénèmase (EPC)) ont été inclues. Les résultats de récupération de sensibilité et de synergie sont respectivement les suivants : CE (40%/29%), CT (82%/62%), CZ (97%/70%). Des résultats similaires sont observés pour les souches EPC : CE (36%/27%), CT (83%/68%), CZ (98%/78%). Les souches non-EPC (n=47) montrent ces résultats: CE (65%/38%), CT (80%/43%), CZ (90%/49%). Les CMI50 et CMI90 (mg/L) sont respectivement: CE (0,5/32), CT (0,25/8) et CZ (0,25/1). Pour les 97 souches de P. aeruginosa inclues, les résultats sont les suivants : CE (8%/0%), CT (24%/6%), CZ (86%/28%). Les CMI50 et CMI90 (mg/L) sont : CE et CT (16/32) et CZ (8/16).

Conclusion
Le céfépime, associé aux IBL, montre une efficacité vis-à-vis des entérobactéries résistantes aux carbapénèmes et davantage sur les souches EPC. La récupération de sensibilité et l’effet synergique de l’IBL sont surtout marqués pour le CZ (97%/70%). Sur les souches de P. aeruginosa testées, la récupération de sensibilité reste acceptable mais l’effet synergique est faible, surtout en cas de résistance non enzymatique aux carbapénèmes. 

Mots cles
Combinaisons β-lactamine/inhibiteur de β-lactamase; résistance aux carbapénèmes; carbapénèmase; enmétazobactam; taniborbactam; zidébactam.

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Pseudomonas aeruginosa ; Ceftolozane/Tazobactam ; Résistance
 

Tableau 1 : Activité in vitro du ceftolozane/tazobactam et profil de sensibilité aux autres B-lactamines des souches de P. aeruginosa

Objectif - Introduction
Chez Escherichia coli, la résistance aux céphalosporines de 3ème génération (C3G) survient habituellement par acquisition de β-lactamase à spectre étendu (BLSE) et plus rarement par hyperproduction d’une céphalosporinase plasmidique ou chromosomique (phénotype HCase). Ce phénotype rend les C3G inefficaces alors qu’il s’agit d’antibiotiques de 1ère ligne lors d’infections urinaires (IU) hautes. Nous avons étudié les caractéristiques microbiologiques des souches d’E. coli avec un phénotype HCase isolées au cours d’IU au CHU de Rennes.

Materiels
Tous les ECBU retrouvant une souche de E. coli et adressés au laboratoire de Bactériologie du CHU de Rennes entre le 1er septembre 2022 et le 1er septembre 2024, ont été inclus. En cas de résistance aux C3G et d’absence d’argument phénotypique pour une BLSE, nous avons réalisé une PCR multiplexe « AmpC » afin d’identifier l’acquisition d’une céphaloporinase plasmidique (1). Si la PCR était négative, les souches étaient transmises au CNR de la Résistance aux Antibiotiques (CHU de Clermont-Ferrand) pour séquençage du génome.

Resultats
Entre septembre 2022 et août 2023, puis septembre 2023 et août 2024, 3 407 et 3 465 souches de E. coli ont été recueillies, avec respectivement 5 (0,15%) et 14 (0,40%) souches de E. coli HCase (p=0.0615) contre 108 (3,17%) et 194 (5,60%) (p<0.0001) souches productrices de BLSE. La PCR multiplexe a été réalisée sur les 14 souches de l’année 2023-2024 (les souches précédentes n’ont pas été conservées). Nous avons retrouvé 8 souches productrices de DHA1/2 (57%), 1 productrice de LAT1-4/CMY2-7/BIL1 (7%) et 5 pour lesquelles aucune céphalosporinase plasmidique n’a été identifiée. L’analyse du génome entier a révélé 4 mutations du promoteur du gène blaAmpC (C63T) (29%) et une souche productrice de céphalosporinase DHA1 (7%). Malgré une possible acquisition nosocomiale, aucun lien de clonalité (ST 40, ST 23, ST 88 et ST 58) n’a été retrouvé entre les souches avec une mutation du promoteur de AmpC.

Conclusion
L’émergence possible de mécanismes de résistance rare impose une surveillance épidémiologique afin d’alerter en cas de possible de transmission inter-individuelle. Le nombre de souches de E. coli HCase, comme les BLSE, tend à augmenter au CHU de Rennes même si elles restent peu fréquentes (<1%), et pour l’instant sans élément en faveur d’une transmission croisée.

Mots cles
HCase, entérobacterales, antibiorésistance

(1) Shayan S, Bokaeian M, Shahraki S. 2014. Prevalence and molecular characterization of AmpC-producing clinical isolates of Escherichia coli from southeastern Iran. Microb Drug Resist 20:104–107.

Objectif - Introduction
La mission nationale Surveillance et Prévention de l’Antibiorésistance en établissement de santé (SPARES) propose aux établissements de santé (ES) une méthode de surveillance de la consommation des antibiotiques et des résistances bactériennes. L’objectif est de décrire l’épidémiologie nationale et régionale des Staphylococcus aureus (SA) résistants à la méticilline (SARM), des Enterobacterales produisant une bêta-lactamase à spectre étendu (EBLSE) ou une carbapénémase (EPC) en 2024.

Materiels
La surveillance porte sur toute bactérie isolée d’un prélèvement à visée diagnostique accompagnée d’un antibiogramme dans les services d’hospitalisation complète des ES. Pour chaque souche, la bactérie, le phénotype de résistance pour les Enterobacterales (EBLSE ou EPC), et l’antibiogramme complet sont recueillis dans l’e-outil ConsoRes®. La résistance à la méticilline du SA est définie par la résistance à l’oxacilline ou à la céfoxitine. La densité d’incidence (DI) correspond au nombre de souches pour 1000 journées d’hospitalisation (JH).

Resultats
Au total, 1059 ES couvrant 56% des JH (données SAE 2024) ont participé. Sur 66 093 souches de SA, 11,4% étaient des SARM (DI=0,13). Ils étaient majoritairement isolés des secteurs d’activité de médecine (38%) et de chirurgie (30%) et dans des prélèvements profonds (25%), des urines (20%) et des hémocultures (15%).
Parmi les Enterobacterales (n=430 052), 8,2% étaient des EBLSE (DI=0,59) et 0,5% des EPC (DI=0,037). Elles étaient principalement isolées des urines.
Le taux d’EBLSE variait de manière importante selon le secteur d’activité (4,6% en gynécologie et 14,4% en soins de longue durée). De même pour les EPC : de 0,1% en gynécologie à 1% en réanimation.
Les DI de ces bactéries d’intérêt variaient selon les régions avec des valeurs plus faibles pour les Pays-de-la-Loire alors qu’elles étaient plus élevées en Ile de France, Provence-Alpes-Côte d'Azur et Hauts-de-France.

Conclusion
La participation à la surveillance nationale était plus élevée que la dernière année comparable (942 ES en 2022). Des valeurs plus basses sont observées pour les SARM mais plus élevées pour les EBLSE et les EPC. Les disparités régionales montrent l’intérêt de la surveillance nationale qui permet à chaque ES de se comparer, d’analyser sa situation par rapport à des données régionales et nationales et ainsi de dégager des tendances et des axes d’amélioration.

Mots cles
SARM, EBLSE, EPC

Objectif - Introduction
L’objectif principal de l'étude était d’identifier les caractéristiques phénotypiques et génotypiques des BMR isolées dans des prélèvements de dépistage digestif en réanimation. Il s’agissait secondairement d’évaluer les fréquences du portage de BMR et ses facteurs de risque.

Materiels
C'est une étude descriptive à recrutement prospectif réalisée au service de bactériologie EHUO chez les patients hospitalisés au service de réanimation médicale du 2 janvier au  28 mars 2024. Les prélèvements ont été effectués par écouvillonnage rectal à l’admission puis chaque semaine au cours de l’hospitalisation.Un écouvillon a été déchargé sur une boite de Mac Conkey additionnée de céfotaxime et une deuxième boite additionnée de céftazidime (EBLSE) .Un 2ème écouvillon a été ensemencé sur une boite BEA additionnée de vancomycine (ERG).Pour la recherche des EPC et ABRI, un 3ème écouvillon a été placé dans 5ml de bouillon nutritif + ½ disque d’ertapénème. Les tests de sensibilité aux antibiotiques ont été réalisés selon les normes CLSI . La recherche des BLSE, carbapénémases, qnr et mcr a été réalisée par PCR en point final selon des protocoles validés.  

Resultats
Le taux global de portage de BMR était de 67,21%. Celui  à l’admission était de 39,62% contre 82,85% en cours de l'hospitalisation. La durée de l'hospitalisation était apparu comme le facteur de risque majeur. Parmi les 107 BMR isolées, 48 étaient des EBLSE, 35 étaient des EPC, 21 étaient des ABRI et 3 étaient des E.faecium résistants aux glycopeptides. K.pneumoniae et E.coli étaient les EBLSE prédominantes. Parmi les EPC, 26 étaient des K.pneumoniae, 8 étaient des Providencia stuartii et 1 était E.coli.  Les EPC et les ABRI ont montré des taux de résistance aux antibiotiques très élevés (100% pour plusieurs molécules). Chez les EPC, les génotypes CTX-M+TEM, NDM-1 et qnr S étaient largement majoritaires. La seule souche d’E.coli carbapénémase était résistante à la colistine (CMI=4mg/l), OXA-48, qnr S et mcr-1. Chez les ABRI, OXA-23 et qnr S étaient les gènes prévalents. Les 3 souches d’E.faecium résistantes aux glycopeptides appartenaient au génotype Van A.

Conclusion
Des  taux élevés d'EBLSE , d'EPC et d'ABRI ont  été retrouvés.CTX-M+TEM et NDM-1 étaient majoritaires (EPC).OXA-23 était  prévalente ( ABRI). Les EPC et les ABRI  étaient totalement résistants à la ciprofloxacine avec une forte prévalence du gène qnrS.

Mots cles
Portage digestif BMR réanimation 

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Bactéries multirésistantes, Epidémiologie